由于在段祺瑞内阁中黎派阁员占据优势，所以这场争端虽然发生在国务院内部，但其实也是府院之争的一种扩大和延续。一手挑起争端的孙洪伊原为进步党人，不过政见上却倾向于国民党，段祺瑞和北洋系对他很反感。他之所以能够入阁，完全是黎元洪提名的缘故。
段祺瑞是看在黎元洪的面子上，才同意孙洪伊入阁的。对孙洪伊，他自然不会予以重用，所以起初安排的阁员职位只是有职无权的教育总长。不料孙洪伊到京后便以领袖人物自居，当着黎元洪的面，他声称即使不入阁，也不干教育。
这时阁员名单已经发表，黎元洪骑虎难下，只好硬着头皮让人再找段祺瑞商量。段祺瑞很不高兴地回答道：“就他难缠！名单已发表，谁肯让他？”
事有凑巧，阁员里面正好也有人想调整，原定的内务总长情愿把位置让给孙洪伊。段祺瑞见状，又考虑到必须维持与黎元洪的关系，就再次迁就黎元洪，任命孙洪伊当了内务总长。
内阁组成不久，恰逢李烈钧在广东与人争夺地盘，对段祺瑞调他“来京听候任用”的命令也置之不理。段祺瑞十分不安，便在内阁会议上就广东问题提出讨论。
徐树铮列席内阁会议并发言。按照法理，国务院秘书长只有列席内阁会议的资格，没有发言权，可是既然段祺瑞不予阻止，其他人也就不好讲什么了。
徐树铮提出要组织粤、闽、湘、赣四省军队对李烈钧部进行会剿，并拿出了一个水陆三路进兵的计划。因李烈钧是国民党人，孙洪伊及其他原国民党出身的阁员都对此表示反对，他们采取袒护李烈钧的态度，仅主张进行调解。
内阁会议结束后，徐树铮也不管什么少数服从多数、自己有没有发言权，就按照先前在陆军部的做法，自顾自地拟定了四省会剿李烈钧的命令，然后去找府方盖印。
黎元洪、丁佛言与孙洪伊等阁员平时都是一个鼻孔出气，当然不肯给他盖。遭到拒绝后，徐树铮便索性在没盖印的情况下把电令发了出去。
事情很快泄露，孙洪伊性情自负，不甘人下，本来上任后就看不惯徐树铮，抓到把柄后马上当面指责他违法越权。徐树铮也不是一盏省油的灯，二人言辞激烈，声达户外。
自此，孙洪伊挟黎以自重，徐树铮倚段以为抵制，二人皆视对方为仇敌，几乎无时无事不发生冲突，并且这些冲突还都相当激烈，乃至于“短兵相接，日在火并之中”。
“广东案”之后，又发生了福建省长胡瑞麟查办案。袁世凯主政时期，胡瑞麟奉袁世凯之命，曾授意其弟、湖南将军汤芗铭屠杀革命党人。尽管已经事过境迁，但参议院仍有人要跟胡瑞麟算旧账，为此提出要查办胡瑞麟。
胡瑞麟本来和黎元洪有些渊源，后来却投靠了段祺瑞，与徐树铮的私交也不错，因此查办案送到国务院后，徐树铮便不提出阁议，只以国务院秘书长的资格拟文咨复了参议院。
省长是文官，其任免、查办皆属于内务部管辖范围。孙洪伊从国会方面得知这件事后，马上提出阁议说总理滥用职权，这么大的事，为什么不经过内阁讨论就直接咨复参议院？
其他各部的部长也都有意见，段祺瑞的处境十分尴尬。本来对徐树铮所为，段祺瑞是完全同意和支持的，但为了免使段难堪，徐树铮就一个人把责任承担了起来。
徐树铮就此成为孙洪伊等人集中攻击的目标。段祺瑞无言以对，只好说了一句“树铮荒唐”。
孙洪伊仍旧穷追猛打，又向段祺瑞提出辞呈。徐树铮忍无可忍，对段祺瑞说：“姓孙的太狂妄了！他想胁迫总理，我看干脆批了他的辞呈，把这个害群之马赶出内阁。”
孙洪伊得理不饶人，段祺瑞偏偏还不能赶他走，其直接原因是总统府和国会的一些人正借机大做文章，黎元洪还特招孙洪伊前去见面，对其大加慰留。
毕竟是自己理亏在先，黎元洪又做此表示，段祺瑞于是也不得不对孙洪伊进行了慰留。
孙洪伊有了面子，这才答应收回辞呈，但又迫使段祺瑞答应对院秘书长的权限进行限制，其中包括不能对内阁会议的决定进行擅改，以及政府命令必须由国务员副署后，才能送总统府盖印发表，等等。
此次冲突的结果，徐树铮受到了重大打击，此后他与孙洪伊的争斗便开始表面化，而且呈现出愈演愈烈之势。