《思想战线》未及问世便流产了。
忙碌了一阵子的胡乔木，又退回到家中。
1975年11月，形势骤变，毛泽东不满于邓小平的整顿。11月下旬，中共中央政治局在北京举行打招呼会议，宣读了经毛泽东批准的《打招呼讲话要点》，指出有“一股右倾翻案风”，“有些人总是对这次文化大革命不满意，总是要算文化大革命的账，总是要翻案”。
不久，“批邓、反击右倾翻案风”运动席卷全国。在“批邓”高潮之中，“四人帮”的御用写作组集中火力批判《论总纲》、《汇报提纲》和《工业二十条》，称之为“三棵大毒草”。
这“三棵大毒草”，棵棵跟胡乔木有关，其中的两棵还是由胡乔木主持修改的。于是，批判的排炮，朝邓小平轰击，也朝胡乔木轰击。
胡乔木又一次遭到了“半点名”。1976年4月，上海的“帮刊”《学习与批判》第四期上发表署名康立、延风的《〈汇报提纲〉出笼的前前后后》，“半点名”式地称胡乔木为“邓小平的参谋班子中的那个‘理论家’”。
1976年4月7日，中共中央政治局根据毛泽东的提议，通过了《关于撤销邓小平党内外一切职务的决定》。于是，对于“三棵大毒草”的批判人力，不断加强了。
1976年8月23日，《人民日报》发表了社论《抓住要害深入批邓》，掀起了批判“三棵大毒草”的新高潮。社论指出，这是“三株反党、反马克思主义的大毒草”。社论作了如下“分析”：
《论总纲》是“兜售‘三项指示为纲’的修正主义纲领”，“复辟资本主义的宣言书”；
《汇报提纲》是“反对无产阶级在整个上层建筑对资产阶级实行全面专政”的“一个修正主义标本”；
《工业二十条》则是“洋奴置办的经济思想和一整套修正主义办企业路线的写照，名为加快工业发展，实为加快资本主义复辟”。
经江青提议，人民出版社在1976年8月出版了由北京大学、清华大学大批判组编辑的《评〈论全党全国各项工作的总纲〉》、《评〈关于加快工业发展的若干问题〉》、《评〈关于科技的几个问题〉》三本小册子，印数达几千万册。大量印行这些小册子，据云是为了“发动群众”，进行批判。
于是，各报各刊，大报小报，笔伐“三棵大毒草”。仅《人民日报》，从1976年8月13日至10月6日，发表的批判“三棵大毒草”的文章、通讯，便达一百一十馀篇之多！
不过，也传来令国务院政治研究室的“秀才们”为之欣慰的消息：那三本小册子里，附了“三棵大毒草”的原文，以“供批判用”。由于小册子的大量印行，才使普通的老百姓得以见到“三棵大毒草”。
他们说：原来，“大毒草”是这么回事！“大毒草”倒是说出了我们的心里话，批它们干什么？
1977年5月15日，邓小平在与王震、邓力群谈话时，这么说及所谓“三株大毒草”。邓小平说：
“‘三株大毒草’中的《论总纲》我确实是最近才看到的。文章写得好，针锋相对，很尖锐，是香花，不是毒草。《汇报提纲》，当时想争取通过，有些问题现在要进一步写。《工业二十条》，看过第二稿，以后的稿子，什么十八条等，没有看过。这些文章也有缺点，没有缺点的香花我看是没有的。”
江青把国务院政治研究室视为眼中钉。1976年3月2日，江青在打招呼会议期间召集的十二省、区会议上，尖锐抨击国务院政治研究室以及胡乔木，称国务院政治研究室是“谣言店”，胡乔木是“坏人”：
最近，我们才开了窍门，人家揭发了，一个就是他那个政治研究室，胡乔木，这是一个坏人。这个政治研究室不仅凌驾在国务院之上，而且邓小平他们耍了一个花招，把原来的毛选委员会干掉了。他把胡乔木这样的人也凌驾在政治局之上了，主席不同意的，不赞成的。这可是一个相当大的谣言店。
