长征是一次史无前例的、特别艰难的军事行动。军事领导与指挥者处于最重要的地位。所以，遵义会议关于变换领导人的决定除了总书记以洛代博之外，最为重要的就是军事领导人的变换。张闻天拥护毛泽东担任军事指挥，从黄平橘林谈话开始，为确立毛泽东在红军中的领导地位，作了不懈的努力。虽然其间不无即有不无小的曲折，但总的说来，张闻天与毛泽东在这一重大关键问题上是配合合作得很好的。
毛泽东在遵义会议上被选为常委。这时政治局常委共五人：张闻天、周恩来、毛泽东、博古、陈云。在遵义会议前和遵义会议上，张闻天、王稼祥等提议恢复毛泽东的军事领导权，但还没有正式决定他参加军事领导。遵义会议开完后的第二天，1月18日，又接着召开了政治局会议。会上常委进行分工，决定：“以泽东同志为恩来同志的军事指挥上的帮助者”。陈云：《遵义政治局扩大会议传达提纲》，见《遵义会议文献》，人民出版社1985年版，第42页。从此毛泽东又重新回到军队领导岗位，直接参与对中央红军的军事指挥。
毛泽东参与红军的军事指挥以后，中央红军根据敌情变化，采取了高度灵活机动的运动战方针。部队在扎西缩编以后，即执行“回兵黔北”的决策，挥师东进，在太平渡、二郎滩第二次渡过赤水河，向遵义进发。出敌不意，杀了一个回马枪。
2月25日，中央红军攻克桐梓。途中经半天激战，抢占娄山关，于28日再取遵义城。这一仗，击溃王家烈8个团，消灭吴奇伟2个师，缴获枪支2000多，俘虏约3000人，是长征以来打的第一个大胜仗。毛泽东运动战的战法得胜，非常高兴，在马背上吟成一首词：《忆秦娥·娄山关》，歌咏娄山关战斗的胜利，抒发由沉郁转为开朗的心情。词云：
西风烈，
长空雁叫霜晨月。
霜晨月，
马蹄声碎，
喇叭声咽。
雄关漫道真如铁，
而今迈步从头越。
从头越，
苍山如海，
残阳如血。
中央红军上上下下欢欣鼓舞，充满胜利的喜悦。军委纵队于3月初再次进入遵义城。
从作出“回兵黔北”的战略决策，到二渡赤水取得娄山关大捷，中央红军取得的一个又一个胜利，使张闻天更加相信毛泽东的战略战术原则是正确的，更加佩服毛泽东的军事指挥才能。他更加确信，毛泽东在前方指挥战斗更有胜利把握。在二占遵义以后，张闻天提议成立一个前敌司令部，请毛泽东到前方担任前敌总指挥。据张闻天：《1943年延安整风笔记》。毛泽东1943年在一次中央会议上讲话中也说“洛甫提议要我为前敌总指挥”。转引自《遵义会议文献》第134页。
3月4日，中革军委主席朱德和副主席周恩来、王稼祥签发命令：“为加强和统一作战起见，兹于此次战役特设前敌司令部，委托朱德同志为前敌司令员，毛泽东同志为前敌政治委员。”引自《文献和研究》1985年第1期载《遵义会议前后的四十一份军事电报》。按红军中惯例，政治委员是党在军队中的最高领导人，所以前敌政治委员习惯上称为前敌总指挥。当年，前敌政治委员，实际上就是前敌总指挥。这一新的建置与任命，显然是把前方机动灵活地指挥战役的权力交给了毛泽东。不过，红军的整个军事领导的体制并未改变，周恩来仍是军事上下最后决心的负责者。
毛泽东就任前敌总指挥后，即随前敌司令部离开遵义到达鸭溪、苟坝一带。此后，王稼祥发些议论，经常要求中央开会讨论军事行动。张闻天鉴于博古过去领导缺乏民主，采纳了王稼祥的意见，召集过几次这样的会议。据张闻天：《1943年延安整风笔记》。毛泽东1943年在一次中央会议上讲话中也说：“在打鼓新场，洛甫每天要开二十八人的中央会议。”转引自《遵义会议文献》第134页。张闻天那时不了解，日常的军事指挥需要完全的集权。召开这种会议，对前方指挥者按军情变化作出必要的专断处置是会有妨碍的；而会上的争论，更会扰乱前方指挥者的部署。
