“九·一三”后周恩来领导的批判极左思潮的斗争，自1971年12月批林整风运动开始，到1973年下半年被迫中断，持续近两年之久。这场斗争的实质是：在可能的条件和范围内，努力纠正“文化大革命”中的错误，阻止和减少它的破坏，逐步恢复党和国家的正常工作，使国民经济在相对稳定的局势下摆脱困境并有所发展，安排好人民的生活。
1971年底到1972年上半年，随着批林整风运动的深入，批判极左思潮的斗争全面展开。这一段的斗争，集中表现在落实党的经济政策和干部政策方面。其主要特点是，周恩来自“文化大革命”发动以来所致力于发展生产、保护干部的一贯努力，正逐步转变为党的具体政策，并开始在实际工作中实施、生效。
1970年中共九届二中全会以来，周恩来就多次提出：要全面贯彻“抓革命、促生产”的方针，努力完成和超额完成国家计划。林彪事件后，各地各条战线都把加强企业管理，恢复和建立合理的规章制度，理直气壮地抓生产、学业务、钻技术，作为联系实际批判林彪一伙所散布的谬论的具体步骤，着重批判了空头政治的反动观点。
1971年12月至翌年2月召开的全国计划会议，是联系经济工作实际、批判林彪一伙干扰破坏的一次重要会议。会前，周恩来在听取国家计委汇报时指出：现在我们的企业乱得很，要整顿。进而首次提出整顿的意见。会后，国务院主持起草了《1972年全国计划会议纪要》，明确规定企业要恢复和健全岗位责任、考勤、技术操作规程、质量检验、设备管理和维修、安全生产、经济核算等七项制度，要抓好产量、品种、质量、原材料燃料动力消耗、劳动生产率、成本、利润等七项指标。这个文件的制定，体现了周恩来长期以来力求恢复和发展生产，坚持又红又专，反对空头政治和无政府主义的愿望。这个会议纪要，虽然后来被张春桥以种种借口加以否定，但其中贯穿的整顿的指导思想却在实际工作中得到体现，成为落实党的各项经济政策的未成文的“依据”。
1971年底至翌年5月，周恩来进一步从产品质量入手，解决企业无人负责、无章可循的混乱局面。1971年12月26日，他同叶剑英、李先念等一起听取了有关航空工业产品质量问题的汇报，明确指出：质量问题是个路线问题，要恢复合理的规章制度，批判无政府主义和极左思潮。之后，周恩来又对飞机和汽车生产质量问题多次批示，一再告诫质量问题须“提起警惕”，要“放在议事日程来解决”。
1972年四五月间，周恩来连续抓了出口罐头、衬衣、照相机等日用工业品和广交会展品的质量问题，尖锐指出：“现在是不敢管，无政府主义泛滥，领导机关不敢讲话”。根据他的指示要求，国务院对有关产品的质量问题专门发出通报，召集有关人员进行研究，查找、分析存在问题的原因。通过大力整顿，使一些产品质量得到明显改进。
“文化大革命”中，极左思潮也严重地影响了农村经济的发展，广大农民生产的积极性受到极大挫伤。为此，党的九届二中全会后，根据周恩来的多次讲话精神，国务院曾先后召开北方地区农业会议，全国棉花、油料、糖料生产会议和全国林业会议，决定适当放宽农村经济政策，允许农民个人经营少量自留地和家庭副业，允许生产队拥有因地制宜种植的灵活性。此外，国家还通过调高部分农产品的收购价、降低支农产品的出厂价和销售价以及实行粮食征购一定五年等政策，鼓励农民发展生产、改善生活。这是对农村长期搞“一平二调”、“割资本主义尾巴”等“左”的做法的初步纠正。
1971年12月，党中央又作出关于农村人民公社分配问题的指示，重申农村人民公社分配必须兼顾国家、集体和个人三者利益，坚持各尽所能、按劳分配的原则；同时，指示还要求各地不要硬搬照套大寨经验，要全面发展，不能把党的政策允许的多种经营当作资本主义去批判。这就在很大程度上恢复了过去党的正确方针，受到广大农民的欢迎。
