1943年9月上旬至10月下旬，张闻天出席了在此期间举行的中央政治局会议，批判抗战初期王明右倾投降主义的错误。从10月10日起，张闻天参加党的高级干部对于党的历史和路线是非问题的重新学习和研究。中央组织的这次党内历史上两条路线斗争的学习，是整风运动的深入与提高。出席七大的代表和高级干部七百多人参加了学习和讨论。12月初，中央政治局又开会进一步讨论六大以来党的历史问题，特别是检讨六届四中全会到遵义会议这四年间的路线是非。张闻天同李富春、杨尚昆、聂荣臻等编在一个学习组里。讨论的地点就在杨家岭张闻天的窑洞里。气氛是严肃的，也是平和的。毛泽东在9—10月政治局会议上强调，检讨错误必须采取历史的方法、从实际出发的方法、批评和自我批评的方法，对犯错误的同志，必须实行“惩前毖后、治病救人”的方针。这次高级干部研究党史，正是按照这个方针进行的。
在这次集中学习之前，已经经过了1942年开始的全党整风，《六大以来》、《六大以前》和《两条路线》等重要文件汇集已经先后编出，所以通过这次学习、回顾、讨论，对六大以来特别是六届四中全会以来的路线是非的认识与评价，就比1941年九月政治局会议的认识与评价更加完整、深入与全面了。在此基础上，中央要求每个七大代表和高级干部写一份“自传”。张闻天对自己进行了无情面的解剖。经过内心的矛盾、悔恨与不平的情绪的交替这样一个痛苦的过程，于1943年12月16日写成一篇近四万字的自传，题曰“反省笔记”。这篇笔记的部分内容以《从福建事变到遵义会议》为题收入《遵义会议文献》，人民出版社1985年出版。该书称这篇笔记为《1943年延安整风笔记》。原件藏中央档案馆。笔记分十个部分：一、入党以前；二、入党；三、莫斯科学习时期；四、四中全会到遵义会议前；五、从遵义会议到十二月会议前；六、从十二月会议到六中全会；七、从六中全会到九月政治局会议；八、出发一年；九、一九四三年；十、最后的几句话。
张闻天的《反省笔记》，后来被称为《1943年延安整风笔记》。在笔记中，张闻天扼要地叙述了自己的经历和思想发展过程，几乎绝口不谈自己对革命事业的贡献；而对于自己六届四中全会后所犯的“左”倾路线错误，进行了系统、深刻的揭发、批判，毫不含糊地承担应负的责任，表现出高度的自我批评精神。在笔记中，对曾经参与的历史事件和与此相关的同志，他都负责地一一说明事实的真相，客观地评价其功过是非。这篇笔记，既是张闻天从自我批评的角度写出的一部“自传”，又是从一个重要领导人的侧面反映党的曲折发展历程的珍贵史料。
张闻天写完这篇笔记之后，便送到毛泽东那里请他过目。毛泽东看后立即到张闻天的窑洞里来，说：我一口气把它读完了，写得很好！访问刘英谈话（1985年10月22日）。张闻天在1969年6月28日写的一份材料中也提到，他的“口头和书面检讨，在‘七大’上也作了自我批评，都得到过毛主席的鼓励”。1943年12月28日，中央政治局发出《关于〈反对统一战线中机会主义〉一文的指示》，明确指出，“自遵义会议以来，九年之中以毛泽东同志为首的中央的领导路线是完全正确的”，“现在除了王明博古以外，一切领导同志都是团结一致的”《中共中央文件选集》（13），中共中央党校出版社1985年版，第143页。博古不久也有了转变，1944年5月19日参加了“党的历史问题决议准备委员会”。这些论断，包含着对张闻天历史功绩的肯定，也包含着对张闻天的自我批评精神及整风笔记的肯定。
对于两条路线学习中提出的许多问题，中央政治局进行了讨论。张闻天参加了这些讨论。1944年3月，政治局对几个重要问题，如关于研究历史经验应取何种态度的问题；关于党的六大的评价的问题；对于六届四中全会至遵义会议时期中央的领导路线问题应作两方面分析；关于1931年上海临时中央及其后由此临时中央召开的五中全会是否合法的问题；关于党内历史上的宗派问题等，作了结论。毛泽东1944年4月12日在延安高级干部会议上和5月20日在中央党校第一部就路线学习、时局和作风问题作讲演（两次讲演后来整理成《学习和时局》一文），传达了中央政治局的结论，对自1941年九月政治局会议开始的几次关于党的历史的讨论和1943年10月起进行的全党高级干部的两条路线问题学习、讨论作了一个总结。持续将近四年的党史两条路线问题的讨论，大大地帮助了党内思想在马克思列宁主义基础上的统一，为1945年召开中共七大作了重要的准备。