重大的争论围绕着要不要攻打打鼓新场打鼓新场，今贵州省金沙县县治，简称新场。的问题爆发了。
1935年3月10日1时，一军团林彪、聂荣臻致电军委，建议攻打打鼓新场。3月10日白天，张闻天即在鸭溪召开中央政治局扩大会议，讨论要不要发动“打鼓新场战斗”问题。以下叙述这次会议的情况据：张闻天《1943年延安整风笔记》；周恩来：《党的历史教训（节录）》（1972年6月10日在党中央召集的一次会议上讲话的一部分，转引自《遵义会议文献》，第69页）。到会的大多数同志都主张打，只有毛泽东坚持主张不打。毛泽东认为，红军12日才能赶到新场，那时滇军也赶到那里同黔军会合，同时川军可侧击红军，所以反对打。毛泽东说，不能打，打又是啃硬的，损失了部队不值得，还是应该在运动战中消灭敌人嘛。但他未能说服众人，大家还是要打。会上争持不下。毛泽东急了，以“去就前敌总指挥的职务力争”。有人发言说：“少数服从多数，不干就不干。”张闻天主持会议，以一般地执行少数服从多数的民主制原则，作出了攻打打鼓新场的决定。毛泽东刚刚担任前敌总指挥没有几天职务便被撤销，前敌总指挥由彭德怀暂代。彭暂代毛一节，据张闻天在“文化大革命”中写的《我的思想检讨》（1969年6月28日）、《关于反革命分子林彪的一点材料》（1972年3月28日）。
散会以后，毛泽东实在放心不下，深感攻打打鼓新场会给红军带来极大损失。于是，连夜提着马灯去找周恩来谈，要他晚一点发攻击的命令，再想一想。周恩来采纳了毛泽东的意见。当晚21时以军委名义发出电令，部队在平家寨、枫香坝、花苗田地域集中，以便寻求新的机动。第二天一早，张闻天再次主持会议讨论这个问题，毛、周把大家说服了。军委即给一、三、五军团发出《关于我军不进攻新场的指令》。此事经过据周恩来：《党的历史教训（节录）》，见《遵义会议文献》，人民出版社1985年版，第69页。
这件事无论对于确立毛泽东的军事领导地位，还是对于红军保持有生力量、保证作战胜利，意义都十分重大。在毛泽东的记忆里留下很深的印象。二十多年后，毛泽东在1959年4月5日中共八届七中全会上讲“工作方法”的第一条“多谋善断”时，还拿这件往事来做例子。他说：“比如苟坝会议，我先还有三票，后头只有一票。我反对打打鼓新场，要到四川绕一个圈，全场都反对我。那个时候我不动摇，我说，要么就听我的，我要求你们听我的，接受我的这个建议。如果你们不听，我服从，没有办法。散会之后，我同恩来讲，我说，不行，危险。他就动摇了。睡了一个晚上，第二天又开会，听了我的了。”转引自《毛泽东传（1949—1976）》（下），中央文献出版社2003年版，第940页。
关于要不要攻打打鼓新场的争论，最终按毛泽东的意见作出不打的正确结论，避免了军事上可能造成的损失。事后，毛泽东向张闻天提议：成立一个新的“三人团”全权指挥军事，成员为毛泽东、周恩来、王稼祥。张闻天很赞成毛泽东的这个提议。据张闻天：《1943年延安整风笔记》。关于打鼓新场战斗的争论，说明还是毛泽东高明。从这件事，张闻天也认识到军事指挥必须临机决断，经常开中央会议来决定，对军事指挥不利。自己对打仗又是外行，成立新的“三人团”，毛王之间的矛盾可以由他们自己解决，也省去召集会议的麻烦。
3月12日，在苟坝附近，张闻天主持召开中央政治局会议，将成立新“三人团”的提议提交会议讨论。会议决定：由周恩来、毛泽东、王稼祥组成新的“三人团”（又称“三人军事领导小组”）。成立三人军事领导小组的时间、地点，据中共中央党史资料征集委员会《关于遵义政治局扩大会议若干情况的调查报告》所作考证的结论：“三人军事小组是在1935年3月11日左右在贵州鸭溪、苟坝一带成立的。”毛泽东在三十多年后谈及此事时说：“后来搞了个三人团，团长是周恩来，团员一个是我，一个是王稼祥。”毛泽东1967年的一次谈话。
