第二天早饭过后，李鸿章带上一队亲兵，决定去看望一下曾任总理衙门大臣现归籍养病的薛焕、前湘军将领提督衔现亦回籍休养的鲍超、前藩司严树森等人，顺便也浏览一下蜀地乡下的风情。李鸿章认为，不管自己与薛焕以前有多大的过节，薛焕现在已由老虎变成病猫，他都应该主动与之握手言和。李鸿章赶到薛府以后，薛焕果然大受感动，不仅热情款待，而且挽留李鸿章在府里一连住了三天。三天里，薛焕与李鸿章说了许多知心话。
两个月过后，李鸿章认为结案的时候已到，于是挥毫命楮，上折陈述吴棠参案的查办过程及结果。
在折中，李鸿章一共向朝廷汇报了六件事：一、经过访查，吴棠赴任途中，全家上下仅五十余人，更没有向沿途地方官勒索；二、吴棠到任没有收受过各属员礼份子，也就是说没有灰色收入；三、添置水桶不是用来盛银子的，是用来挑水的；四、提督胡中和驻防一军全行撤散纯属胡说八道；五、岑毓英差官入川是来催饷，不是来送礼；六、四川绅士和在籍养病的官员们都说，吴棠是好官，不是贪官，并称颂吴棠善政宜民，可为川省造福。
折子于当日交六百里快骑拜发。
其实，在李鸿章看来，他这么做，也并非故意为吴棠洗脱罪名，实在是因为吴棠所行之事，与昔时安徽巡抚福济比起来，根本就算不了什么。这样的事情也有人要参，显然是对人不对事。何况，用一个吴棠来保丁宝桢，也是件划算的事。
李鸿章设想，一个月后圣旨便能递到，路途如果不耽搁，他完全能赶到武昌过年。但就在这时，四川顺庆府酉阳州，发生了一起团民与教民互相残杀案。
当总督吴棠把消息透露给李鸿章时，李鸿章先是一愣，随后自言自语道：“照此说来，本部堂今年又不能同一家老小过团圆年了！也不知莲儿现在怎么样了？”
没过几天，圣旨果然火速递进总督衙门。圣旨先对李鸿章查办吴棠参案的结果表示满意，随后便让他速赴酉阳州，会同崇实、吴棠二人查办此次教案，不得迟误。
李鸿章长叹一口气，着人打点行装，当日便起程赶往酉阳州。
在酉阳州，李鸿章一住便是四个月，等教案全部办结，时间已是同治九年（公元1870年）的三月。
李鸿章起程出川，恨不能一步跨到武昌。
在途中，许钤身笑着对李鸿章说道：“大人，从接到圣旨的那一天起，下官就一直担心，怕您老这趟差事两头不落好。真想不到，会是这么一种结果！上头满意，吴制帅也没得话说，还间接保了丁宫保。”
李鸿章笑道：“这件事我心里清楚，满意的是少数，不满意的占多数。吴仲宣这个人，人缘不好啊。”
一个月后，李鸿章一行顺利抵达武昌的总督衙门。
赵莲已于年前为李家添了一位少爷，生产极其顺利，母子俱各平安。李鸿章那颗悬了多时的心，至此才彻底落地。该子取名经述。
李鸿章此次入蜀查案，不仅保住了丁宝桢的前程，还有一个不为人知的收获：他的账上多了笔一万两银子的进项。
此时的大清国，内乱渐绝，百业将兴，通关频繁，洋务倡起，颇有中兴之象。
而曾国藩、李鸿章、左宗棠、丁宝桢等人，也被时人称作中兴名臣，声名远扬。
同治九年（公元1870年）五月，经过近一个月的休养，李鸿章决定重新着手筹办制粉钢磨制造局一事。但几乎就在同时，贵州爆发了声势浩大的苗民起义。只几日光景，贵州的部分州、县便被义军占领。
朝廷感于贵州兵力单薄，于是紧急下诏，授李鸿章钦差大臣衔，率原淮军旧部，驰赴贵州督办云贵军务，云贵两省督、抚、提悉归节制，湖广督篆暂由李瀚章署理。
李鸿章知道事急，只好把湖广的事情放下，把眷属妥为安置，也不等大哥到任，便把督篆先交湖北巡抚护理，带上一应随员匆匆赶往贵州。途中又接一旨，让他勿赴贵州，速改道转赴陕西督办军务。因为在陕西与回民义军作战的湘军悍将刘松山战死，左宗棠的楚军力不能支，朝廷不得不改变原来的征剿计划，决定先向陕甘增军。
李鸿章接到圣旨叫苦不迭，却又不得不硬起头皮飞檄各军赴陕，而他自己则带着随员缓慢前行。
也就是这时，大清国爆发了有史以来最大规模的教案——天津教案。随着事态的发展，天津教案很快成了大清国上下关注的焦点。
事情的起因是这样的：
《北京条约》签订后，法国天主教传教士在天津望海楼设立教堂，教堂内专设有育婴堂。
同治九年（公元1870年）六月，育婴堂收养的婴孩，忽然在几日间相继死去三四十余人，而就在此时，天津偏偏又出现了大规模拐骗幼孩的事件。当地百姓怀疑系教堂所为，这时偏又有人传说，教堂拐骗幼孩实为剜眼剖心作药材之用等语，百姓更加确信无疑。
这一天，百姓捉住拐骗幼孩者王三一人，并当即将其扭送至天津县衙门。经天津县知县刘杰审问，王三承认，其拐骗幼孩行为，确系教堂一名伙夫所指使。消息传出，民情顿时激愤，纷起声讨。
刘杰于是亲押王三前往教堂对证，近万名百姓亦聚集教堂前要求交出凶犯。教堂却大门紧闭，不予理睬。
法国驻天津领事丰大业闻讯，急带上秘书西蒙，奔赴三口通商大臣衙门，要求崇厚派兵弹压。偏偏崇厚没太把这事放在心上，竟然没有派兵，只打发了几名武弁前往教堂找刘杰了解事情起因。
丰大业见崇厚如此，于是大怒，当即捣毁衙署器物，又拔枪恫吓崇厚，崇厚吓得躲进内室没敢露面。
丰大业无奈，只好离开衙署径奔教堂。在路上，丰大业等人遇刘杰押王三迎面行来。
丰大业马上拔出手枪开了一枪，当即打死刘杰的随从高升。丰大业的秘书西蒙这时也拔出枪来威胁围观百姓。
围观的百姓见状，当时怒不可遏，当场殴毙丰大业、西蒙二人，随后又鸣锣聚众，焚毁法国教堂、育婴堂、法国领事署及英、美教堂等署所，打死英、美、法等七个国籍教士、商人二十余人。