曾国藩开始传命全军上下为移师祁门做准备。
李鸿章接令的当天，便偷偷拿出太平天国绘制的皖省全境图细细观看。李鸿章一看之下不由大惊失色。他发现，祁门两面靠山，一面环水，只有一面有大路。李鸿章不知咸丰帝是基于何种考虑，要把两江总督衙门暂设在这里。他拿出大清国的皖境图与太平天国所绘之图比照着看，这才找出原因。原来，大清国皖图标注的祁门，只有一面环水，而未指明两面靠山。李鸿章不知孰对孰错，没敢轻易发表意见。
曾国藩拔营向祁门进发。到祁门的当日，李鸿章便急忙带上两名文案，对祁门的地形做了一番考察，这才肯定是大清国的地图错了。
李鸿章不敢耽搁，急来大营见曾国藩：“恩师，门生刚带人勘察了一下祁门的地形，所以急着来向恩师进言。”
曾国藩忙问：“少荃，你发现了什么不对吗？请讲！”
李鸿章用手指着曾国藩面前的地图道：“按图上所示，祁门一面环水，三面有路，乃通达开阔之地。其实不然。门生骑马绕祁门走了一大圈，发现这里一面环水不错，但两面靠山，只有一条大路供行人进出。朝廷拟把督署建在祁门，实是上了地图的当了！”
曾国藩一愣，不由自问了一句：“这么大的谬误，怎么可能呢？少荃，你午后再陪我走一圈！”
李鸿章心下有些不快，但口里还是极爽快地答应了一声。踏勘地形回来后，曾国藩久久不语。
李鸿章急道：“恩师啊，眼见朝廷决策失误，您老还是快作决断吧。祁门乃兵家忌地，一旦有事，连条退路都没有啊！”
曾国藩皱着眉头问：“少荃，依你之见，大营建在何处最为妥帖？”李鸿章胸有成竹地回答：“恩师容禀，门生大胆以为，大营若屯扎在东流，方为万全之策。东流地域开阔，进可攻，退可守。”
曾国藩缓缓说道：“朝廷旨令把大营建在祁门，也不全错。祁门靠近屯溪，而屯溪又是江西、浙江、安徽三省的咽喉。何况，大营建在祁门，也只是权宜之计，一俟江宁克复，自然要移过去。再者，长毛经过内讧，元气已大不如前，他们现在自身尚难保全，还能分出兵力袭我祁门吗？少荃哪，我看你是多虑了！”
李鸿章急道：“恩师容禀，所谓丧家之犬亦能伤人，长毛凶顽，又一贯诡诈，我们不能不提早预防啊！恩师为朝廷重臣，又是湘军之统帅，万不能疏于防范啊！”
曾国藩不再言语，默默地端起茶杯。李鸿章无奈，只好起身告退。但他不甘心，临出门又道：“门生恳求恩师三思。”
曾国藩如一座泥塑，一动不动。李鸿章当夜暗遣张升快马间道赶回乡下家中。三天后，张升返回，带给李鸿章家信一封。李鸿章持信来见曾国藩，哭道：“家母病重，门生不得不来向恩师辞行！”
曾国藩一愣，随后道：“这等大事，本部堂焉有不放之理？见到令堂大人，别忘了代我向她问候。传话粮台，把李观察存在账上的俸禄悉数提出。”
李鸿章忙道：“恩师容禀，我大营银饷正紧，恩师的俸禄也未提过一文，门生更不敢妄取一分。若门生确实需要，再来粮台支取也不为迟。门生就此告别，待家母稍安，门生再来帐前伺候。”
李鸿章双膝跪倒，接着说道：“门生为恩师安危计，再次恳请恩师，尽快离开祁门，早早移节东流！”
曾国藩扶起李鸿章，未置可否，只淡淡地说一句：“少荃哪，路上不大平静，你也要小心谨慎！”
李鸿章当日即带着张升离开祁门。其实，李母并未染病，这只是李鸿章为堂而皇之离开这里而想出的借口。至于临行不支取俸禄，则是李鸿章为自己预留的一个退步。
李鸿章这次又料个正着，就在他离开祁门不到十日，太平军便兵分四路突破几道防线，围向祁门。祁门大营当时只有亲兵营及文武随员约两千人。
太平军逼近祁门的消息传来，不仅幕僚闻之失色，连一贯沉稳的曾国藩也惊得目瞪口呆！他飞调正在安徽作战的曾国荃、鲍超两路人马回援。曾国荃、鲍超二军在回援的途中分别被太平军重兵阻击。
祁门的上空阴霾重重，百姓纷纷出逃，军心动荡。曾国藩一面出榜安民，一面忙着料理后事，他已经嗅到死亡的气息。好在鲍超的霆军比太平军早半天赶到祁门，曾国藩这才幸免于难。
曾国藩不得不佩服李鸿章的敏锐和先见之明。从提倡开厘捐一事上，曾国藩就从李鸿章的身上，切切实实感受到了一股不可遏制的力量。这股力量能使湘军在短时间内强大起来，并成为大清国无可替代的重要军系。
不久，曾国藩移师东流。到东流的当日，曾国藩即给在籍伺候母亲的李鸿章飞递札委，让他就地募勇五营以备调用。曾国藩不想再委屈自己的这个门生了。李鸿章见到札委后不由热泪盈眶。有生以来，这是李鸿章收到的最贵重的礼物。
