同治九年（公元1870年）九月十八日，历经几个月的奋战，刘锦棠、雷正绾、黄鼎各军，从东西两面进逼金积堡，实现了战略合围；同日，侵入新疆占踞吐鲁番的阿古柏，率军向北深入，很快占领乌鲁木齐及周边大片领土。
消息传到平凉，左宗棠心急如焚，想尽快将甘肃平定，好腾出手来集中兵力，去对付霸占新疆的阿古柏侵略军。
为事权归一，尽快收复金积堡，左宗棠札委三品京卿老湘军总统刘锦棠，节制围困金积堡之各路人马。年轻的刘锦棠受命于决战之时，自然不敢有丝毫的懈怠之心。
刘锦棠经过慎重考虑，决定采用剿抚并举的策略来对付马化龙，以期逐步减弱马化龙的兵力，达到一战功成的目的。刘锦棠开始组织当地百姓对金积堡喊话，又设就抚营多座。左宗棠对刘锦棠的战略方针给予肯定。
一个月后，马化龙麾下陈林、阎兴春二将率部众一万三千人，主动到就抚营缴械。刘锦棠对陈林、阎兴春二人好言安慰，然后派员将其就抚部众分三批送往平凉。
左宗棠将就抚回众分发甘肃各州县安插，并给土地、赈粮、籽种、牛驴、农具，以使其安心耕垦，不生反心。
左宗棠此举，在金积堡产生极大影响。事不过一月，又有三万余人陆陆续续就抚。刘锦棠见决战的时机已到，于是传命各军缩小包围圈，决定发起总攻击。
马化龙见败局已定，再次故伎重演，派人带着美女、白银、黄金以及二百余支枪械，举着白旗来见刘锦棠，请求招抚。
刘锦棠将白银、黄金交粮台保管，又将二十几名美女送往就抚局安置，却将来人打发回去给马化龙送信。
刘锦棠在信中称：“马总戎若真心请抚，可自缚双臂，亲来大营请罪，本官可从宽发落也。”
送信的人被送出大营后，刘锦棠传命各军继续向金积堡推进，并让各军将火炮营俱调到前头，以期轰击得力。一连几日，金积堡上空战云翻滚，大战随时爆发。
马化龙终于在总攻的前一刻，自缚双臂，硬起头皮来见刘锦棠。刘锦棠对马化龙自然又是一番好言安慰，然后便让马化龙传命堡内所有回众，分期分批出堡就抚。就抚整整进行了三天，独不见白彦虎。
刘锦棠只好向马化龙询问白彦虎的下落，被告知，早在官军对金积堡合围前，白彦虎便带着三万余回众，离开金积堡，撤到肃州一带去了。刘锦棠气得连连跺足，口称遗憾。
年底，左宗棠在平凉拜发《平毁马家滩王洪各堡，陕回就抚，马化龙就擒》一折，折后，又附《密陈马化龙暂缓伏诛》一片。
马化龙暂缓伏诛的理由是：一、“关陇安危，机括全在金积。金积一克，全局已在掌中。现在首逆就擒，勒其缴械平堡，而官军锁围如故”。二、“马化龙稔恶三世，谋逆已久，蓄机甚深，纵有后效，不蔽前罪，暂若从宽，必滋后患。臣早知为国家必讨之贼，而此时议暂缓其诛者，王家疃堡墙高厚，存粮极多，非猛攻不可骤得，金积既克，其势已孤，以马化龙徇之，宜可速下，若先诛马化龙，回酋或怀疑惧，必滞戎机”。
该折片拜发的当日，左宗棠即檄饬总统南路诸军道员周开锡，由巩郡东赴伏羌，就近调度。周开锡见到檄文，即命提督王铭忠，总兵敖天印，副将张廷秀、李文彪诸将，统率本部人马向前推进，对王家疃形成包围之势。为使王家疃免招战火焚毁，刘锦棠又命马化龙派员赶赴王家疃，逼迫所有王家疃一带回众就抚。马化龙只得派遣麾下元帅马殿魁，持了自己的手谕，连夜奔赴王家疃。
官军于是未费一枪一弹，便顺利收复了王家疃。
收复王家疃的当日，左宗棠密饬刘锦棠，以藏匿枪械为借口，将马化龙及其亲属一千二百人，与六百名原回兵大小头目，共一千八百人，全部逮捕，秘密斩首。
令到自然功成，刘锦棠将马化龙首级亲自送到平凉刘松山的棺柩前哭祭，左宗棠则连夜上折向朝廷汇报战果。
这时，由湘阴左府递送的一封家书辗转来到平凉。
左宗棠展读之下，不由大叫一声：“痛杀我也！”口吐鲜血，昏倒在地。侍卫慌忙把他抬进上房抢救。左宗棠醒来之后，又是一顿呼天抢地，不仅军医莫名其妙，连香姑娘也摸不着门道。
香姑娘一边好言相劝，一边慢慢动问情由，这才知道，原来却是大少爷孝威，由平凉返回途中，竟然染了瘟疫，于上月去世了！人生的三大不幸，幼年丧母，中年丧妻，老年丧子，左宗棠摊上了两个。
年近花甲的左宗棠，无法经受丧子的打击，在平凉再次病倒。