至此，遵义会议变换领导的重要决策最终完成。毛泽东进入了当时最重要的军事领导机构。这表明了毛泽东的正确主张进一步为全党全军所接受，毛泽东对中国革命战争的领导地位进一步确立。
新的“三人军事领导小组”成立以后，中央红军的军事行动在毛泽东指挥下，采取声东击西的战略，大踏步进退，在云贵川兜大圈子。3月16日至17日，红军在酒乡茅台三渡赤水，再次入川，引得敌军纷纷向川西调动。这时，红军又出敌不意地于3月21日至22日在太平渡、二郎滩四渡赤水。紧接着，红军南渡乌江，佯攻贵阳。正当云南敌军增援贵阳之际，红军却已越过湘黔公路南下，然后向西疾进，直插云南，形成威逼昆明之势。毛泽东指挥中央红军对昆明虚晃一枪，即向西北方向急进，直达金沙江南岸。于5月初在禄劝县皎平渡抢渡金沙江。敌人得知红军的行动后，花了11天才追到江边。红军只用了9天，就全部渡江完毕。
红军取得抢渡金沙江的胜利，跳出了包围圈，把围追堵截的敌军远远甩掉，实现了遵义会议确定的渡江北上的战略目标。这是战略转移中具有决定意义的胜利。
四渡赤水之战1935年1月29日，红军由赤水县的猿猴场（今元厚镇）、土城西渡赤水河。这是一渡赤水。2月18日至21日，在太平渡、二郎滩东渡赤水河。这是二渡赤水。3月16日至17日，由茅台附近西渡赤水河。这是三渡赤水。3月21日至22日，在二郎滩、九溪口、太平渡再次东渡赤水河。这是四渡赤水。充分体现了毛泽东运动战战略思想的巨大威力，也显示了毛泽东卓越的军事指挥才能。毛泽东自己也说，四渡赤水是他一生中的得意之笔。
不过，在当时，对毛泽东的军事指挥认识还不统一。实行毛泽东的灵活机动的战法，经常的转移作战地区，有时向东，有时向西，有时走大路，有时走小路，有时走老路，有时走新路，而唯一的目的是为了在有利条件下求得作战的胜利。对这种战法，很多人不适应，也没有完全领会。执行这种机动作战的方针，固然打了不少胜仗，但不可能每仗必胜；迂回穿插，走了许多路，有时是为了甩掉敌人，迷惑敌人，一时看不出它的必要性；有时为了随敌情的变化而变化，看起来走了不少冤枉路，但不可避免，非走不可；当然，在这种大规模的运动战中，白走一点路也难免。在连续大踏步的进退中，部队很疲劳，减员也不少。所以，上上下下虽是服从命令听指挥，但不同意见也有，怨言也不少。分歧主要围绕着走路还是打仗展开，有人埋怨部队只走路，不打仗，部队没有打垮倒要拖垮了。
大约在4月中旬，刘少奇到三军团担任政治部主任不久，他将了解到的部队情绪，结合听到的意见和自己的意见，给中央军委写了一个电报，三军团政委杨尚昆也签了名，用刘、杨的名义发出。据《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第196—198页。一军团军团长林彪一直埋怨红军走的尽是“弓背路”，主张走弓弦，走捷径。说什么“这样会把部队拖垮的，像他这样领导指挥还行？”据《聂荣臻回忆录》，《中共党史资料》第5辑，中共党史资料出版社1983年版，第137页。林彪还给周、毛、王“三人军事小组”写了一封信。信的大意是：毛、周、朱随军主持大计，请彭德怀任前敌指挥，迅速北进与四方面军会合。据《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第198页。“三人军事小组”中，王稼祥对毛泽东的战法也不理解，他向张闻天反映，老打圈圈不打仗，可不是办法。据张闻天：《1943年延安整风笔记》。王稼祥要求开会解决这个问题。据刘英：《难忘的三百六十九天》，见《刘英自述》，人民出版社2005年版，第73页。