本来，在1941年九十月间召开政治局会议时，中央就组织了“清算过去历史委员会”，并起草了《关于四中全会以来中央领导路线问题结论草案》（以下简称《结论草案》）。清算过去历史委员会于1941年10月13日由中央书记处会议决定组织，由毛泽东、王稼祥、任弼时、康生、彭真五人组成，以毛泽东为首，委托王稼祥起草文件。档案中存有当时起草的文件，题为《关于四中全会以来中央领导路线问题的结论草案》。由于当时全党还没有开始整风，党内高级干部尚未深入研究党的历史问题，《结论草案》也有待充实、修改，所以就暂时搁置起来了。到了1944年春天毛泽东主持政治局会议对若干重要问题作了结论以后，党中央又重新提出起草历史决议问题。1944年5月10日，中央书记处会议决定组织“党的历史问题决议准备委员会”，成员为：任弼时（召集人）、刘少奇、康生、周恩来、张闻天、彭真、高岗。5月19日又增补了秦邦宪。5月21日起，党的六届七中全会开始举行。从此时开始，历史问题决议的起草工作经过了将近一年，直至1945年4月20日《关于若干历史问题的决议》在六届七中全会上原则通过（后经七届一中全会修改，于同年8月9日在七届一中全会第二次会议上一致通过）。
《关于若干历史问题的决议》是一个重要的历史文献。它总结了建党以来的历史经验，对于若干重大历史问题作出了正式结论，从政治上、军事上、组织上、思想上批判了六届四中全会至遵义会议期间中央的“左”倾领导路线；高度评价了毛泽东运用马克思列宁主义解决中国革命问题的杰出贡献；系统地概括了中国新民主主义革命的理论、路线、方针、政策。它是整风运动的重要成果，使全党尤其是党的高级干部达到马克思列宁主义、毛泽东思想基础上的团结一致，为中共七大的召开在思想上作了充分准备。《关于若干历史问题的决议》是一个集体创作。它是以毛泽东思想为指导，又是在毛泽东直接指导和参与下完成的。张闻天作为负责起草《决议》的准备委员会的成员，不仅认真参加了总结历史经验的讨论，而且在历史决议反复修改的过程中发挥了积极作用。
前面已经写到，张闻天在1941年九月政治局扩大会议上的发言中，就已接受毛泽东的批评，从政治、军事、组织、思想四个方面检讨了“左”倾路线的错误。这同1941年10月以后起草的《结论草案》和最后通过的历史决议关于这方面的内容大体上是吻合的。前面也已写到，张闻天在1941年九月政治局会议后研究了党的历史文件，学习了毛泽东的著作，认识到毛泽东是正确路线的代表，不仅是政治家、军事家，而且是理论家；在1942年农村调查中纪念党的21周年生日时，他发自肺腑地论述了毛泽东在中国革命过程中的伟大作用；在1943年12月的“整风笔记”中，他又以切身经历的正反两方面的事实对同一主题作了具体叙述。这同历史决议的精神也是一致的。张闻天在历史决议起草过程中的主要作用，是他曾对历史决议的一个草案稿进行了修改，使之成为后来通过的《决议》的基础。毛泽东在1945年春对《决议》草案稿的修改，就是在张闻天修改稿的抄清件上开始的。张闻天在《关于若干历史问题的决议》起草过程中的作用和以下叙述的起草经过，采用冯蕙的观点。见冯蕙的两篇文章：《毛泽东领导起草〈关于若干历史问题的决议〉的经过》（《文献和研究》1986年第2期）和《再谈〈关于若干历史问题的决议〉的起草经过》（《党的文献》1990年第2期）。
