三个月后，讨伐声、怒骂声渐渐息止，圣旨也就在这个时候来到了保定；但却不是将他革职拿问的圣旨，也不是允准他休致的圣谕，而是宣告大清国成立海军衙门的圣旨。
圣旨曰：“授醇亲王奕譞为总理大臣，庆亲王奕劻、文华殿大学士直隶总督兼北洋通商大臣李鸿章为会办，正红旗汉军都统善庆和兵部右侍郎曾纪泽为帮办。”
海军衙门全称为总理海军事务衙门。该衙门一切仿照军机处办理，与总理各国事务衙门平行，亦由亲王领班。总理海军事务衙门里的会办与帮办，统称海军大臣。
手捧圣谕，李鸿章真正是哭笑不得。他一面上谢恩折，一面拜发恳请辞缺休致折。朝廷照旧是不准。无奈之下，李鸿章只好再上一折，恳请留任直隶总督办理海军事务，可否不到京供职。
李鸿章不想进京供职，也不能进京供职，他怕蹈左宗棠的覆辙，在几位蔑视汉臣的王爷和太后中间受夹板气。他已打定主意，如果太后准他留任直隶办理海军事务的请求，他就再干几年，把北洋水师未购齐的铁甲船尽快购齐，在有生之年，把北洋水师乃至自己正在办理和已办成的洋务中未尽事宜尽快完善，然后就休致回籍去安度余生。设若太后执意要他进京供职，他就只能效仿倭仁的做法，长期告病假了，直到太后允准他休致为止。
圣旨很快送进总督衙门，慈禧太后全部答应了他的请求，并嘱其好好练兵，莫负圣望。李鸿章于是便不敢再有他想，全心全意地投入正办和未办的事务中去。
光绪十二年（公元1886年），李鸿章在奏设天津武备学堂的同时，又奏请官绅杨宗濂、买办吴懋鼎、淮军将领周盛波在天津合资设立自来火公司。光绪十三年（公元1887年），北洋水师除五艘舰只系福建船政局制造外，其余各舰均由国外陆续购进，包括铁甲船两艘、大小巡洋舰七艘，总计有舰只二十五艘。
海军衙门现在尚有七百万两海防捐可以使用，李鸿章准备用这笔银子再购进两艘铁甲船、三艘巡洋舰。李鸿章明年便整满六十五岁，后年便是六十六岁。他决定在自己六十六岁之前，把北洋水师舰只添购成三十之数。到那时，他就奏请设立海军，使北洋水师真正跻身世界海军之列，让日本以及所有西欧列强刮目。
这年三月，李鸿章奉诏进京到海军衙门议事，顺便进宫向太后请训。他进京的落脚地照例是贤良寺。进京的当日，他依例先到文华殿去虚应了两件公事，然后才赶到海军衙门去议事。所谓议事，其实也不是什么大事，不过是核对一下海防捐，报销几笔购船账目，再就是议一议下半年购船的数量，大概需银几何等等。
醇亲王没在衙门，但他却让曾纪泽捎话给李鸿章，等李鸿章到后，便让曾纪泽陪着去王府，并声称礼亲王和庆亲王都在那里候着。他要给李鸿章洗尘。李鸿章听了曾纪泽的话，不由苦笑数声，只得同着曾纪泽一起赶往醇亲王府。
当时正是北方风雪弥漫的时候，可谓滴水成冰，呵气成霜；一排一排的树挂，形成无数个大白伞，把京城装点得格外萧条、冷漠。
但醇亲王府的会客大厅里，却是暖意融融。三个王爷围在一处，都穿着鹿皮小马夹，脸上泛着油光，叉着两腿，正哈哈笑着说着什么。李鸿章同着曾纪泽进来，早有人飞跑过来侍候掸雪、宽衣，然后便手托着二位大人的皮毛大衣在前面哈腰引路，走向大厅。
李鸿章对着王爷们施礼，醇亲王和庆亲王赶紧起身来扶，只有礼亲王大咧咧地坐着，口里笑道：“少荃哪，这也不是在衙门，免了吧。”
曾纪泽也对着众人一一礼过，然后便坐下，又有家人跑进来摆茶、摆果子。曾纪泽自打国外回来身体一直不好，总是闹毛病，所以他到王府也只是坐了坐，见没什么大事可议，便提前告辞出来。三位王爷也知道这位袭侯的身子骨不强壮，便也不强留，放他回府去歇着。