既然红军高层领导在战略战术问题上存在分歧，召开会议讨论解决是必要的。
红军于5月9日全部渡过金沙江，跳出了国民党几十万军队的围追堵截，取得了行动的主动权。红军过江后直逼会理城下。会理县城有川军刘文辉部的一个师死守，又有西昌等地敌人增援，红军乃放弃强攻，只加监视。利用追敌近期无法过江的空当，部队在会理地区休整。5月12日，野战军司令部发布命令：“决在会理及其附近停留五天（15号止），争取在长期行军后的必要休息和补充”。转引自力平等著：《中国红军长征史》，中央党史出版社1996年版，第103页。
为了统一思想，肯定遵义会议以来毛泽东的军事指挥，张闻天同毛泽东商议后，于5月12日下午，在会理城外的铁场主持召开了中央政治局扩大会议——会理会议。
参加会理会议的有：三人军事小组周、毛、王，朱总司令，政治局常委陈云，一、三军团司令员和政委林、聂、彭、杨。为防敌人飞机轰炸扫射，临时搭了一个草棚子做会场。军团负责人的地铺就打在这个草棚子里。喝水，吃饭，由中央队秘书长刘英带警卫员送去。据刘英：《难忘的三百六十九天》，见《刘英自述》，人民出版社2005年版，第74页。
会议由张闻天主持并作报告。报告大纲，张闻天在会前同毛泽东、王稼祥商量过。据张闻天：《1943年延安整风笔记》。张闻天严厉地批评林彪等人对毛泽东军事指挥的怀疑、动摇是右倾。
毛泽东在会上驳斥了林彪所谓“走了弓背”的谬论，指出：“现在为了摆脱追敌不肯多吃一点苦，将来会吃更大的苦。”陈云：《我对林彪的揭发》，手稿，1971年10月8日。转引自《陈云传》（上），中央文献出版社2005年版，第173页。毛泽东还指责彭德怀，认为林彪的信是彭德怀鼓动起来的。并说林的信，刘、杨的电报，都是右倾情绪的反映。据《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第199页。
毛泽东发言中虽然没有挑明批评张闻天参与其事，但从话音中听得出来，毛泽东怀疑张闻天是同彭德怀结合在一起的。张、彭虽然内心觉得委屈，但大敌当前，团结为重，在会上、会下都没有争辩。据张闻天：《1943年延安整风笔记》；《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第198—199页。彭德怀“作了自我批评，说：因鲁班场和习水两战未打好，有些烦闷，想要如何才能打好仗，才能摆脱被动局面。烦闷就是右倾。”彭德怀在会上“也批评了林彪的信：遵义会议才改变领导，这时又提出改变前敌指挥是不妥当的；特别提出我，则更不适当”。引自《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第199页。
会理会议开了两三天，最后由党中央总书记张闻天作结论。据刘英：《难忘的三百六十九天》，见《刘英自述》，人民出版社2005年版，第74页。他肯定从遵义会议以来，毛泽东的军事指挥是正确的，批评了林彪反对机动作战、在部队中叫苦、甚至企图改变军事领导的错误。
会理会议还讨论了渡过金沙江后的行动计划，决定红军继续北进，渡过大渡河，与红四方面军会合。会议还任命刘伯承为先遣队司令员。
会理会议是长征途中的一次重要会议，其主要结果是积极的。
第一，通过会理会议，在张闻天、周恩来、朱德等支持下，被四渡赤水之战的实践证明了的毛泽东在运动战中摆脱敌人重兵包围的方针得到了确认。怀疑或反对机动作战方针的错误认识和动摇情绪受到了批评。1935年10月15日陈云在向共产国际报告红军长征的情况时，讲到会理会议的意义时说：“这次会议总结并肯定了红军的领导是正确的。会议指出，新的领导班子指挥有方。”《陈云文集》第1卷，中央文献出版社2005年版，第16页。
