左宗棠被革职的第二十天，太平天国忠王李秀成，趁各路官军休整的时候，派兵再次攻占了富阳，使刚刚好转的局面，明显有些恶化。
左宗棠闻报，不得不带兵赶到富阳大营，亲自指挥刘松山、刘培元两路人马攻城。为防李秀成从杭州来援，攻城前，左宗棠将蒋益澧所部调至余杭，监视杭州城动静。
官军激战两昼夜，终将富阳城拿下。富阳离杭州最近，左宗棠为就近指挥官军攻取杭州，遂决定将巡抚衙门移富阳驻节。
不久，左宗棠调在浙各路官军齐聚杭州，按远近疏密，将杭州城团团围住，志在必得。
这一天，左宗棠带着一应文武官员，赶到余杭一带察看形势，寻找李秀成的破绽，但衙门的报事快马却飞至余杭大营，请左宗棠急速回衙，言称有旨递到。左宗棠不敢怠慢，稍事布置即返回富阳接旨。
旨曰：“内阁奉上谕：照耆龄所奏，浙江巡抚着曾国荃补授，左宗棠毋庸留任。钦此。”
左宗棠心头一动，他万没想到，朝廷将他撤任的圣谕来得这般快，他未及多想，急忙接旨面北谢恩，正要起身，不期二旨又到。
旨曰：“内阁奉上谕：福州将军着耆龄暂行署理。赏左宗棠头品顶戴兵部尚书衔、都察院右都御史实授闽浙总督。前已有旨浙江巡抚着曾国荃补授，曾国荃着仍统前敌之军驻扎雨花台，一意相机进取以图江宁，毋庸以浙事为念，浙江巡抚着左宗棠兼署。左宗棠身任闽浙总督，浙省系总督辖地，既兼署巡抚，尤责无旁贷，闽事防剿亦须左宗棠从速布置，莫负圣恩也。钦此。”
左宗棠未及传旨差官将圣旨读完，已是泪流满面，哽咽出声，感恩之情无法控制。
他接旨在手，面北连连叩头谢恩不止，口里哽咽着说道：“臣有何德何能，受朝廷如此倚重！”
当晚，左宗棠浮想联翩，夜不成寐，一个人坐在书房里，一边流泪，一边草拟谢恩折，无非是向朝廷表示一下自己的忠心。
折子拜发不多几日，耆龄委派护送总督关防的官员便到了：计送到闽浙总督关防一颗，福建盐政印绶一颗。左宗棠于是恭设香案，望阙叩头，接收印绶。
消息很快传开，各路将领由四面八方各防地骑马赶回，为左宗棠贺升迁之喜。
左宗棠一时高兴，便把刚到任的富阳知县传来，吩咐道：“连日攻城，各路将官都疲劳过甚。你带人筹办一下，摆几桌酒席吧，大家都乐一乐。”
富阳知县诺诺连声，退出去后，就让人分头去张罗，却哪里张罗得来？当时富阳新克，十室九空，百姓十去七八，鸡、鸭、猪等一应牲畜，都被太平军宰杀果腹，不要说一下子要筹办十几桌酒席，就是一桌，也办不来。
富阳知县派人东寻西找，整整忙乱了半日，眼看天将过午，才好歹在一条水沟里寻到了一条死狗。
富阳县忙命人将死狗打捞上来，幸未腐烂，马上便传仵作就地剥皮破肚，又忙着领人出城去寻找蔬菜，倒真真难为了他。
正在这时，军兵簇拥着一顶花轿进得城来，却是胡雪岩背着左宗棠，派人把香姑娘接来了。
胡雪岩预料到富阳新克，一应吃食必奇缺，所以又特从严州拉了一车蔬菜和十几头猪过来。
富阳知县闻报，当时把他喜得涕泪横流，拉着胡雪岩就喊菩萨，当即命人宰猪洗菜，忙将起来。巡抚衙门的这顿喜酒，从午后未时开始喝起，直闹到夜半子时才休。左宗棠被人扶进上房，香姑娘慌忙把他安顿到床上躺下，又忙着为他更衣、擦脸、濯足。
香姑娘嗔怪道：“老爷，您让贱妾怎么说呢？您已年过半百，又补授了总督大员，不比从前，还由着性子做事。传出去，让人笑话呢！”