从现存《决议》的有关档案来看，张闻天动笔修改《决议》稿是在重新起草历史决议的工作已经进行了一个阶段以后。在这之前，任弼时在1944年5月起草过一个稿子，这个稿子主要来源于1941年的《结论草案》，在结构、内容和文字上，与《结论草案》基本相同。在“任稿”之后，有一份胡乔木起草的《决议》草案稿。此稿共四个问题，其中第二个问题（第三次“左”倾路线的错误）和第三个问题（第三次“左”倾路线错误的根源）一些基本思想也是来源于《结论草案》。在结构和写法上，“胡稿”与“任稿”有较大不同，主体框架在某种程度上比较接近后来的《决议》。任弼时对“胡稿”修改过两次，主要是集中了集体讨论中提出的意见，对第三次“左”倾路线的错误，写了提纲式的七个要点。
张闻天的修改是在这之后进行的。档案中有一份张闻天修改的稿子，他修改所用的底稿是毛笔抄写的（其中只有两页例外，是“胡稿”的复写件），没有题目。可惜的是，档案中所存的张闻天修改过的这个稿子缺后半部分，只有前面三个问题。第一个问题，概述了1924年第一次国共合作至1937年抗战爆发期间的革命斗争历史和党反对陈独秀右倾投降主义和张国焘分裂主义的斗争。在这个问题的末尾，张闻天加写了三段话，对毛泽东的历史地位作了高度的概括和充分的评价。其中比较重要的是第一段：“尤其值得我们骄傲的，是十年内战更使我党马列主义的理论与中国的实际结合起来了。以毛泽东同志为代表的马列主义理论与中国实际统一的思想，在内战中有了极大的发展，给中国共产党指出了正确的行动方向。而毛泽东同志终于在内战的最后时期确立了他在中央的领导，这领导，无疑的，将保证中国共产党在以后的完全胜利。”第二个问题，叙述大革命失败到抗战爆发这一期间党的历史，讲到了八七会议、1927年十一月扩大会议、六大、立三路线、三中全会、四中全会、临时中央、五中全会、遵义会议等。张闻天在末尾也加了一段话，指明毛泽东的历史功绩：“大会欣幸的指出：党经过了自己的一切成功与失败，终于在毛泽东同志领导下，在思想上，在政治上，在组织上第一次达到了这样的一致与团结！这是要胜利的党，是任何力量不能战胜的党！”第三个问题，讲第三次“左”倾路线的错误，改变了以前的稿子从思想上、政治上、军事上、组织上四个方面分析的写法，而是综合地讲七点，基本上是按照提纲式的七个要点写的（后来还曾有稿子增加为八点）。对这个问题，张闻天作了较多的修改和增补。
张闻天修改过的稿子有一个抄清件，共五个问题，包括了张闻天修改稿手迹所缺的第四个问题（第三次“左”倾路线的社会根源）和第五个问题（克服党内错误的态度和方针）。至于在这两个问题上，张闻天作了哪些修改和增补，因材料缺失，不得而知。不过，有一点是可以确定的，张闻天修改稿的抄清稿所讲的五个问题，基本上就是后来《决议》的二、三、四、五、六部分。
1945年春天，毛泽东在“张稿”上亲自动笔修改。他把题目定为《关于若干历史问题的决议（草案）》，对内容、结构、文字先后修改了六次，补充了重要的内容，增写了《决议》的第一部分，将第六部分最后两段独立出来为第七部分，对第三次“左”倾路线的错误重新改写，将原来讲的八点恢复为从政治（包括军事）、组织、思想三个方面进行分析（到7月24日的印稿又把军事方面独立出来成为四个方面），等等。其间，毛泽东在作了第二次修改后于1945年3月24日在稿子首页上写了一个短简给任弼时：“请邀周、朱、洛、刘（如在此时）看一下，是否这样改，然后印若干份，编号发给四十多个同志，再集他们座谈一次，就可成定议，再交七中通过。”可见，张闻天在《决议》最后定稿阶段也是主要参与者之一。
张闻天对于毛泽东从1941年到1945年通过整风解决党内历史问题的工作非常佩服。他说，毛泽东同志对于马克思主义的学习，历来采取郑重与谨慎的态度；他对于中国革命的每一个问题的处理，也是采取这样的态度。他始终保持着清醒的头脑，他不为自己的与群众的一时的感情冲动所支配；他善于调查研究，善于吸收各方面关于某一个问题的各种意见，而不受任何偏见的影响；他善于反复考虑一个问题的矛盾的各个方面，权衡其各个方面的轻重，并且善于等待其成熟后，然后加以处理。这次关于党内历史问题的解决的经过，就是他怎样解决一个重要问题的方法的范例。洛甫：《中国共产党第七次全国代表大会发言草稿》，1945年5月4日铅印稿，第13—14页。