在路上，李鸿章一连几夜和冬梅在梦里相会，醒来之后，不是泪湿枕巾，便是面带微笑，他专为缅怀冬梅写了八首绝句：
“莲房坠粉梦京华，戎马飘零何处家？无那江城传一纸，隔年又唱落梅花。”
“诗人寂寞欲归耕，为订樵青竹里盟。悔煞五年僧苦行，沾泥絮影尚多情。”
“柳营归骑指山庄，静夜添复待漏长。回首沧浪亭畔路，绿苔秋草黯斜阳。”
“浮家千里蓟门回，城角西风战鼓哀。娇女扶持同北徙，可怜辛苦贼中来。”
“袁江小聚嘿无言，落叶空房冷闭门。谁料匆匆成永诀，青衫空剩旧啼痕。”
“团扇秋风肯弃捐，别离终恐误婵娟。料知化石心如昨，不抱琵琶过别船。”
“生自湘西葬邗北，昙花一霎总因缘。魂归楚水应无路，夜夜春山叫杜鹃。”
“宦情孤似谋巢燕，羁思凄如抱树蝉。多愧淮南丹未熟，旧时鸡犬已升天。”
李鸿章来到徐州钦差行辕，便早把心中的儿女私情放到一边，当日即开印视事，全力办起剿捻大事来。
经过一番深思熟虑，李鸿章决定此次剿捻，仍采用对付赖文光的方法，修筑圩寨，坚壁清野，沿河挖濠，使捻军躲无可躲，藏无可藏。
李鸿章把自己的想法上奏给朝廷，旨准。
李鸿章随后提军北上，将钦差行辕驻在德州城外，连日飞催各路人马设法堵截张宗禹，又在怀庆、卫辉一带，布下一个老大的口袋，待把张宗禹引进来后，伏重兵围而歼之。
山东巡抚丁宝桢感于李鸿章的保举，自不肯袖手旁观，竟率亲兵营进驻河间，就近办理河区防务，又把抚标七营交给李鸿章使用，配合围剿，以助李鸿章此次剿捻作速功成。
李鸿章二次剿捻期间，朝廷又对各地督抚做了一番调整：调两江总督曾国藩到直隶出任直隶总督，曾国藩未到任前，直隶总督仍由官文署理；曾国藩所遗之两江总督缺分，由闽浙总督马新贻补授；升署两淮盐运使丁日昌为江苏巡抚；广东巡抚郭嵩焘因与两广总督瑞麟不睦，受瑞麟参奏，被革职回籍。
李鸿章此次征剿张宗禹西捻军颇为顺手。这一则是因为有直隶署督官文的支持，一则是有三口通商大臣崇厚的助剿与其辖下的洋枪队的参与。再则因为丁日昌成了江苏巡抚，江南制造总局生产的枪炮弹药尽着他用，加之丁保桢等地方督抚也都不再掣肘。还有一点也不能不提及，就是陕甘总督左宗棠率军追赶到直隶，不仅堵住了张宗禹西捻军的进京之路，而且加厚了兵力。这就使得征剿成效事半功倍。
同治七年（公元1868年）六月二十日，李鸿章率各路大军，历经半年的厮杀、堵截，终将张宗禹所部西捻军围在大运河徒骇河圈套之内。
李鸿章随即命令各路人马逐步缩小包围圈，层层拦截，使得捻众越剿越少，终于逼得张宗禹走投无路，只好投水自尽。
西捻军终于被全部剿灭。同年七月初八，一篇红旗捷报由钦差行辕拜发，火速递进京师。
一个月后，奖赏圣谕由八百里快骑飞递德州钦差行辕：“李鸿章着先行赏还双眼花翎、黄马褂、一等骑都尉世职，其叠次因剿捻不力降革各处分，并着查明开复……李鸿章等暨英翰、丁宝桢等均俟一律具报肃清听候恩旨，所有叠次剿贼最为出力之刘松山、郭宝昌、郭运昌、宋庆、张曜、善庆、温德勒克西、陈国瑞、郭松林、潘鼎新跟踪追剿，历时最久，不辞劳瘁，甚可嘉尚。刘铭传敷经抵营，虽于剿办此股捻匪战绩无多，唯该提督前剿任、赖各逆勤劳卓著，此次带队会剿，荡平丑类，亦属一体有功。该都统、提督等及所部马、步各队出力人员，着各该大臣督抚等迅速查明，核实请奖，以昭懋赏，其余出力员弁，并着一并请奖，勿许冒滥。钦此。”
李鸿章率众刚刚谢恩毕，二旨又到：“李鸿章着赏加太子太保衔、协办大学士、兵部尚书、都察院右都御史补授湖广总督。钦此。”
李鸿章愣住，他没有想到朝廷会如此破格奖赏于他。按大清官制，太师、太傅、太保位列三公，虽是虚衔，但非有大功人员亦难获得；而协办大学士又是入阁拜相，必须递补的一级，虽属正额大学士之外，但也是堂堂协揆。当时的大学士共设四人，满汉各半，加殿阁号。协办大学士两人，满汉各占一人。含协办在内，大学士共为六人。分别为：大学士官文（满员）、倭仁（满员）、贾植（汉员）、曾国藩（汉员）；协办大学士瑞常（满员）、朱凤标（汉员）。贾植年初因病致仕①，朱凤标依序递补，正好空出一个协办大学士席位。
大清的官员何止千万，军兴以后，赏二品顶戴的各地督抚及在京大臣，更高达三百人！而李鸿章恰是在这三百人当中，挤进了六人组成的大学士行列！不独朋僚大感意外，连李鸿章本人也没有想到。
李鸿章是年四十有五，大清开国以来，四十五岁位列三公又递补协揆的，仅其一人而已。
送走传旨差官，一班领兵大员二次施行大礼，恭贺李鸿章高就。
李鸿章满面春风，亲自降阶相扶，连称“同喜同喜”。
当夜，李鸿章依例草拟《请入觐片》，向朝廷提出北上请训的要求。这也都是依照老例。
李鸿章将该片着师爷誊清，正封装之际，忽然又想起恩师曾国藩曾经讲过“有功不可独享”的话，于是又铺纸挥毫，草拟了一篇《请加恩从前督办诸臣片》，奏请加恩从前督办军务之僧格林沁、曾国藩、官文、左宗棠等人，以示皇恩浩荡。
此片连同前片一同封装，交由钦差行辕的六百里快骑递往京师。
一个月后，圣旨下，照李鸿章所请，准其进京入觐。李鸿章接旨不久，即打点行装，携钦差大臣关防，带少许亲兵，迎着初秋的浓雾，踏上了去往京师的路途。