左宗棠喷着酒气说道：“香儿啊，你们女儿家，哪里懂得男人的心事啊！没有破格的天恩，一榜出身的人，是很难被拔擢到总督高位的呀！想那张石卿张大人，在云南立了多少功劳，才有幸署理了云贵总督。他老调授湖南巡抚后，正逢长毛攻到湖广，他老在长沙一年，何曾睡过一个囫囵觉啊，这才又升署了湖广总督。他老到湖广还没把关防捂热，就转补山东巡抚了。张大人两次署理总督都没得实授，何也？还不就是缘于他老是一榜出身吗！香儿你说，我左季高有何德何能，敢同张大人比呀！朝廷却把我从浙江巡抚，直接拔擢成总督，连署理这个环节都省了。这是真正的皇恩高厚啊！我出山这么多年来，从未这么高兴过，我能不高兴吗？”
香姑娘小声说道：“老爷高兴归高兴，可也不能喝这么多酒啊。朝廷升授您老做总督，是让您老去办大事，可不是让您老尽着性子喝酒啊！您老口里常说曾涤生曾大人，他老不仅是两江总督，还是协办大学士呢。他就这样拼命地喝酒吗？”
左宗棠闭着两眼，摇头说道：“香儿此言差矣！左季高无论有多大的能耐，也比不过曾涤生啊！曾涤生是两榜出身，又是天子门生，不仅可做我大清国的总督，还能入阁拜相。我左老三就不一样了，我是一榜，按我大清体制，一榜是不准入阁拜相的，满汉皆然。香儿，我这么说你还不明白吗？我率勇援浙不久即署理巡抚，旋又实授，这已是破格；在巡抚任上未及两年，又升授总督，成了一品大员，这又是破格。要知道，一榜出身得授总督，便已是官至极致，我多喝几杯不可以吗？”
香儿无奈地叹息道：“老爷说的是，老爷多喝几杯是该的，是香儿多嘴多虑了！”左宗棠满意地一笑，竟很快睡去。
香姑娘却小声嘟囔了一句：“将相本无种，还要看出身！想不到这一榜、两榜，竟有这么大的差别！”不久，左宗棠收到军机处章京潘祖荫的密函，这才得知他得授总督的实情。
左宗棠看罢潘祖荫的信，忽然冷笑一声道：“伯寅倒很会为涤生做人情，朝廷若听他的话，也就不让恭亲王在军机处领班了！涤生一心想让老九补授浙抚才是真的！”
左宗棠马上含毫命简，给军机大臣李棠阶书函一封，探问实情。
李棠阶很快复函。左宗棠看毕，这才知道潘祖荫果然所言不虚，他能被朝廷破格拔擢至总督高位，的确是曾国藩上的一篇折子起了作用；而将曾国荃实授浙江巡抚，却恰恰与曾国藩无关，反倒是耆龄举荐的结果。
左宗棠握信的手有些发抖，苦苦思索，却无论如何都想不出其中的奥妙。
当晚，他给曾国荃写信这样说道：“麾下所承恩命，抚治是邦，谕旨仍以江宁大端见属，暂可无须兼顾。具仰圣虑渊深，于缓急轻重之衡，曲尽其理。异时移平吴节，南渡钱江，或者此邦其终有望乎。弟则殚虑竭忠，亦终靡补。”左宗棠在信末接着写道：“时局方艰，官职愈高，责任愈重。总制之命不敢辞，而亦未敢任，且尽吾心力所能到者赴之。”
左宗棠也想给曾国藩写一函过去，但思虑许久，却无从下笔，不知该怎样写才好。良久，左宗棠掷笔于案，只将给曾国荃的信封缄，传人交快马送走。
左宗棠已经切实感受到，曾国藩不仅是大清国的护身，还是他左宗棠的护身。
同治三年（公元1864年）二月十二日，左宗棠将中军大帐移至余杭横溪头驻扎，并下令围城各军，实施近距离攻城，同时着打援人马绑扎云梯，对杭州实行强攻。
左宗棠用兵，爱打巧仗，不喜硬拼，但杭州城守城太平军防守严密，无论如何引诱，坚不开城，左宗棠无奈之下，只好行此下策。
其实，此时守杭州城的太平军只有两万余人，早在三个月前，李秀成便将在浙的大部太平军调去解江宁之围；李秀成、李世贤、汪海洋等首领，也已经离开浙江多时。
杭州城里的两万余太平军，其实就是在浙太平军的全部。
