除了争夺兵权外，府院双方还常常在官吏任免上较劲：院方想要任用谁，府方会故意挑剔；反过来，府方提出的官员名单，有时也得不到院方的同意。由于府院相持不下，许多已经拟定的官吏人选最后都中途搁浅了。
黎元洪的幕僚们想在外省扶植本方势力，便鼓动黎元洪任命孙发绪为山东省长。任命书已经写好并加盖总统府大印后，黎元洪派时任总统府侍从武官长的哈汉章持令去找段祺瑞，以完成国务院加盖印章这一环节。
哈汉章与段祺瑞有师生之谊，他见到段祺瑞后说：“总统因为山东省长缺人，今物色了一位安徽同乡孙发绪，认为人地相宜，即请老师盖令发表吧！”
孙发绪是安徽人，段祺瑞出生于安徽，也以安徽为原籍，哈汉章强调孙发绪“安徽同乡”的身份，自然是以为这样好通过一些。可是段祺瑞虽然极重乡情乡谊，但在任用乡人的问题上却很清醒——在他权位极盛之时，家乡常有人来看他，段祺瑞总是热情接待，临走时还要赠送路费和礼品，然而从不委派或推荐乡人当官。
听哈汉章口出“安徽同乡”四字，段祺瑞勃然大怒，当场拍案骂道：“什么东西！我不认得这个同乡，难道说安徽同乡就该做省长吗？”
见段祺瑞发了火，哈汉章情知不妙，赶紧起身溜走了。
段祺瑞固然讲原则，但作为一个务实的政治家，他也并不缺少灵活权变的一面。哈汉章走后，有人向他透露，说黎元洪其实在山东省长这一席位上考虑了三个人选，孙发绪在三个人中尚属“势利官僚”，看风头行事的角色，对段派并不敌视。另外两个都是厉害角色，两害相权取其轻，还不如任命孙发绪。
段祺瑞听了觉得颇有道理，便勉强同意了这一任命。
尝到甜头的黎幕又开始在更为重要的阁员名单上做文章。按照“临时约法”及民国惯例，只有国务总理由大总统提名特任，其他阁员人员均应由总理提出，但黎元洪却在幕僚们的怂恿下，擅自拟定了另外一份阁员名单，然后一面通知段祺瑞，一面径行提交国会。
进入黎元洪所拟名单中的大部分人，或为结好黎幕的议员，或与黎私交素厚，或为黎的同乡，其中最为瞩目的是唐绍仪，他被提名为外交总长。作为民国改元第一任总理，唐绍仪资望较崇，黎幕推他出山的目的，是预备将来黎段交恶乃至决裂时，可以把段祺瑞换掉，以唐绍仪继任总理。
段祺瑞拿到名单后内心很不痛快，但因为担心引发府院之间新的大冲突，所以当场未做任何表示。见段祺瑞默然不语，徐树铮一时也不便多言。
被人按着头不吱声，从来不是徐树铮的性格。退出帐外后，他忽然心生一计，决定不直接向黎元洪提出任何抗议，而是以唐绍仪为突破口，通过各省北洋军人对黎元洪进行施压。
在徐树铮的策划下，由冯国璋、张勋领衔，二十多名北洋将领发出联名通电。通电不仅列举了唐绍仪的各项“罪状”，而且称如果政府执意让唐出掌外交，以后各省将对外交部与各国所订条约一概不予承认。
此时唐绍仪已由上海到达天津，正准备赴京入阁，通电一出，只得又返回上海。
黎元洪是个经受不住压力的人，通电自然令他心惊胆战，开始后悔自己在内阁名单上采取了过于轻率的态度。黎元洪的幕僚们原来嚷得很凶，如今也被一纸通电给压得没了一点声音——他们多为文人政客，胆子再大，也不敢真的与一群持枪在手的武人叫板。
黎元洪前倨后恭，亲自打电话邀请段祺瑞过府，以便重新商定阁员名单。
段祺瑞尽管又一次占据了主动，但为了使新内阁能够尽快通过，还是决定以混合制方式组阁，在阁员人选上做了最大程度的让步。除陆军总长由他自己兼任外，其他阁员都尽量依照黎元洪的推荐和提名，从不同集团和政党中选用。
在不断升级的府院争斗中，夹在中间的“千年和事佬”张国淦也渐渐招架不住，于是索性挂冠而去，辞掉了包括总统府秘书长在内的所有职务。
黎元洪选用的继任者为丁佛言。他是第一个出来做官的国会议员，此人性格浮躁，爱兴风作浪、卖弄聪明，虽说能力可能不及徐树铮，但在不安分和好斗方面倒绝对与徐树铮有一拼。
丁佛言不再像张国淦那样好说话，他利用总统府秘书长的职权，时常将国务院呈交的公文和命令留下或不盖印。徐树铮被惹得三天两头地跳脚，二人争吵甚至互相谩骂的事屡有发生。
跟徐树铮争尚不过瘾，丁佛言还要跟段祺瑞斗。他对一位议员说：“决与歪鼻子（指段祺瑞）较量一番。”那人劝他：“你的力量不足以推倒段，相反要坏事。”丁佛言哪里听得进去，他不服气地说：“那就试试看吧！”
为了限制段祺瑞的权力、提高黎元洪的地位，丁佛言提出“府院办事手续草案”，主张总统要参加国务会议，以及当院方呈请总统用印时，如黎元洪有不同意见，必须交国务院再议，等等。
黎元洪看到这个草案，没有不表示支持的道理；相反，段祺瑞则被气得火冒三丈，乃至于提出要辞职。
黎元洪已经见识过对方的厉害，在段祺瑞的一番示威下不得不让步，而段祺瑞认为时局还不够稳定，不能把与黎元洪的关系搞得太僵，因此也同意进行折中处理。
几经磋商，双方拟订了一个彼此都可以接受的方案。与此同时，段祺瑞也针对部下们以往对黎元洪的不恭敬行为进行了一定约束，段黎关系一度有所缓和。
府院之争的高潮刚刚落下，国务院内部又起争端——以孙洪伊为首的黎派阁员与段祺瑞、徐树铮闹起了别扭。