十年动乱期间，林彪、江青集团煽起的“怀疑一切、打倒一切”的极端作法，使得各级领导干部普遍被打倒、挨批斗，许多老同志遭到非法监禁、隔离。不肃清这一极左思潮在干部问题上的影响，一大批干部就站不出来，就不能在各条战线上发挥他们的重要作用。
1971年10月，林彪事件刚过不久，周恩来即指示公安部对监狱情况作一次全面检查，并对在看管人员中存在的宁“左”勿右等错误思想认识提出批评。同时，在毛泽东的过问下，周恩来想方设法，使相当一批老同志解除了囚禁。根据他多次指示，有关部门还对这些老同志进行了及时治疗和妥善安置。对在“文化大革命”中不幸去世的老同志，周恩来也尽一切努力，以挽回损失。
1972年1月，陈毅逝世。出于对老战友的悼念以及对所谓“二月逆流”表示公开否定，毛泽东亲自参加追悼会，并慰问了陈毅的家属和子女。就在这次追悼会上，周恩来暗示陈毅的亲属将毛泽东关于邓小平是属于人民内部矛盾的评价传出，以扩大影响，广造舆论。在此之前，周恩来还曾利用各种场合让一些在“文化大革命”中遭受打击迫害的老同志公开露面。这一年1月下旬，他在一次谈话中指出：林彪一伙就是要把邓小平搞成敌我矛盾；听说有的地方还在讲“二月逆流”，现叶剑英副主席已主持军委工作，对再讲“二月逆流”的话，要进行批驳。
同年4月，陈正人、曾山两位老同志因医疗条件所限救治不力，十天内相继去世。这一情况，使周恩来认识到党的干部政策在实际工作中仍未完全落实。他一面要求卫生部尽快解决老干部的医疗问题，同时指示《人民日报》社起草一篇题为《惩前毖后，治病救人》的社论，经他修改后发表。这篇社论重申了毛泽东一贯倡导的“惩前毖后，治病救人”的方针，强调经过长期革命斗争锻炼的老干部是党的宝贵财富，要求排除干扰，正确执行党的干部政策。
在周恩来的持续努力下，自1972年以来，有越来越多的老同志站出来，有的重新担任了中央和地方的领导职务，成为不断纠正“左”的错误的重要力量。
与此同时，周恩来还亲自指导文化、卫生、体育等战线加紧肃清极左思潮的影响。他反复强调：过去，林彪造成了极左思潮、形式主义，只搞那个“突出政治”，不搞业务，不抓训练；现在是要提倡为革命刻苦钻研业务技术，提高质量，勇于攻关。针对文艺界万马齐喑、百花凋零的局面，周恩来尖锐指出，“极左思潮不肃清，破坏艺术质量的提高”。周恩来的这些意见，有力地推动了各条战线批判极左思潮斗争的开展。
在周恩来领导下，各地各条战线联系实际批判林彪的过程，实际上也是肯定“文化大革命”前的成绩、纠正“文化大革命”中的错误、恢复党和国家正常工作的过程。这不能不引起与“文化大革命”命运攸关的江青集团的极端仇恨。1972年初，张春桥就对《全国计划会议纪要》百般刁难，阻挠下发。随着形势的发展，党内坚持与否定“左”的错误的斗争也必然更加激烈。
1972年下半年是周恩来领导的批判极左思潮斗争深入发展的时期，也是党和人民同江青集团斗争异常激烈的时期。此前，批判极左思潮的斗争虽然取得了一定成绩，但党内外广大干部群众的思想认识的顾虑和障碍不可能在短期内得到解决。在这种情况下，周恩来提出要进一步批判极左思潮的意见。
1972年8月1日、2日，周恩来连续两天在人民大会堂向回国述职大使和外事单位负责人发表长篇讲话，系统阐述对国际形势、内外政策、批林整风、政治与业务关系等重大问题的看法，讲话贯穿了“要批透极左思潮”这一鲜明主题。他说：“极左思潮是有世界性的。中国也有极左思潮，在我们的鼻子下面也有嘛，外交部也有，驻外使领馆也有。”“实际上各单位的极左思潮都是林彪放纵起来的”，“就是空洞、极端，形式主义空喊无产阶级政治挂帅，很抽象，这是违反毛泽东思想的”。“关于这个问题，如果我们不好好做工作，还要犯错误。极左思潮不批透，右倾又会起来”。“如果在驻外使领馆现在还有人搞极左，就把他们调回来学习，不要妨碍我们的对外工作。”他明确指出：“运动就是要落实在政策和业务上。无产阶级的政治挂帅挂在什么地方呢？就是要挂在业务上。……如果真正考察一个干部，说这个干部运动好，但业务不好，说明还没有落实。”“各部门应该把老干部解放出来”。