左宗棠一直以为守杭州城的太平军不少于十万众，所以不敢强取，只能围困，想通过消耗彼军粮食的方法取胜。后来左宗棠驻节余杭后，经反复观察，终于发现，守卫杭州城的太平军，并不像传闻的那样多，这才下定决心硬取。
太平军此时已粮草殆尽，目前正在城里靠宰马杀牛赖以生存。尽管这样，当各路官军强取城池时，太平军仍拼死抵抗，城头倒下一批，很快又补充一批，整整激战了三天两夜，不仅护城河里落满了尸体，连城墙都被染成了红色，这才启北门撤退，却又遭到刘培元所部炮轰、截杀，几乎无一存活。
刘松山统军由正门进城，在城内搜剿太平军余部；左宗棠则委员随军入城，张贴安民告示，稳定杭州局面。
杭州，原本是浙江省省城，住有人口八十余万，是闽浙乃至江西一带最繁华的商埠。此役过后，居民仅存八万，牛马亦被宰杀殆尽，不抵湖南一县城矣。
原浙江巡抚衙门已被太平军改作侍王府，面积不仅比原来扩大了一倍，各屋的墙上还都被画上了猴子，极其不伦不类。刘松山命兵勇先将各房屋墙上的猴子图像全部铲除，又一一粉刷干净，重新挂上巡抚衙门的金匾，这才请左宗棠入城视事。
当晚，左宗棠在巡抚衙门大摆酒宴，庆贺浙江全省收复；由左宗棠亲笔草拟的收复杭州的红旗捷报，也于当日拜往京城。随红旗捷报同行的，自然是长长的一串保单，和阵亡将弁请恤名录。
同治三年（公元1864年）三月二十八日，圣旨由快马递进巡抚衙门。左宗棠率一应在侍文武官员跪于官厅之上听宣。
圣旨先依左宗棠所奏将攻克杭州情形复述一遍，然后才道：“闽浙总督左宗棠，自督办浙省军务以来，连克各府州县城池，兹复将杭州省城余杭县城攻拔，实属调度有方，加恩赏加太子少保衔，并赏穿黄马褂。浙江布政使蒋益澧，提督衔湘军统领刘松山，自调任浙江以来，战功卓著，兹复亲督各军克复杭州省城，实属奋勇异常，着赏穿黄马褂。”
圣旨随后又对刘培元等出力员弁给予一一奖赏，可谓皇恩浩荡，无一疏漏。
各军稍事休整，又分别补充了兵员，左宗棠这才遣刘松山所部先期入闽征剿闽省太平军各部。左宗棠则会同蒋益澧、胡雪岩等人，督饬各州县整修书院，并在杭州、宁波两地设立印书局，大量刊刻“四书五经”，抢救被太平军破坏、摧毁的中华传统文化。
考虑到春耕在即，历经战火洗劫的浙江，土地荒芜，人口流失过大，耕牛、籽种均无从筹措，左宗棠不久又奏上《沥陈浙省残黎困敝情形》一折，希望朝廷能帮着想些办法。
折曰：“浙江此次之变，人物凋耗，田土荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝。现届春耕之期，民间农器毁弃殆尽，耕牛百无一存。谷豆、杂粮、种子无从购觅。残黎喘息仅属者，昼则缘伏荒畦废圃之间，撷野菜为食；夜则偎枕颓垣破壁之下，就土块以眠。昔时温饱之家，大半均成饿莩。忧愁至极，并其乐生哀死之念而亦无之，有骨肉死亡在侧，相视而漠然不动其心者。哀我人斯，竟至于此！臣于去冬曾筹补救十二条，刊发各属。现复筹采买豆谷种子，购办耕牛，招集邻省农民来浙耕垦，冀将来或有生聚之望。唯浙省被难地方极广，巨富绅民早已避地远徙，捐无可捐。臣军之饷，积欠太久，日食尚艰；虽所过地方，每与各统领、营官、哨官共图分食煮粥，俵散钱米，所获贼中谷米，亦酌量赈粜煮粥，暂救目前。然涓滴之施，无裨大局。且距新熟之期太远，灾民朝不保暮，难冀生全。”
此折拜发不多几日，左宗棠又派胡雪岩赴各省筹措银两，广购谷米种子。
胡雪岩知道左宗棠此时最是用银之际，当下一口便答应下来，转日就带上随员，踏上了筹饷、购种之路。
