靳云鹏、徐树铮同为段祺瑞的幕僚出身，也是段幕中被公认为最有才能，同时也最受段祺瑞赏识的两个人。靳云鹏虽然天资不如徐树铮，但做事特别勤奋卖力，加之出道较早，名位一直在徐树铮之上，所以被新闻界封为段幕四大金刚第一名（另三人依次为徐树铮、曲同丰、傅良佐）。
靳、徐之间一向都互不买账。在靳云鹏看来，自己从小兵做起，一步一个脚印，不像徐树铮原先一天兵都没当过，只是因为留洋回来就做了军官。同时，他在徐树铮之前就受到了段祺瑞的提携，因此理所当然地视徐为后生晚辈。
徐树铮则以能文能武自豪，认为靳云鹏出身行伍，虽然说不上是目不识丁，但也只不过粗通文字而已。他内心里看不起靳云鹏，也根本没有靳云鹏所期望的那种对“前辈”的敬畏感，平时有了分歧便照吵不误，不肯给对方留一丝情面。
段祺瑞固然对徐、靳都很赏识，但如果一定要他从中选一个最欣赏最亲近的，无疑仍是徐树铮。
与靳云鹏和段祺瑞的关系在师友之间不同，徐树铮是段祺瑞真正的嫡系门生。朋友虽近，总不如学生可靠。更重要的是，徐树铮只忠于段祺瑞，政治关系较简单，靳云鹏却关系复杂，他和冯国璋做过同学同事，和曹锟是把兄弟，和张作霖是儿女亲家，也就是说，几乎和所有的当朝权势人物都有瓜葛。因此，段祺瑞对靳云鹏就不可能做到完全信赖，在对待二人的态度中，也不免有偏徐而抑靳的趋向。
靳云鹏的功利心和虚荣心都很强。段祺瑞的这一态度毫无疑问对他造成了很大刺激，使其更加由妒生恨。
早在讨伐张勋期间，段祺瑞将幕僚人员做了一个分工，让靳云鹏在天津负责策划，徐树铮、曾毓隽到外省进行联络。徐树铮因为有事来津找段祺瑞商量，正好段祺瑞不在，徐树铮没进屋就离开了。
靳云鹏知道后，以为徐树铮是来找自己碴儿或到段祺瑞面前告自己状的，于是马上跑到办公室门外，对着徐树铮的背影怒目而视，并且用山东土话大骂道：“徐树铮你奶奶个腿儿，你鬼鬼祟祟地干什么？你来查谁呀！你管得着吗？婊子的儿，整天价不干人事，出坏主意，你是人做的吗？王八蛋！”
徐树铮不屑与之对骂，便假装没听见他那些不堪入耳的话，加快脚步离开了。
早在段祺瑞做国务总理时，徐、靳的矛盾就已由暗斗走向表面化，靳云鹏常常被气得请假不来办公。段祺瑞知道后，便授意吴光新、曲同丰等人进行调解，但二人关系并未得到根本改善。之后段祺瑞改变方法，转派靳云鹏代表他出外做联络工作，一方面利用靳云鹏各方面关系较广的优势，另一方面也希望借此减少靳、徐之间的摩擦。
可是这样一来，靳云鹏却认为段祺瑞是有意对他疏远，反而对徐树铮更加怀恨在心。
徐、靳虽然一开始就不和，但争斗还不算激烈，围绕着究竟该由谁来出任西北边防军总司令一职，双方才逐渐变得水火不容。
靳云鹏是督办处督练，徐树铮是督办处参谋长，按照这个职位设置，靳在徐之上，有统辖边防军的权力，他似乎更有理由出任西北边防军总司令。可是在段派嫡系军人这个圈子里，多数人都认为靳云鹏人品卑鄙，很看不起他，就是边防军的三个师长，也都跟他不对付，尤以第一师师长曲同丰为甚。
辛亥革命前，靳云鹏在昆明任第十九镇总参议。十九镇统制是钟麟同，靳云鹏与之不睦，曾陷害过钟麟同。当时曲同丰也在十九镇任协统，和钟麟同关系很深。因为这段过节儿，他每谈及靳云鹏便咬牙切齿。
靳云鹏是三个师长的直接领导人，后者距离段祺瑞还隔着一层。可是师长们的心目中都只有段祺瑞，并不把靳云鹏放在眼里，有些事情甚至还会直接去向段祺瑞请示。这样靳云鹏就被悬在中间，成了一块挂名的招牌。
靳名位较高但难得众心，徐能够服众却职务不够，双方各有优势短长，又互不相让，令段祺瑞一时也难以决断，西北边防军总司令一职也就只好长久地空缺在那里。直至徐世昌用徐树铮为西北边防军总司令、靳云鹏为国务总理，这桩悬案才算了结。
靳云鹏与徐树铮有宿怨，不愿看到对方建功，所以尽管外交部也支持徐树铮对“六十三条”的看法，但他仍给徐树铮泼去了一盆冷水。
徐树铮主张不应按王公要求撤治，靳云鹏就说内阁已经如此决定，不可出尔反尔，自损威信，至于后果如何，等办理后再说，纵有不便，再行取消也没有损失。他还直接否决了开会进行研究的提议，认为筹边会议只可在边防范围内讨论问题，而外蒙古撤销自治案，已经交给陈毅专办，不必他人越俎代庖。
徐树铮对靳云鹏的指示置若罔闻，他致电国务院：“撤治但求成功，何分畛域？”
以徐树铮的性格，只要他认为做得对而且能做好的事，必然一往无前，天王老子也挡不住，更别说靳云鹏的指示了。在给徐世昌的另一封电文中，他声明自己从抵达库伦之日起，没有做错过任何一件事，“自问无负于政府，无负于道义……树铮只重国事，决不以荣枯毁誉介意”。