到甘肃后，左宗棠因水土不服，一直患有腹泻、全身浮肿等症；虽经军医多方医治，时轻时重，但总不能痊愈。此次发病，不仅腹泻、浮肿加重，且又添了足麻脸肿、眼痛三症。其中脸肿尤甚，已有几处明显溃烂。消息传开，胡雪岩再次在上海请了洋医，火速赶赴平凉为左宗棠治病。
左宗棠病重的消息传进两江后，同样重病缠身的曾国藩，为使左宗棠早日康复，竟将正在为自己治病的一名老中医打发了过来。而直隶总督李鸿章得知左宗棠病重后，也在天津请了两名英国医生，紧急赶往平凉来为左宗棠治病。
圣旨飞递进平凉。左宗棠在香姑娘的搀扶下，抱病到官厅接旨。圣旨自然又是颁发奖赏令：一、陕甘总督、一等伯左宗棠，运筹决胜，调度有方，加恩开复降三级留任处分并赏加一等骑都尉世职；二、穆图善着交部从优议叙；三、蒋志章着交部议叙；四、道员刘锦棠，接统湘军，克平巨憝，着加恩赏给云骑尉世职，并赏穿黄马褂。
朝廷奖赏的虽大多是些空顶戴、黄马褂以及勇号，但也是人人有份，无一疏漏。
圣旨到后不久，刘锦棠由金积堡大营赶回平凉，拜倒在左宗棠的榻前，哭请左宗棠代为向朝廷告假，想送刘松山灵柩回籍安葬，以慰亡灵。左宗棠于是传文案于榻前，让文案起稿。
奏折很快由平凉拜往京师。
圣旨马上颁下：“遵照所请，准刘锦棠护送刘松山灵柩回籍安葬，并赏赐祭一坛，赏刘锦棠假六个月，命沿途地方官妥为照料。”圣旨最后又道：“刘锦棠现在请假回籍，并将伤病弁勇撤遣，另行募补。着饬令到籍后认真挑选，假满即行回甘，以资得力。”
旨抵平凉不多几日，刘锦棠统带因伤病遣撤回籍的弁勇，扶着刘松山灵柩，登程赶往湖南湘乡。
左宗棠则檄饬各路官军，就地休整，加紧筹粮筹饷，为攻打肃州做准备。
左宗棠此后一连多日，一边在平凉养病，一边派员奔赴各地，料理安插回众的事，并饬西安、兰州两地设立书局，刊刻经籍，散发府、厅、州、县，同时在陕甘遍修府、县各学堂馆，所有经费由其养廉项下拨付，不足部分派员筹措。
明眼人一眼就可看出，左宗棠是在用繁重的事务，来弭消自己心灵深处的丧子之痛。
同治十年（公元1871年）五月十七日，俄国趁新疆形势混乱之机，悍然出兵强占了新疆伊犁九城，并欲东侵。新疆的形势愈加危急。
消息传进平凉，左宗棠连夜拜发《敬陈进兵事宜》一折，称：“兰州东、西、南三面均紧连河州，而河州此时正屯有大量的回兵；河州不靖，兰州不能解严。”左宗棠随后提出：“据各路禀报，浮桥、渡船已办，各营刍粮军用粗备，道路修治已平。乃檄各将领克期会师而进，进窥河州。”“臣俟诸路布置略定，即率亲兵由平凉而隆德，从隆德赶往静宁、安定督剿；俟河州大定，乃图西宁也。”
因尚未接到正式官报，左宗棠在折中没有提及新疆。
左宗棠随后亲提大军离开平凉赶往隆德，又从隆德渐次赶到静宁。在静宁，左宗棠收到圣旨，正是关于伊犁的。
圣旨说：俄国地方官给俄国驻华公使发电报称，俄国七河省省长鄂尔帕鄂夫斯基已率军将伊犁九城替大清国代为收复，俄国还要去代收乌鲁木齐。朝廷已命令荣全去接收伊犁，命景廉带兵去收复乌鲁木齐，着左宗棠转饬乌鲁木齐提督成禄，从速出关去与景廉会合；着左宗棠迅速收复肃州，为成禄出关扫除障碍。圣旨又说，已命刘铭传所部绕兰州北路节节前进，即将出关去收复新疆各城。
左宗棠接旨后不敢怠慢，当日即飞饬记名提督、哈西巴巴图鲁、赏穿黄马褂徐占彪，统所部马、步十二营，由靖远防所快速拔营，取道兰州，逾凉、甘两郡，赶往肃州，以期收复肃州，为成禄出关打开通道；又咨商淮军将领、正在原籍养病的提督刘铭传，商酌进兵道路，以备沿途饷需。
左宗棠布置完毕，才上《派兵前赴肃州》一折，向朝廷汇报办理情形。圣旨很快颁下。圣旨先通报刘铭传病重不能马上到营一事，又对左宗棠飞饬徐占彪赶往肃州一事大加赞扬，称其“实能力顾大局”。圣旨最后又道：“成禄现在出关，粮饷最关紧要，该军虽有专拨之饷，深虑各省未能如期解到，左宗棠亦当代为筹划，随时接济，俾利师行。”
左宗棠接旨后，顿感两肩千钧般沉重。在甘各路人马饷需，已让左宗棠备感头痛，一直处于拆东补西状态，朝廷如今又责其为成禄代筹粮饷，让他如何能不备感沉重呢？
成禄原在肃州高台城外一带屯扎，因兵单势孤，未敢与肃州回兵接仗。白彦虎到后，守城回军人数大增，成禄更不敢近前一步，只是一意固守高台，坐等援兵。
徐占彪督率所部马、步十二营，历经两个月行程，于是年九月中旬抵达高台与成禄会合。