很显然，对李鸿章为保全性命离开祁门一节，曾国藩不仅未怪罪他，反而对他更加重视了。
在曾国藩看来，李鸿章离开祁门并没有错。何况，他临行前曾再三谏言，是自己没有听从劝告。李鸿章很快在乡下像模像样地募起勇来。李鸿章仿湘军营制，每营定额五百人，营官都挑选可靠之人担任。
三个月的时间，李鸿章陆陆续续募齐五营淮勇，营官由廪生张树声和他的弟弟张树栅、秀才曾军将与李鸿章自己的两个弟弟鹤章、蕴章分别任领。
李鸿章在福济的眼皮底下募起五营团练且又不受其节制，这不能不让福济大动肝火；一纸参折从安徽巡抚衙门秘密发往京师。
福济决定送给湘军统帅曾国藩一副眼罩戴，福济不许湘系的人来皖境募勇。可惜的是，福济的折子还在递往热河行宫的途中，湘军统帅曾国藩即被朝廷实授为两江总督加钦差大臣衔；过了两天，安庆被湘军克复，朝廷又赏曾国藩太子少保衔。
福济的折子递进行宫的当日，曾国藩也接到谕旨：“钦差大臣两江总督曾国藩着统辖江苏、安徽、江西三省，并浙江全省军务。所有四省巡抚提镇以下各官，悉归节制。”
八月，咸丰帝在热河行宫病死，大清国所有参、奖、升、降等事一律停止。福济递进去的参折成了废纸一张，他为此险些悔断了肠子。
很快，年仅六岁的咸丰子载淳承袭大统，登基为帝，年号为祺祥。太平天国抓住大清国新旧交替这一有利时机，调集重兵猛扑上海，竟连破松江、太仓诸州郡。上海陷入太平军重兵包围之中。
当时的湘军大部分正屯集在江宁的周围，左宗棠所统率的楚军正在浙江境内作战，另有少许湘军则在安徽、江西境内。
曾国藩根本没有料到太平军会出此一招，江苏巡抚薛焕也早已是蒙头转向，不知如何应付突变的局面。
李鸿章恰在此时率五营淮勇，飞速地赶到安庆来向曾国藩禀到。李鸿章军马刚刚在城外扎下大营，户部主事、上海团练帮办钱鼎铭，也乘着轮船来到安庆。钱鼎铭到时，李鸿章正在安庆城内的总督衙门，向曾国藩讲述成军的经过。
钱鼎铭迈步走进签押房之后，先向曾国藩和李鸿章施行大礼，然后便从怀中掏出上海官绅的联衔求援函，双手举起，大放悲声道：“松、太已被长毛所破，上海眼看不保。值此存亡之际，上海道及万名乡绅，联名呈请制军大人，尽快发兵以援。上海现在是人心惶惶，官民纷纷出逃，下官改装易服才得来到安庆。”
曾国藩慌忙扶起钱鼎铭，问：“薛中丞的洋枪队呢？洋枪队不是很能打吗？”
钱鼎铭一边擦泪一边道：“大人容禀，洋枪队固然能打，可人数毕竟太少。古人云，好虎不抵群狼，洋枪队顾了苏州便顾不得太仓，顾了太仓又无法保护松江。”
“抚标军呢？”
“抚标军已经被长毛打得不成样子了，薛中丞想募勇补充都来不及了呀！”
“钱大人，你一路劳顿，先下去到饭厅用饭。兵发援救上海这件事，我们慢慢计议。来人，送钱大人去饭厅用饭。”
钱鼎铭被人领出去。李鸿章这时说道：“恩师，您老适才怎么不问江苏团练大臣庞钟璐庞大人的情况呢？”
曾国藩苦笑一声答道：“庞钟璐的团练只剩了不足一千人，不要说去剿贼，连自保都做不到。咳！薛焕这个人，我久有所闻。他仗着洋人的势力，株守上海，不思进剿，只顾每日收买宝玩以肥己囊。他奉旨办理通商以来，广纳贿赂，广交京中权贵，军务则不复一城，吏治则不办一事。薛焕办的这些事情，在京城传得沸沸扬扬，太后已传谕着我详察。这还用查吗？江苏这几年是让薛焕弄坏了。少荃，你以为江苏的事情，应该从何做起呢？”
李鸿章想了想答道：“回恩师的话，门生以为，江苏是两江的重心，而江宁又是皇家织造之所，江苏纺织一项自古就很发达。而上海则是洋商云集之地，漕粮厘金丰盈。如今江宁被长毛占据，上海则万万不能再落敌手。门生适才想，就算钱大人不来安庆，恩师也该对上海有个周详考虑。”
曾国藩听完李鸿章的话，没有回答，而是突然反问了一句：“少荃，你师已成，以后如何打算？”
李鸿章一愣，但很快镇静下来，回答：“回恩师话，门生是替恩师练勇，门生的团练，任凭恩师调遣。”
曾国藩站起身道：“走吧，讲了这半日，你也累了，随我出城到你的大营去看看。”李鸿章高兴地站起身，忙着去搀扶恩师。
当天，曾国藩将器械粮饷尽拨于李鸿章大营。李鸿章让委员一一登记在册。但曾国藩并不再提援上海的事。钱鼎铭虽心急如焚，却也无可奈何。李鸿章在安庆只能按着曾国藩的吩咐，每日加紧操练人马。