北洋内部的这种“均势”维持了将近一年，但是就在这一期间，局部的战争与冲突也时有发生，新的危机开始不断出现，并且显示出处理稍有不慎，就有可能牵一发而动全局的势头。
1925年10月，长江直系以孙传芳为总司令，组织浙闽苏皖赣五省联军，向奉军发起总攻击，浙奉战争爆发。此时，冯玉祥接受苏联援助，使得国民军的实力得到极大增强，于是便开始与孙传芳密商反奉计划，不久又与奉军将领郭松龄订约，建立起反奉同盟。
为了对付国民军，张作霖也抛去前嫌，与吴佩孚结成了直奉同盟。自此，各派大动干戈，段祺瑞苦心经营的“均势”再也无法维持下去了，“调和统一”更无从谈起。
归根结底，段祺瑞还是不具备整合北洋系的真正实力，也可以说，在袁世凯之后，能够被北洋各派始终公认的权势中心其实一直都没有形成过。
在这种情况下，段祺瑞的“均势”只能是权宜之计，而非长远之策。有人把他比喻成给一群儿孙分苹果的老妇，虽然想尽办法要做到公平合理，可是苹果再多，也就那么一篮子，何况还有大小酸甜之分，所以最后仍不免群儿相斗，甚至迁怒至他这个老妇。
“群儿”之中，最难打发的仍是自恃有拥戴之功的冯玉祥、张作霖。冯玉祥在执政府刚开局时，就因所获得不到满足而心生怨怼。张作霖更是气焰万丈，得寸进尺，得到河北地盘之后，又复要山东。
段祺瑞的侄子段宏纲长随段之左右，他和“太子派”的一些人进言，希望段祺瑞对张作霖的一些过分要求予以严词拒绝，如果拒绝不了，就立刻离京，通电下野，并且说不这样做将威信尽失，以后会越来越被动。
段祺瑞因为自身缺乏实力，做事已不像过去那样坚毅果断。虽然他认为段宏纲说得很对，但并未能坚持下去，在听了“国舅派”的另外一番劝说之后，仍任命奉系将领张宗昌为山东督军。
国民军方面对此非常恼怒，认为段厚于张而薄于冯，于是便把气都撒在段祺瑞身上。他们首先夺去北京治安军警权，接着便蓄意对段幕成员尤其是“国舅派”展开打击报复——在冯玉祥的授意下，冯的嫡系亲信、时任北京警备总司令兼警察总监的鹿钟麟先后下令逮捕了执政府总参议曾毓隽、司法院长姚震，财政总长李思浩见势不妙，赶紧避往东交民巷，陆军总长吴光新则借着到日本观操的名义，逃到天津去了。
此时执政府风雨飘摇，身为执政的段祺瑞已无能力保护自己的这些幕僚和部下，他只能尽全力阻止各方冲突的进一步加剧。
发现冯、奉已成剑拔弩张之势，他特派时任执政府秘书长的邓汉祥到各处接洽，劝阻冯玉祥等人不要用兵，但邓汉祥出去跑了一圈，结果是毫无所获。
邓汉祥回来后，将各方非打不可的情形详细告诉了段祺瑞，劝他以“电主张未能实现”为由通电自动下野。段祺瑞并不是一个恋栈之人，过去因总统不能接受他的意见，也曾多次愤而辞职。可是这次他却不能不恋栈了，原因就是关税会议尚无结论。
当时各国在会议上已原则承认中国关税自主，并决定在元旦裁厘实现后正式施行。尽管段祺瑞知道在自己任上要实现裁厘的目标已经非常渺茫，但仍想勉力一试。另外，半途因内乱弃职而去，他也担心这样会令中国在国际上丢脸。他对邓汉祥说：“现在有五十几个国家的代表在北京开关税会议，我若毅然决然宣布下野，国际友人难免不责备我们对国家太不负责任。”
就在他心神不定的时候，他收到了一封从上海发来的电报，署名人是已经暌别很久的徐树铮。