直皖战争结束后，接下来基本就是一个直奉为刀俎、皖系为鱼肉的过程。皖系军队全部遭到改编或缴械遣散，无一幸免——“边防军一个也不能留”其实就是吴佩孚自己的心声，他在战争中已经看到了边防军的潜力，又怎么可能再听任这样一支军队存在下去？
西北边防军因为徐树铮的关系，更被直奉认为势必除之。徐世昌下令撤销西北筹边使官制及西北边防军，至此，西北军在编制上寿终正寝，其存在时间仅仅只有一年零七个月。张作霖本来还想把被徐树铮“挖”去的那两个旅要回去，但两旅坚持“愿再战不愿缴械，愿改编不愿归奉军”。张作霖见状，便将枪支收走，人员一律遣返原籍。
西北军第三混成旅系徐树铮当初带到外蒙古去的驻军。该旅留在国内的部分率先被缴械遣散，只有在外蒙古的主力被暂时保留。在徐树铮失势之后，原库伦都护使陈毅已重回外蒙古掌权，此人认为徐树铮抢了他在外蒙古撤治上的功劳，对徐树铮及其西北军一直抱有妒恨之意，这时便落井下石，上书北京政府，要求将第三混成旅“调回内地遣散，以去疑窦”。
北京政府不是不想调第三旅，奈何外蒙古形势发生了新的变化，白俄军队趁中原动荡、无力兼顾外蒙古之机，欲谋夺库伦。发现库伦战事迫在眉睫，北京政府只得对第三旅暂缓内调，将其改为陆军第二十五混成旅，直属陆军部。
这支塞外孤军遭到了白俄军队的大举进攻。旅长褚其祥连电北京告急，并派参谋长及库伦中国商会会长赴京求援。可是求援人员刚刚到京，库伦就已经失守。在白俄的胁迫下，外蒙古活佛哲布尊丹巴再次宣布“独立”。
退出库伦的第三旅分途退向祖国，其中退往张家口的全部因冻饿死于途中，褚其祥所率另外一部被苏联红军解除武装，次年，他与几个中级军官由苏军押送，经海参崴遣返回国。在此之前，苏联红军已击破白俄军队，占领库伦，并在库伦成立了由苏联扶持的“蒙古人民政府”。
在徐树铮二返外蒙古途中所作的那首七律上，有一句这样写道：“中原鼎沸谁孤愤，大海回澜作夜声。”相隔徐树铮和西北军出塞仅仅两年，他们做出的努力、建下的功业，就被“中原鼎沸”给覆盖得无影无踪了。
就在褚其祥旅折戟沉沙的那一年，原被派往海参崴参加“西伯利亚干涉”的“中国支队”也撤回了国内。那时他们所属的陆军第九师已被直系改编，师长也换了人。这支同样曾经立声名于外的功勋部队一样落到了无人问津的地步，只得在他们所暂驻的吉林牡丹江“就地落草”，接受吉林督军的改编。
往前推一年，1920年春，那时直皖战争尚未爆发。服务于“一战”的“威海卫华工营”准备启程回国，许多华工前去向那位出生于北京西郊海淀，如今已定居于法国的女子辞行。大家问她想不想回中国，女子说：“怎么不想？做梦也在想！不过一年多来，我向许多同胞问了国内的情况，倒使我迟疑起来。祖国太乱了，人民太苦了，简直是一个公共的殖民地。以后再看吧！”
临别时，女子的眼眶里全是泪水，她一边哭，一边拉着同胞的手说：“我多么盼望祖国统一、独立和富强啊！”
这个希望转瞬就成了泡影。回国后的华工也有很多人被迫卷入直皖战争，他们没有死于“一战”，却死在了内战之中。那位在华工营中具有很高威信的“先生”就是其中之一。他的华工朋友和他通了几次信，但直皖战争后去信几次都无回信，可知一定是已经战死了。
中国嗜于内斗的“传统”，仿佛再一次让人们看到了它骨子里的无可救药！
内斗就像一个在屋内开设的大赌场。在直皖战争的这一局里，皖系是个大输家，“十祸首通缉令”中的十个人都是输家中的一员。照理说，通缉名单上的人应该是最惨的，但实际上不是。傅良佐因为投靠徐世昌、靳云鹏，并替徐世昌劝说段祺瑞通电下野的“功劳”，而受到庇护，没有被通缉。他认为自己不会有什么事，不料曹、吴却不想饶过他，不久他就被直军给逮捕了。
这个倒霉劲儿！早知如此，还不如跑日本使馆寻求政治避难了。傅良佐被抓后，家人行贿二十万元，对方仍不肯放人，令傅良佐又气又恨。过了一年多，郁郁寡欢的傅良佐患了精神病，这才得以保外就医，但回家不到两个月就死了。
原段幕人员中，只有靳云鹏算得上是赢家。直皖战争结束后，他成了各方面都能接受的大红人，1920年8月，他再度组阁，风风光光地做了总理。