胡雪岩离开后，左宗棠又札饬各府、州、厅、县衙门，密访当地富绅，或浙籍外地官员，号召他们捐银捐物、捐粮捐种，以期尽快恢复元气。
此札发出不久，左宗棠还当真摸到一条大鱼。
此人姓杨名坊，字启堂，一字憩棠。杨坊籍隶浙江鄞县。初在上海为外国洋行当买办，发财后，便在洋泾浜开设泰记商行，专干贩卖鸦片的勾当，愈发富不可当，选为四明公所董事。上海小刀会起义期间，他捐官以同知衔为江苏巡抚吉尔杭阿管理军需，又奉命与英、美、法侵略者勾结，筑围墙断绝起义军接济。因功由同知升为道员，咸丰六年（公元1856年）又加盐运使衔。咸丰十年（公元1860年），太平军进攻上海时，与苏松太道吴煦联合，又勾结美国人华尔组织洋枪队，受命出任洋枪队管带，抗击太平军。
杨坊出任洋枪队管带后，又将其女嫁华尔为妻（实为妾），受华尔百般躏蹂致死。同治元年（公元1862年），署理江苏按察使，后实授常镇通海道，未赴任，托病归籍。杨坊回籍后，运回大批的银两及珠宝，二十几间闲房子里，亦囤积了大量的粮食等物，真正叫富可敌省。
很显然，坐拥巨资的杨坊，要在原籍安享自己的风烛残年。
杨坊回籍初，鄞县知县为安抚难民，曾三次登门恳请杨坊，或设粥棚，或拿出几石粮食，接济难民。
杨坊自恃自己做过朝廷大员，保护上海又立有大功（他所谓的大功就是组建洋枪队），顶子又已见红，根本没把小小的知县放在眼里。
知县劝他设粥棚救济难民，他则抚须说道：“拿些银子造座桥梁，上面能刻老夫的名字。设个粥棚让大家来吃，总不能把老夫的名字硬刻到人家的脸上。安抚百姓是你地方父母的事，却不干老夫的事。你若饿得紧，老夫就让管家给你送上一袋米救急。出力不讨好的事，老夫可从来都不干。”
一番话，直把知县气得三魂出窍，七孔生烟，却又不敢奈他分毫，只能一个人走出去想办法。
知县见到巡抚衙门发来的札文，自然要把杨坊报将上去，连杨坊说过的几句话，也一字不落地写在上面。
左宗棠收到鄞县知县的回文，当时就气得须发皆张，拍案骂道：“这杨启堂还算个人吗？你不捐粮捐银也就罢了，如何还说这么多不中听的话呢？你不是坐拥巨资吗？本部堂偏要查一查你这些银子是哪里来的！”
左宗棠连夜把杨坊的情况禀告给朝廷，狠狠告了杨坊一状，说他为富不仁。左宗棠又传文案给衢州府知府衙门行文，调衢州府新授知府林聪彝来巡抚衙门听命。
林聪彝字听孙，福建候官人，乃前云贵总督林则徐的次子。林聪彝时年四十一岁，是咸丰年间进士，官至五品郎中。到浙江后，做过一任知县，一任州同，因收复杭州有功，得赏四品顶戴实授衢州府知府。林聪彝为人率直，为官刚正，极具乃父之风，浙江官场无人能道半个不字。左宗棠调他过来，是想让他出面来办理杨坊的事。
左宗棠私下对香姑娘说道：“这个杨坊，不办他一办，他是要忘掉祖宗的。他不是想把名字刻在桥上被人千古传颂吗？本部堂就成全于他！他还敢自称什么老夫，真是太狂妄了！我大清开国至今，老夫是什么人都敢称的吗？”
香姑娘再次被左宗棠说进云里雾里，她小声问道：“老爷，老夫老夫，不是人到了一定的年纪，便可称的吗？原来不是这样的？”
左宗棠抚须笑道：“说起来呢，朝廷倒也没有明文规定过，但官场上呢，却就有条不成文但大家都知道的规矩。我大清的官哪，不管胡子多长，也不管年纪几何，只要没有拜相，就不准以老字自居。涤生比我长一岁，他可以称老，我却不敢称老。他杨启堂算个什么东西，不过捐了个顶戴，他也配称老吗？就凭他的出身，他就算活到三百岁，也只配做晚生！”
香姑娘被左宗棠的一番话说得再次睁大了眼睛。