周恩来的重要讲话，十分清楚地表明他力主深入批判极左思潮（即周恩来多次使用“批透”一语）的意图。为进一步启发人们的认识，他反复强调极左仍是当前各项工作的首要危险，引导各条战线批判极左思潮的斗争向纵深发展，而不是像前一阶段那样，一些单位反倾向斗争没有突出批“左”重点，仅停留在一般水平上。
在推动各条战线深入批判极左思潮的同时，周恩来还不畏险阻，亲自从“文化大革命”的重灾区教育、科技界入手，具体帮助广大干部和知识分子排除干扰，解决思想认识，尽快恢复教育科技界的正常工作。
1972年7月14日，根据美籍科学家杨振宁的建议，周恩来当面叮嘱北京大学副校长周培源要认真清理教育科研工作中的极左思潮，提高基础理论水平，把综合大学的理科办好，并强调：“有什么障碍要拔除，有什么钉子要拔掉。”
7月23日，周恩来又就周培源反映北大教师思想状况的来信指示国务院科教组和中科院负责人：要以该信“作依据”，将此问题“在科教组和科学院好好议一下，并要认真实施，不要如浮云一样，过了就忘了。”
9月5日，周恩来在接见巴基斯坦总统科学顾问萨拉姆时，再次强调开展自然科学理论研究的重要性，指出：现在在理论方面我们做得很差，不仅在原子能方面，就是一般科学也是如此，一句话，许多经验，没有理论，忽视理论，这是我最不满意的。几天后，他又写信给张文裕和朱光亚，对二机部某所十八位科学工作者来信中提到的发展高能物理研究的建议表示“很高兴”，并提醒“这件事不能再延迟了”，“科学院必然把基础科学和理论抓起来，同时又要把理论研究与科学实验结合起来。”在抓紧基础理论研究工作的同时，周恩来还提出了中学毕业生直接上大学的意见。
10月6日，根据周恩来一系列指示精神，周培源在《光明日报》上发表题为《对综合大学理科教育革命的一些看法》一文，提出“工和理、应用和理论都必须受到重视，不能偏废”；“要批判‘理论无用’的错误思想”，“充分认识到科学实验和自然科学理论的重大意义”。这篇冲破江青集团设置的重重阻力的文章的发表，使得在“两个估计”禁锢下备受压抑的广大知识分子受到极大鼓舞和启发。
周培源的文章发表后，张春桥、姚文元等公然宣称：“不管周培源来头多大”，都要追查、反击；“那些口口声声说要重视基础理论的人，其实最不懂得马克思主义”。他们在北大的一个亲信直言不讳地供认：“他们要拔掉钉子，就是拔掉我们。”随后，张、姚等还指使《文汇报》连续发表文章，对周培源的文章进行围攻，把矛头指向周恩来。
其间，人民日报社根据周恩来关于极左思潮要批透的讲话精神，组织发表了一组批判无政府主义的文章。这是自林彪事件以来在党报上首次集中批判极左思潮。姚文元看了这些文章后即提出：“当前要警惕的是右倾思潮抬头”，“不能说什么都是无政府主义，不要批到群众头上，不要混淆两类矛盾”。江青更是露骨地说：这些文章“就是要在全国转移斗争大方向。”江青一伙还一再查问文章的“背景”。在张春桥、姚文元的授意下，这年11月间，《文汇报》内部刊物《文汇情况》连续两期登载批驳文章，江青集团借机在人民日报社大搞所谓“反右倾回潮”运动。这样，在坚持批极左与反对批极左问题上，以周恩来为代表的党内健康力量同江青集团之间的对立开始变得明朗化、公开化。