醇亲王这时说道：“少荃哪，天冷，咱们几个今儿吃羊肉锅子吧。我让他们用虎腰子打底儿，壮肾。”
李鸿章笑着欠欠身道：“王爷美意，下官感激不尽。下官每次来京，不是醇亲王爷请吃，就是礼王爷和庆亲王爷做东。也不知几位王爷，什么时候能得空闲，到保定或天津走一遭儿，让下官也尽尽心。”
庆亲王这时道：“少荃哪，你这次进京，我要先向你道个喜。”
李鸿章一愣，问：“王爷这话可让下官糊涂了。下官这几年光挨骂了，哪还有什么喜呀？”
醇亲王道：“少荃，你别插嘴，让庆亲王说。”
庆亲王道：“少荃哪，你知道，驻日公使徐承祖五月任满，上头准备放李兴锐接任，同时把二等参赞官黎庶昌提拔成一等。咱们经方是二等参赞，照理也应该晋一级，但这些话你不能说，只能我说。所以哪，我就给上头递了个折子，保了一保。我同你说完这些，你可能不大在意，但这里面却有个讲究。什么讲究呢？就是李兴锐现在病得要死要活，肯定不能去日本。他不去日本，这公使一缺就得放给黎庶昌。咱经方呢，自然就得接黎庶昌的缺分。所以哪，咱经方明着是晋一级，其实是晋了两级。你说这是喜不是喜啊？”
李鸿章苦笑道：“听王爷这一讲，这还真是喜事，吃完火锅儿，真得到庆亲王府去走一遭儿，看看府里还缺什么。下官回保定后，好让人置办一下送过来。”
醇亲王哈哈笑道：“少荃哪，你别明知故问了。他府里能缺什么？他庆亲王府同我们一样儿，什么都不缺，就是缺银子！你呀，以后在报销海防单子上，想着给我们留出一些也就是了。哈哈哈！”
李鸿章忙欠身问道：“下官上次让人来核销单子，不是已经给三位王爷每人留了二十万吗？难道三位王爷没有收到？”
世铎这时道：“那二十万自然收到了，醇亲王说的是以后。你手里的北洋水师，是海军衙门里的用银大户。你不能光图自个儿手头宽裕，时不时地也想着我们些。你李中堂不能眼看着我们三个喝西北风啊！”
李鸿章忙赔着笑脸道：“礼王爷，您老这可真是冤枉下官了。下官心里可以不想着别人，可却不敢忘了您三位王爷。北洋水师靠谁活着哪？还不是靠三位王爷！不过话说回来，北洋水师也有北洋水师的难处。三位王爷知道，北洋水师虽有舰只二十五艘，但炮弹并不足备，何况只有两艘铁甲船、三艘巡洋船，这些舰只都靠充足的弹药才能发生效力。现在各船多的是演习弹，少的是实战弹。衙门里的七百万两海防捐，还要用于添购铁甲、巡洋两种大船，而各省的济饷，有一大半都被截留，到不了北洋水师的名下。”
世铎笑道：“你这个李少荃，本王一跟你谈论正事，你就东拉西扯个没完。反正本王把话说到这儿，你以后看着办吧。没有银子使，我就打发管家到保定去问你借。”
醇亲王哈哈笑道：“礼王是把少荃看上了。好了，谈了半天了，也都该饿了。走，到里面吃锅子去！饭后再搓他几圈儿。”
李鸿章回到贤良寺的时候，天已是很晚。他让人简单热了碗粥喝下，便把同来的盛宣怀叫进房里，吩咐道：“你手里不是还有张三十万两的银票吗？你明儿兑成三张，每张十万两，分别送到礼亲王、醇亲王、庆亲王府去。今儿宫里来没来人？”
盛宣怀答：“宫里一共来了两拨儿，一拨儿是御膳房的张公公打发过来给您老请安的，职道照例递了他个五百两的红包；一拨儿是太后身边的李公公打发过来给您老道乏的，职道按您老的吩咐，给他封了张一万两的银票。”
李鸿章长叹一口气道：“北洋的确是块肥肉，谁都想咬上一口。他们现在是靠买船过日子，这么咬下去呀，早晚有一天，得靠卖船过日子！老夫活到这把年纪，还从没有见过这么贪婪的王爷！真是让人大开眼界呀！”
李鸿章话到此，忽然挥了挥手，盛宣怀急忙退出去。李鸿章坐着发了一回呆，忽然自言自语道：“咳，大清国的气数，是真将尽了！”