冯国璋就任总统不久，就提议要按照袁世凯设置陆海军大元帅统率办事处的成例，在总统府成立一个“统率办公处”，以王士珍为处长。
段祺瑞一听马上意识到自己的军权有被分割的危险：王士珍身兼参谋总长，一旦府院遇到不同意见，冯国璋和府方就可以坐拥三分之二的多数。
得知段祺瑞不同意设立“统率办公处”，冯国璋又提议在总统府内设立“参陆办公处”，由参谋总长王士珍和兼有陆军总长职务的段祺瑞共同负责。他还托人带话给段祺瑞说：“请芝泉无须多心，总统作为军队的统帅，对军事不闻不问毕竟是失职嘛。”
段祺瑞闻言不便再拒绝，终于同意设立这样一个组织，但又坚持“参陆办公处”必须附在责任内阁里面才算合法。他这一手的高明之处在于，不仅使得冯国璋实际无法分享国务院的军权，而且还把参谋本部变成了国务院的附属机构，从而最大程度地限制了冯国璋联王抑段的可能性。
这些情况被一些老北洋人看在眼里，令他们早早就看到今后的府院关系存在某种隐忧。时任黑龙江省督军鲍贵卿在小站练兵时期即为管带，他在进京谒见冯国璋后，特地去秘书厅找恽宝惠攀谈。二人先谈了一会黎段相争的情况，接着鲍贵卿便说：“他们老兄弟俩（指冯段）这还有什么说的，当然不会再闹像以前的那些个事……”
说到这里，鲍贵卿欲言又止，随后才用沉重的语调继续说道：“不过，他们老二位的性情各有不同。我和他们相处多年，可以说是相知有素了，希望你和远伯（张志潭的字）设法给他们从中调和弥缝，使得他们不至于闹出任何意见来，那就最好了！”
恽宝惠把这些话分别告诉了冯国璋和张志潭，张志潭又转告段祺瑞。大家都觉得鲍贵卿语重心长，意见很好，也都在口头上表示要引以为戒。无奈这世上的事，往往是你越怕什么就越会来什么——在度过短暂的蜜月期后，府院终于还是又回到了拢不到一块儿的状态，第二次府院之争很快就在傅良佐督湘这个问题上集中爆发出来。
冯国璋虽为北洋大将，但很早就与西南军人有密切联系。唐继尧曾是冯国璋的学生，早在冯住北京的时候，他和李烈钧从南方来京，即留住于冯宅。后来冯国璋到南京，又通过梁启超的关系，和陆荣廷、唐继尧建立了通信往来。那段时间，冯国璋、陆荣廷甚至还拜把子做了兄弟。
冯国璋能在地方上成为一大势力，连袁世凯在世时都不敢轻视，除了拥有地方兵权外，和西南军人的相互呼应也为其一大法宝。当年在袁世凯称帝时期，冯国璋领衔发出的“五将军密电”，更是几乎要了老袁的半条命。
西南军人反段拥冯，冯国璋和陆荣廷等人一直保持着秘密盟友关系。对西南军人完全不同的感情，决定了段冯在这方面的政见存在着根本分歧。概言之，段祺瑞主张武力统一，而冯国璋则力倡和平统一——虽然听上去都是要追求统一，但段祺瑞是真的要统一南北，冯国璋所谓的统一却只是个形式。退一步说，即便西南各省仍然保持独立或半独立的状态，可只要对冯国璋这个总统没有异议，他也可以容忍。
知道段祺瑞打湖南的主意，乃是为了动两广，冯国璋如何能够不予过问。他反对撤换谭延闿，其直接理由是谭延闿在湖南可以作为南北双方的桥梁，换了别人起不到这样的作用。
有一天，国务院秘书长张志潭循例来府盖印。在把需要盖印的命令一件件递给冯国璋的时候，他特地提到了傅良佐督湘的问题，并转述段祺瑞的意见：傅良佐是湖南人，又和湖南省内的军界人物有联系，所以由其督湘一定能够胜任。
冯国璋听后，一边把他已经看过的命令一件一件递给恽宝惠，一边对张志潭说：“恐怕不见得吧！你还是回去跟总理商量商量。”
冯段二人的年纪都比较大了，不像年轻时候那么喜欢到处走动。段祺瑞到总统府的次数不多，冯国璋也一样，就算他不认同段祺瑞的意见，都不肯去找段当面商谈解决，而是直接干脆地予以否决。
冯国璋无疑给段祺瑞出了道难题。傅良佐的父亲与段祺瑞是盟兄弟，傅良佐则是段祺瑞的学生，有着这两重关系，使得他对段祺瑞极为恭顺，见面总称段为“老伯”。同时，傅良佐不仅自日本士官学校读书起就成绩优良，而且本人还有很好的中文根底，写作俱佳，自然而然更得段祺瑞的赏识和提携。
世谊兼学生，亲信兼幕僚，允文允武，还正好是湖南人，人地相宜，段祺瑞就算是打破脑袋，也想不出再到哪里去找这样合适的人选。
可是冯国璋不同意怎么办？这时候段祺瑞想到了另一个人。