第二，通过会理会议，遵义会议后确立的毛泽东对红军的领导地位得到了进一步巩固。这是同毛泽东军事思想为实践证明正确并通过争论得到确认分不开的。
会理会议在红军长征胜利以至中国革命胜利中具有重要的历史地位。从会理会议的进程可见，“毛洛合作”对这次会议的成功起着举足轻重的作用。
但同时应该看到，会理会议也有着明显的不足，其斗争方式是不尽恰当的。
张闻天在《1943年延安整风笔记》中评价道：“会理会议基本上是正确的，同当时干部中一些离心倾向及一些动摇情绪做斗争是必要的。但是我以为斗争方式还是过火的。因为这些同志的错误，实质上不过是个别的错误，只要加以适当的批评与解释，错误就会改正的，不必用机会主义的帽子去压他们。”
还应该看到，会理会议在毛洛关系、毛彭关系上的消极影响是深远的。
毛泽东指责林彪的信是彭德怀“鼓动”起来的，是“右倾”。对此，彭德怀没有申辩，采取了“事久自然明”的态度。1959年庐山会议上毛泽东又重提此事，林彪当场申明“那封信同彭德怀同志无关”，“写信彭不知道”。直到这时，彭德怀才出来说明原委。关于刘、杨的电报，彭说，刘少奇写好以后，“拿给我和杨尚昆签字。我觉得与我的看法不同，没有签字，以刘、杨名义发了”。至于林彪的信，彭德怀说：在会理会议时才看到，事先“没有同林彪谈过话”，此信“与我无关”；在会上，“我也批评了林彪的信”。对毛的指责，彭说：“当时听了也有些难过，但大敌当前，追敌又迫在金沙江了，心想人的误会总是有的……我就没有申明，等他们将来自己去申明。我采取了事久自然明的态度，但作了自我批评”。直到1959年庐山会议彭德怀被打成“反党集团”、此事又成一大罪状，他才感到这种坦荡之风效果不好。彭德怀后来说：“在这二十四年中，主席大概讲过四次，我没有去向主席申明此事，也没有去同其他任何同志谈过此事。从现在的经验教训来看，还是应当谈清楚的好，以免积累算总账，同时也可以避免挑拨者利用。”本段引文均见《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第198—200页。
张闻天是会理会议的主持人。他在会上代表中央批评下面，自己并没有受到直接的、明显的批评。不过，毛泽东听了个别同志的猜测和判断，却一直认为是张闻天到三军团去与彭勾结反他。这种误解一直埋在毛泽东的心里，直到延安整风时才挑明。在1941年六七月间的一次小型谈话会上，毛泽东批评张闻天的缺点，特别提到张闻天“在会理会议以前严重的政治动摇”，说张“当时挑拨军队领导同志林彪、彭德怀，反对‘三人团’，要林、彭来代替‘三人团’指挥等等”。对此，张闻天当场表示“保留”。“当晚回家后，关于这件事曾写了一封申明信给毛，但后来没有发出。想事情没有旁证，说也无用。”到1943年9月政治局会议上，毛泽东又一次“提及此事”。张闻天这回才认真对待。他“利用许多同志在延安的机会，做了一点调查工作”，在随后写的“整风笔记”中作了澄清：“现在大致可以判明，说我曾经煽动林、彭反对三人团的话，是王稼祥同志的造谣！（林、彭二同志关于此事有正式声明）”以上均据张闻天：《1943年延安整风笔记》。
在长征路上，大敌当前。会理会议的过火斗争，怀疑、误解，都没有影响中央领导同志和红军高级将领团结对敌。在延安整风期间，对于全党来说，这也并非大事，说过以后也就算了，并没有特别去做结论。不过，会理会议在毛洛关系、毛彭关系上却有相当深远的影响。误解延续到延安整风，确凿的事实也未能真正驱散这团疑云，而1959年庐山会议上对彭德怀、张闻天的错误打击，不能不说也蒙有会理会议的阴影。