有章士钊所做的前期设计和铺垫，乍看起来，临时执政似乎已经具有了可以不受任何方面掣肘的大权，完全能够按照自己的设想大干一番。段祺瑞也曾雄心勃勃地对幕僚们表示，自己将对政府做“根本改革”：政府用人将重才而不重党阀派系，外交取独立态度，财政要治本，不借外债。总之，就是要使国内实现不分派系的大统一，国际上则不再依赖于任何列强。
然而设想是美好的，现实却是残酷的。经历直皖战争和江浙战争，皖系的军事实力已丧失殆尽，“最后的堡垒”卢永祥也成了无兵无勇之人，段祺瑞所能依恃的仅为一批文人政客和官员，可以说是“手无寸铁”。
没有本系实力作为后盾，就算是有再精妙的制度设计，也无法按个人意志行使权力。最早让段祺瑞体会到这一点的，是对章士钊的任用。作为段幕现阶段的首席幕僚，章士钊在天津时即为段祺瑞的秘书长，到京后，段祺瑞已内定他为执政府秘书长。岂料张作霖力荐段祺瑞的另一个幕僚梁鸿志出任该职，段祺瑞拗他不过，只好改委章士钊为司法总长。虽说章士钊精通法律，当司法总长也算是专业对口，但毕竟非原来所愿。
不仅张作霖对中央事务有插手欲，冯玉祥也同样不遑多让。就在段祺瑞抵京的当天，冯玉祥对他手下的重要将领说：“段已到京，张雨亭（张作霖的字）再到京，即是段、张、冯三大头，若说不干涉政事是不可能的，就是段大元帅（‘国民军大元帅’，用以指段）出山，也是个木头人。”
当时的报纸什么都敢登。北京报纸就刊登了一幅漫画，在图上的三杆步枪交叉架上，有一顶写着“临时执政”字样的军帽，意思就是说段祺瑞是由冯、奉、直三大军事势力捧上台的，他不但不能得罪冯玉祥、张作霖，连长江各省直系的脸色也要看。
面对尴尬的处境，段祺瑞的部下幕僚们开始从最初的兴奋中清醒过来。某日，段祺瑞与曾毓隽谈论局势，曾毓隽表现得情绪悲观，他认为段祺瑞能够上台执政，只是因为推翻曹、吴后群龙无首，冯玉祥、张作霖拿他作为“暂时之马首”，并非真心拥护，而且冯、张也是暂时互相利用对方，必定难以长久合作。
段祺瑞见状说：“云沛（曾毓隽的字），你不应当对国家事采取如此消极的态度。”
曾毓隽说他并非消极，而是觉得担心，感到“老总”在如此形势下急于上台，好比是一张两条腿的桌子，一推便倒。
段祺瑞也没想到入京之后所遇到的困难会这么大，但他素来不以困难为惧，想想青少年时代靠“一块钱起家”，动辄徒步跋涉千里，现在再难，会比那时候更难吗？
正好手里拿着一只茶杯，段祺瑞就当场以茶杯为喻：“此杯固是锯合而成者。我握之掌中，可暂不碎，若我放手，便落地碎矣。”
看到老段仍以“救世主”般的心态在做事，曾毓隽忍不住脱口而出：“杯不由我碎，待碎时由我全之，则反易耳。”
段祺瑞毕竟早已不是一个靠热血和青春闯荡江湖的少年，他不能不承认曾毓隽说的是对的，也就是说，他作为名义上的国家元首，不但要面对重重困难，还要承担随时可能“杯碎”的责任，而他实际上根本没有能力保证“茶杯”不“落地碎矣”。
这么一想，真不如冷眼旁观，然后从容收拾时局来得轻省便宜啊！可是开弓没有回头箭，以前做总理时，还能跟总统耍耍性子、撂撂挑子，现在总不能自己挂冠跑回天津去吧。
迟疑半晌，段祺瑞对曾毓隽说：“你说得很对，那么你的意思是怎样呢？”
段祺瑞是想问曾毓隽有何补救之策。曾毓隽的建议是加强与南方的合作。当时的南方势力之中，除西南的滇唐（唐继尧）、蜀刘（刘湘）外，就数东南的孙中山声势最大，同时段、孙又曾同为反直三角同盟，因此曾毓隽建议段祺瑞迎孙中山北上，与之共商国是。
以段祺瑞之老到，并非不知孙氏之潜力。在与孙结成同盟时，他就曾评价说：“中山可称中国之绝色人物，确守一定主张，始终不渝，此余所以深悦与之携手也。”
后来曹、吴败走，有人主张开国三大元老同时入京，开国是会议。所谓开国三大元老，孙中山、段祺瑞、黎元洪是也。段祺瑞当时也接受了这一建议，并向冯玉祥解释：“中山西南领袖，吾们与雨亭（张作霖）偏向北方，故统一西南事，应征取中山意见，吾迟迟入京以此。”
曾毓隽说段祺瑞“急于上台”，其实是指他没有能够坚持这一主张，把联孙进行到底——在被拥戴将成为临时执政后，为了进一步取得长江各省的支持，段祺瑞在事先未与孙中山商量的情况下，就单方面发布了宣布政见的“马电”，令孙中山大为不满。
接着，梁鸿志、段宏业等人又怂恿段祺瑞先入京，并且说：“先入关者王，主人也；中山后至，宾也，何必候孙？”段祺瑞听信了他们的话，放弃等待孙中山，先一步到京就职，这就意味着段祺瑞一人执政之局替代了“三元老方案”。孙中山当时已即将抵达上海，听到这一消息后，只好绕道日本，推迟入京。