孙洪伊上任后，一度想安插自己的人当京师警察总监。京师警察系统虽隶属于内务部，但对总监这样高级别官员的任免，必须得到总理的认可才行。
段祺瑞怎么可能让孙洪伊随心所欲地布置自己的势力，他的提议理所当然地遭到了拒绝。
孙洪伊安插不了总监，又把主意打到了部内。早在未入阁之前，他的“夹袋人物”也就是亲信和存记备用之人就有一百五十多人。这些人都要进行安置，孙洪伊就以整顿内务部为由，裁减了原有的一批高级部员。
部员们突然丢了饭碗，恨不得找人拼命。徐树铮见有机可乘，遂鼓动他们上诉平政院。
平政院即后来的行政法院，主要负责监察行政官吏的违法和不正当行为，原肃政厅即为其下属机构。接到有关内务总长违法裁员的投诉后，平政院裁决原告胜诉，并要求孙洪伊限期撤销解职令，准许被解职部员重新回部上班。
平政院是根据袁世凯时代的“民三约法”设立的。孙洪伊紧紧抓住这一点，认为平政院的存在本身是否合法还存在疑问，所以拒绝执行该院的裁定。
徐树铮见状，赶紧与段祺瑞商议，拟定了一道执行平政院裁定的命令，准备送府盖印。可是按照新规定，命令须由孙洪伊副署，而孙洪伊拒绝副署。
平政院听说自己的裁定竟然不能被执行，顿觉大丢脸面。他们请段祺瑞主持公道，说：“如果平政院真的不合法，请总理立即下令解散。如果是合法的，为何判决不能生效？”
平政院方面还声称，倘若孙洪伊继续拒绝执行裁定，他们将集体辞职。
段祺瑞把孙洪伊叫来，让他无条件执行裁定。孙洪伊却抵死不肯，还公然对段祺瑞进行顶撞。段祺瑞勃然大怒：“你这是结党营私，滥用私人！平政院的判决我看很合理，难道你还无法无天了？”
段祺瑞即便动怒也没能镇得住孙洪伊，孙洪伊根本就不把他这个总理放在眼里。这使得段祺瑞痛下决心，随后便向总统府呈请将孙洪伊予以免职。
孙洪伊在段祺瑞面前如此强硬，本身就与得到了黎元洪的支持有关。他虽为段内阁成员，却得到黎元洪的高度信任，可参与黎幕的一切密议，隐然执总统府之牛耳。徐树铮手持“孙洪伊着即免职”的命令前往总统府，去了四次，次次碰壁。最后一次他忍不住对黎元洪放言：“总统不盖印，就只能不准伯兰（孙洪伊的字）出席国务会议！”
见徐树铮又开始对自己不恭不敬，黎元洪顿时火了，他大喝一声：“你说的这是一句什么话？”
徐树铮冷冷回答：“这是总理说的。”
府院之争如此热火朝天，原先站在一旁看热闹的国会议员们也都按捺不住，纷纷加入战团。
此时的国会议员中有两大派别，一是以原国民党人为主的商榷系，一是以原进步党人为主的研究系；基本政治倾向是商榷系靠拢黎元洪，研究系接近段祺瑞。
自段祺瑞的免孙令一问世，商榷系议员即向段内阁提出质问，认为只有国会弹劾才能罢免国务员，国务总理无权直接呈请罢免。更有甚者，还有六十余名议员联署提案，要求弹劾院秘书长徐树铮。
商榷系起劲，研究系议员同样把战鼓擂得咚咚响。先是其机关报猛烈批评孙洪伊“违法”，接着研究系首领、众议院议长汤化龙又亲自谒见黎元洪，劝其尊重舆论，主动调换孙洪伊以息争端。
在国会的推波助澜下，段祺瑞一反以往尽量克制或不直接表态的处事态度，亲临总统府催促黎元洪为免孙令盖印。
可是黎元洪仍然一再推诿，段祺瑞不由脱口而出：“总统不肯免孙伯兰的职，那就请免我的职吧！”
黎元洪虽然与段祺瑞有矛盾，但也知道如果缺了段祺瑞撑场子，他这个总统必然做不长久，只好无可奈何地表示：“可以让伯兰自动辞职，免职令还是不下的好。”