翰林院：官署名，掌编修国史、草拟有关典礼的文件等事。最高长官为掌院学士（从二品），属官有侍读学士（从四品）、侍讲学士（从四品）、侍读（从五品）、侍讲（从五品）、修撰（从六品）、编修（正七品）、检讨（从七品）等。
都察院：官署名，是监察、弹劾及建议机关。最高长官为左都御史（从一品），属官有左副都御史（正三品，例由在京部、院大臣兼）、六科掌印给事中（正四品）、御史（从五品）等。右都御史（从一品）例由地方总督兼，右副都御史（正三品）例由地方巡抚兼。
大理寺：官署名，有最高法庭性质，最高长官为大理寺卿（正三品），属官有大理寺少卿（正四品）、大理寺左右寺丞（正六品）、大理寺左右评事（正七品）等。
太仆寺：官署名，掌马政。最高长官为太仆寺卿（从三品），属官有太仆寺少卿（正四品）、太仆寺员外郎（从五品）、太仆寺主事（正六品）、太仆寺主簿（正七品）等。
太常寺：官署名，掌宗庙祭祀事务。最高长官为太常寺卿（正三品），属官有太常寺少卿（正四品）、太常寺员外郎（从五品）、太常寺满汉寺丞（正六品）、太常寺协律郎（正八品）、太常寺汉赞礼部（正九品）、太常寺司乐（从九品）等。
詹事府：官署名，是文学侍从、词臣迁转之阶。原归翰林院，后单设。最高长官为詹事府詹事（正三品），属官有詹事府少詹事（正四品）、詹事府左右春坊庶子（正五品）、詹事府左右春坊中允（正六品）、詹事府左右春坊赞善（从六品）、詹事府主簿（从七品）等。
宗人府：官署名，是管理皇室宗族事务的机构。最高长官称宗人府令（正一品），由宗室王公大臣兼领，属官有宗人府丞（正三品）、宗人府理事（正五品）、宗人府副理事（从五品）、宗人府经历（正六品）等。
吏部：官署名，掌全国文官品秩、铨叙、课考、黜陟和封授等。最高长官为尚书（从一品）、左右侍郎（正二品），属官有通政使司通政使（正三品）、通政使司副使（正四品）、郎中（正五品）、员外郎（从五品）、主事（正六品）等。
户部：官署名，掌财赋、户籍等。最高长官与属官设置同上。
礼部：官署名，掌礼仪、祭祀、贡举、教育等。最高长官与属官设置同上。
工部：官署名，掌各项工程、工匠、屯田、水利、交通等。最高长官与属官设置同上。
兵部：官署名，掌全国武官黜陟、兵籍、军械、关禁、驿站等。最高长官与属官设置同上。
刑部：官署名，掌全国刑狱。最高长官与属官设置同上。
总理各国事务衙门：官署名，简称“总理衙门”、“总署”、“译署”。咸丰十年，清政府为办理洋务及外交事务而特设的中央机构。由恭亲王奕等人奏请，于咸丰十一年一月二十日批准成立。官员分大臣、章京两级。规定由亲王一人总领，实际上是首席大臣，其他大臣则从军机大臣、大学士、尚书、侍郎、京堂中指派兼任，统称总署大臣。
总理海军事务衙门：官署名，简称“海军衙门”，是清政府管理全国海军的机构。光绪十一年十月设立，由醇亲王奕譞为总理，庆亲王奕劻、北洋大臣李鸿章为会办，正红旗汉军都统善庆和兵部右侍郎曾纪泽为帮办。中日甲午战争北洋海军覆灭后，该衙门亦裁撤。
督办政务处：官署名，是清政府为推行新政而设置的办事机关，于光绪二十七年设立。负责制订新政各项措施，掌管各地官吏奏章及办理全国官制、学校、科举、吏治等事务。
外务部：官署名，光绪二十七年设置，取代总理各国事务衙门掌管对外交涉，班列六部之上。设有总理、亲王、会办尚书、侍郎等官。
军机处：官署名，清代辅佐皇帝的政务机构。雍正七年因用兵西北，设军机房，越三年改称办理军机处，简称军机处。于大学士、尚书、侍郎中选拔人员入值，称军机大臣，即大军机。任命时按各人资历分别称为军机处行走、大臣上行走、大臣上学习行走等。下设军机章京，习惯称小军机，掌缮写谕旨、记载档案、查核奏议等。
国子监：官署名，封建王朝的中央教育机构。清代设管理监事大臣，在大学士、尚书、侍郎内特简；次设祭酒、司业；属官有监丞、博士、助教、学正、学录、教习等。在地方设府、州、县学，在京师设国学，以监为学。选入学习者都称国子监生。原有住监课读的规定，后来渐成空文。
上海电报局：原来的大北电报公司，是由丹麦、挪威、英国、俄国四国公使联合创设的通讯机构，垄断大清对海外的收、发电报业务。
同文馆：亦称“京师同文馆”。清末最早的洋务学堂。同治元年为培养翻译人员，由恭亲王奕等奏设，在北京成立，附属于总理各国事务衙门。先只设英、法、俄文三班，后陆续增设天文、算学及德文、日文等班。光绪二十七年，并入京师大学堂。
公使馆：官署名，是国家的驻外机构。最高长官为公使，下设副公使、参赞、武官等。清朝于光绪元年始设。