同年11月底，双方的斗争终于发展到彼此“摊牌”的程度。11月28日，中联部、外交部在关于召开外事会议写给周恩来的请示报告中提出：鉴于林彪反党集团煽动的极左思潮在外事部门还没有得到彻底的批评和肃清，拟召开一次全国外事工作会议。任务是联系外事工作实际，彻底批判林彪反党集团煽动的极左思潮和无政府主义，以便更好地贯彻执行毛主席的革命外交路线。11月30日，周恩来对报告作出“拟同意”的批示。然而，次日张春桥却在送“总理再阅”的批语中明确表示反对批极左。他一方面诡称“不了解外事工作的全面情况”，另一方面又提出，“当前的主要问题是否仍然是极左思潮？批林是否就是批极左和无政府主义？我正在考虑”。12月2日，江青在对报告的批语中进一步提出，应批林彪卖国贼的“极右”，“同时也应着重讲一下无产阶级文化大革命的胜利”。
由于张春桥、江青的反对，12月3日中央政治局就此事进行讨论。根据政治局讨论意见，外交部重新修改起草《关于召开外事工作会议的请示报告》，删去了原报告写的批判“极左思潮和无政府主义”等语。但仍强调“主要学习毛主席最近一两年来关于对外工作的批示”、“总理今年8月1、2日接见驻外使节的谈话（纪要）”。12月4日，周恩来批示同意外交部的修改报告。
周恩来与张春桥、江青对外事会议报告所作出的观点针锋相对的批示，表明党内健康力量同江青集团的斗争已达到白热化程度，成为1972年前后这场斗争的最高潮。
当斗争处于胶着状态之际，人民日报社的一位负责人出于对江青集团大反“右倾回潮”、把矛头对准周恩来等一系列作法的不满，于12月5日写信给毛泽东，表示“很同意”周恩来关于《人民日报》等单位要批透极左思潮的意见，认为批极左不仅适合机关内部的实际情况，在舆论宣传方面也同样适用。信中还反映了张春桥、姚文元反对批极左的情况。这封信在客观上促使毛泽东出面，对激烈交锋的两种不同意见进行最后裁决。
作为在指导思想上仍坚持“文化大革命”错误的毛泽东，此时是不可能赞同周恩来的意见的。12月17日，他在与张春桥、姚文元的谈话中明确表示反对批极左思潮，认为《人民日报》那位负责人信中的观点不对，当前应当批林彪的修正主义、分裂、阴谋诡计、叛党叛国的“极右”。这是毛泽东担心批极左将导致否定“文化大革命”所得出的必然结论。
毛泽东的结论，成为自“九·一三”之后周恩来领导的批判极左思潮、纠正“文化大革命”中错误的一个转折点。早就对周恩来心怀不满的江青一伙，这时更是有恃无恐，公开向周恩来发难。1973年“两报一刊”元旦社论明确提出，要始终把批判的矛头对准林彪一伙，“牢牢掌握这个斗争的大方向”。就是说，在运动中只能批判林彪，不许涉及其他。这样，就等于给江青集团在批林中被揭露上了“保险”，为其后的进一步反扑开了“绿灯”。
尽管斗争形势发生了根本性变化，却没有改变周恩来继续批判极左思潮的决心。1973年，在周恩来的领导下，批判极左思潮的斗争采取含蓄、迂回的方式（即不公开使用“批极左”一词），仍在继续进行。
1973年2月，周恩来在听取国家计委汇报时，历数无政府主义在企业中的种种表现，再度尖锐地批判了“文化大革命”中给国民经济带来破坏性后果的极左思潮，指出：“林彪一伙破坏经济所造成的恶果这两年表现出来了”，国民经济“现在根本没有比例”，在计划工作上也“没有‘王法’了”，“一定要批透，把破坏性后果消除掉”。他同时还强调，要把“整顿的方针”写清楚，要实行按劳分配和必要的奖励制度。