胡乔木又被迫写检查，以至写揭发材料之类了。他的屋外，从天安门广场上不时传来“批邓、反击右倾翻案风”的口号声。
曾是国务院政治研究室成员的冯兰瑞，跟胡乔木很熟。冯兰瑞，1920年9月生于贵阳。1938年初，18岁的冯兰瑞在重庆加入了中国共产党。1940年，冯兰瑞来到延安，被分配到中央青年工作委员会工作，胡乔木当时是中央青委的组织部长，在那时候就彼此认识了。后来，是胡乔木提名，请冯兰瑞到国务院政治研究室工作。
2005年初，冯兰瑞在接受香港凤凰电视台“口述历史”节目的采访时，回忆了胡乔木在受到“批邓”冲击时的情景：
“四人帮”发动“批邓”运动邓小平主持中央工作后，对各项工作进行全面整顿。毛泽东不能容忍邓小平纠正“文化大革命”的错误，“四人帮”借机发动“反击右倾翻案风”运动，政研室成了运动的重点。政研室内头一个跳出来造反的是个年轻人，他是政研室图书馆的资料员，一个普通干部，大学毕业参加工作不久，是从新华社调来的。运动开始后，他给姚文元写了封信揭发政研室。姚文元给他回信：毛主席支持你。他拿到了“令箭”，马上在政研室造起反来。一造反，首当其冲的就是胡乔木。政研室开了多次批判大会，主要批判胡乔木，他的罪名是“反对毛主席”。
在中宣部的后楼政研室开全体会，全体也没多少人，就几十个人，他们就批胡乔木，说胡乔木反毛主席。当时乱七八糟说了一些，我都不记得了。我自己讲的话我记得，我说，我就不同意你们的意见，我说胡乔木同志怎么会反对毛主席呢？他曾经写过一首诗，这诗里头有两句，我记得，“如此江山如此人，千年不易我逢辰”，我说，他对主席这么深的感情，他怎么会反毛主席呢？我替他在会上辩护。
在“批邓”运动中，政研室的同志大部分表现是好的，只是很少几个所谓积极分子。可叹的是政研室领导中也有人对造反派不是抵制而是跟着跑。胡乔木缺乏应付这种局面的经验，有点惊慌失措。政研室里原来有公务员帮他打开水，运动开始后他只能自己拎着暖壶吃力地下楼去打开水，于光远、邓力群也是批判对像。邓力群比较会应付。他后来对我们说：他每次讲一点，保留一点，要是一次讲完了，下次就没有可讲的了。于光远就不行，他是个学者，不善于应付。
胡乔木把自己的命运完全捆在毛泽东的战车上了。所以，从毛主席发动批邓，他就顶不住了。
当然他的思想可能也有一个转变的过程。一开始跟着小平干，他还是认认真真干的；以后他的检讨他也很认真，然后呢，他就把邓小平说得个一塌糊涂。他给毛主席的一封信附了十八条（揭发材料——引者注）。胡乔木检讨说，我是跟着誓不改悔的走资派（指邓小平——引者），完全跟着他走，执行他的路线，我犯了特别严重的错误。然后说，成立这个政研室是邓小平提出来要成立的，所以，这个政研室就是为了刮右倾翻案风。反正胡乔木把邓小平说的简直不光是路线错误，而且连人品都不好，这个人是又顽固又狡猾的什么东西。
1976年9月9日，毛泽东去世的消息传来，使胡乔木陷入深深的悲伤之中。毛泽东毕竟是他最为崇敬的人，多年秘书生涯使他对毛泽东充满深厚的感情。然而，在长长的毛泽东治丧委员会名单里，依照姓氏笔划，姓胡的只有“胡炜、胡良才、胡金娣”，却没有胡乔木！
冯兰瑞回忆说：
1976年9月9日，毛泽东逝世。开追悼大会时，邓小平和胡乔木都被排斥在外，不让参加。后来才知道胡乔木曾写信给江青，请求允许他参加毛泽东的追悼会。江青不同意，还是没让他参加，胡乔木只好同我们一起在政研室开了一个小型的追悼会。
终于，1976年10月6日那“十月革命”，扭转了中国的历史车轮，胡乔木破涕为笑了……