段祺瑞很早就知道了徐树铮遇险的消息。原因是时任交通总长龚心湛为段派人物，当徐树铮的专车在廊坊被扣时，铁路局的段长第一时间就向龚心湛报了信。
段祺瑞听到消息后震惊莫名，可是又无计可施，只好抱着侥幸心理，想慢慢地找寻渠道，设法把徐树铮给解救出来。
然而不久之后，他就得到报告：“专使下车，什么话也没有问，就被枪毙了。”
段祺瑞一生以沉稳老练著称，无论遇到多大的险情和困难，都有一种泰山崩于前而面不改色的镇定从容。可是这一报告却让他几乎晕了过去，他老泪纵横，痛哭失声：“断我股肱！断我股肱！”随从段祺瑞多年的人都说：“跟老头子这么久，还没有见过他这么伤心呢！”
悲伤之余，段祺瑞欲派人找回徐树铮的遗骸进行装殓，可是却没有人知道遗骸到底被埋在了哪里。过了几天，他忽然收到一封信，信是廊坊驻军司令部的一名姓洪的军医写来的，他自述原名段大槐，后归宗姓洪。清末时他曾在段祺瑞的江北提督衙门给幕府当差打杂，徐树铮教他读书写字，洪军医遂拜徐树铮为师，并在徐树铮的帮助下考进了天津军医学校。
洪军医说他代收了徐树铮的遗骸，将即日运至北京。原来张之江的部下处决徐树铮后，只是随便挖了个坑，将他的遗骸埋在了附近的野地里。
洪军医听到后便去向张之江请求说：“我小时候在江北提督衙门里伺候做幕的师爷们，徐师爷看我不错，把我送到天津学医，这才有我的今天。他跟都统（指张之江）有什么仇恨，我不知道。念他过去待我有恩，可否容我给他收尸？”
张之江杀徐树铮不过是奉命行事，他跟徐树铮之间也没有什么大不了的个人恩怨，便也乐得做个顺水人情，于是就说：“大丈夫恩怨分明，你收你的尸吧，我不拦你！”
得到张之江的允许，洪军医把徐树铮的尸体从泥土中刨出来，放进自备的一具薄木棺材，然后用驴车运到北京，停放在永定门外的土地祠里。
段祺瑞为徐树铮的遗骸重换了装裹和棺木，并亲撰“神道碑”，回顾了二人相与的过程，对徐树铮极尽褒扬。他还嘱咐自己的子孙后代，要求以后每年摆供祭祖时，必同时祭供徐树铮牌位。
在徐树铮被害的第二天，京津各报就都登出了陆承武的通电。这份通电实际上是鹿钟麟的北京警备司令部事先早就拟好的，在通电中，他们以陆承武的口吻指称是陆承武亲手杀死了徐树铮，“以雪国人之公愤，藉报杀父之深仇”。一般不晓内情的人都知道陆承武的父亲陆建章系徐树铮所杀，所以对于陆承武的举动也深信不疑。
段祺瑞则深知事情没有这么简单，“所谓仇者伪也”，他坚决主张明令缉凶。此前迫于各方特别是冯玉祥方面的压力，执政府已成立了国务院，内员多为亲国民军或与国民军方面有渊源的人。国务总理贾德耀是冯玉祥的把兄弟，又系冯玉祥一手推上台，看到段祺瑞所发的缉凶令后，执意不肯在上面副署，事情最后只能不了了之。
段祺瑞虽然暂时不得不忍气吞声，但经过这件事，他和冯玉祥之间的关系也就走向了彻底破裂。
徐树铮能够成为段祺瑞的“灵魂”，不仅是由于他的谋划和活动能力，更在于二人在政治理想上高度契合。段祺瑞曾亲自撰写《内感篇》一文，在这篇文章中，他分析道，国内的一般学人在游历欧美后，都想把西方的政治思想和制度立刻移植过来，就好像是拿别人的装饰物，来美化自家厅堂一样。殊不知上层建筑的东西绝非如此简单，毕竟西方人对他们的那一套早已习惯，而国人在此前的三千多年里，一直都有自己的历史和文明，如果一定要强行移植，只会带来东施效颦的结果。
段祺瑞与徐树铮一样，都认为中国的“立国要素”仍是传统的孔孟之道，是“老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼”。由此出发，其治国之道可以用四个字来概括，即“纲纪为先”。
作为段幕后起的重量级幕僚，章士钊的政治理念与段祺瑞、徐树铮可谓如出一辙。他是一个“以农立国”论者，竭力主张恢复体现“农国”精神的中国传统文化，特别是儒家的礼教，并视礼教为拯救社会危机的对症良药。
可是此时的社会风潮却与他们的想法完全背道而驰，各地学生运动此起彼伏，对北京政府的“纲纪”形成了极大的冲击。段祺瑞慨叹：“最奇特者，人之所无，而我更有澎湃之学潮，可谓新之又新。”
为此，在执政府尚能维持局面时，段祺瑞便让章士钊由司法总长兼署教育总长，想通过这位名士出身的政治家来整顿学风。