根据周恩来的指示，在同年年初召开的计划会议上，讨论了国家计委起草的《关于坚持统一计划，加强经济管理的规定》。这个文件同1972年计划会议纪要相似，仍以纠正生产管理中存在的极左思潮和反对无政府主义倾向作为指导思想，提出了加强统一计划和整顿企业管理的十条规定，并重申了政治挂帅要挂到业务上的观点。会上，全国28个省市均对文件表示赞成。唯独上海市反对。张春桥宣称：这是“拿多数压我们，我坚决反对，我们是光荣的孤立”，并强令把文件收回。张春桥的蛮横态度，表现出在周恩来批极左的正确意见遭否定后，江青集团得志猖狂的嚣张气焰。
同时，在全国外事工作会议上，外事干部学习了毛泽东几年来有关对外宣传的一系列指示（主要批评“以我为核心”、“强加于人”等极端作法），排除江青一伙的干扰，批判了极左思潮和无政府主义及其给对外工作造成的恶劣影响和破坏。这就在实际上支持和贯彻了周恩来提出的批判极左思潮的主张，否定了江青、张春桥一伙的谬论。
3月4日，周恩来在召集一些外事单位负责人的谈话中，针对不少单位在对待外国专家方面仍存在的排外主义、民族歧视等错误倾向提出批评，指出“林彪、陈伯达、王、关、戚干扰破坏正确方针政策落实”，“一定要批判这些错误，自我批判后，我们就主动”；“要向外国专家公开承认错误，不要怕这样做又要犯右的错误”。3月8日，周恩来在邀请外国专家及其家属参加的国际劳动妇女节纪念会上，严厉批判了林彪、陈伯达、王力一伙给予外事工作的干扰破坏，对遭错误批判和被迫离开我国的外国专家表示歉意，并当场率先作出自我批评，使得到场的外国专家深受感动。
在解放干部和平反冤假错案方面，周恩来同样进行着不懈的努力。1972年12月18日，周恩来在一封信中明确提出：谭震林“是好同志，应该让他回来”；当时“大闹怀仁堂”事件“是林彪故意造成打倒一批老同志的局势所激成的”。此外，周恩来再次提出要改善监狱待遇，废除“法西斯式的审查方式”。对已经解放的老干部，他提出应让他们参加领导班子，以调动他们的积极性，发挥他们应有的作用。1973年3月10日，周恩来致信毛泽东，建议抓紧解放干部和平反冤假错案的工作，并具体提出先易后难的方案，送政治局讨论。待中组部提出了一个300多人的名单后，他又亲自主持政治局会议逐一研究、通过。同日，根据毛泽东批示，党中央决定恢复邓小平党的组织生活和国务院副总理职务，成为周恩来领导的这场斗争中的一个重要事件，对后来党和人民的斗争产生了意义深远的影响。
自1971年底以来，周恩来领导的这场持续纠正“左”的错误的斗争，由于符合全党和广大人民群众的心愿，得到绝大多数人的支持、拥护，但同时也遭到江青集团的愈来愈凶猛的反扑。1973年下半年起，江青一伙又从教育界开刀，连续制造了张铁生白卷、批《园丁之歌》、批“师道尊严”、突袭考教授、马振扶公社中学等事件，在全国掀起一股股所谓批修正主义“回潮”、“复辟”的恶浪，其矛头无一不是对准周恩来及其代表的党内健康力量。对此，周恩来虽然坚持斗争，但毕竟已力不从心，致使这场批判极左思潮的斗争不得不因连连受阻而开始进入尾声。
在党的十大上结成“四人帮”的江青集团向周恩来进行反扑的一个最有代表性的事件，就是迟群一伙在清华大学搞的所谓“三个月运动”。这年10月至12月间，在迟群等人的操纵下，清华园内掀起上揪“资产阶级复辟势力代表人物”、下扫“复辟势力的社会基础”的“反回潮”运动。运动中，迟群一伙挥舞“裴多菲俱乐部”、“自由论坛”、“反对工人阶级领导”、“反对教育革命”、“反对‘七·二一’指示”的棍棒，对广大知识分子进行打击迫害。这场运动，严重地影响到北京和外省市的许多院校，使周恩来呕心沥血恢复教育系统正常工作的努力遭到破坏。
在此基础上，经毛泽东批准，江青一伙于1974年初发起全国性的批林批孔运动。运动中，心怀叵测的江青等人蓄意对周恩来进行露骨的诬蔑、中伤，周恩来陷于更加困难的境地，终使他领导的持续近两年之久的批判极左思潮的斗争被迫中断。