“民四条约”签订后，袁世凯发誓要带领国民奋发图强，以便有一天能够与日本“抬头相见”。在他授意下撰写的《中日交涉失败史》一书印了五万册，他当时咬牙切齿地说：“这一次我们吃了一个大亏，将来有一天我们翻了身，这部书就可以公开发行了。”
可是袁世凯刚刚说完狠话，转过头去做的，却不是如何抓紧时间富国强兵，而是如何更快更无阻碍地坐上龙椅。
复辟浪潮不落反涨，段祺瑞为此忧心如焚，他决定再次面谒袁世凯。徐树铮知道后，认为袁世凯对帝制已经走火入魔，九头牛也拉不回来了，段祺瑞再去劝说，不但不会有任何结果，而且还会进一步招致袁世凯的忌恨。
段祺瑞也清楚若进谒无效，自己的处境将更为不利，但他认为个人进退得失事小，国家安危事大，尤其他不能眼睁睁地看着袁世凯自取灭亡而不顾。
恰在此时，袁世凯派人来段公馆，劝段祺瑞不要跟他顶着干，以便消除双方的不愉快。段祺瑞说，我也不希望这样，但是搞帝制实在不得人心。
说客不以为然：“总统也好，皇帝也罢，不都是一回事吗？”
“怎么能是一回事！”段祺瑞顿时认真起来，声调也提高了。
说客见段祺瑞一脸严肃，赶紧说：“芝泉，老头子做了皇帝，对你我有什么不好？”
“我不是为个人计较，”段祺瑞忍不住直抒胸臆，“老头子对我个人怎样，都无关紧要，要紧的是恢复帝制，必将弄出大乱子来！如果真心为总统好，就应直言相劝，切不可推波助澜。”
说客被说得满脸通红，匆匆起身告辞而去。
第三次按约定时间见到袁世凯，段祺瑞不再像前两次那样有所保留，他不顾一切地向对方陈述利害，说明复辟帝制一事关乎国家安危及袁氏身家性命，万不可做，万不能做。
袁世凯的表情开始很紧张，继而又恼羞成怒，他厉声回答段祺瑞：“这是芸台（袁克定的字）和杨度等讨论的问题，你何必这样大惊小怪地重视呢？”
段祺瑞也变得更加激动，他站起来大声说：“祺瑞受总统数十年的知遇之恩，不敢不直言奉上。此时悬崖勒马尚可挽救，否则机会稍纵即逝，将悔之晚矣！”
忠言逆于耳，袁世凯对这位昔日的“干城肱股”早已不耐烦了，拿来跟陈宧一比，更是觉得段祺瑞面目可憎。他没有再正面回答段祺瑞的问题，只以关心的口吻说道：“你气色不好，想是有病，应当休息休息。”
见袁世凯下了逐客令，没法再谈，段祺瑞只得留下一句“总统好自为之吧”，然后离开了总统府。
袁世凯憎厌段祺瑞，也有他那帝制班子的一份“功劳”，这些人都巴不得段祺瑞早点消失——北洋老将之中，袁克定最忌的就是段祺瑞，因为段祺瑞对他向来都毫不敷衍，能给冷脸就决不给笑脸，特别是一闹帝制，二人更是势同水火，完全敌对。除了袁克定，在陈宧等人眼中，段祺瑞也从来都是一副盛气凌人的样子，他们自然也不会在袁世凯面前说段祺瑞多少好话。
看到段祺瑞屡次进谏，袁克定唯恐帝制活动受其影响，忙不迭地在外面放风，说中国之所以要向日本屈服，缘于陆军不能作战，而陆军不能作战，又缘于陆军部无人负责，总长在其位不谋其政。
从小站练兵起，段祺瑞就与袁克定熟识，对其也很照顾，他想不到袁克定会这样大泼自己的脏水，把“民四条约”的责任全部推到自己身上，不由气愤至极，大骂袁克定忘恩负义。
这时徐树铮以陆军部的名义给袁世凯上了一道呈文，想请示给陆军部部员加薪。本来是正常的请示，但袁世凯正对段祺瑞怀恨在心，不仅予以退回，还在呈文上亲批了八个字：“稍有人心，当不出此！”
以徐树铮极强的个性，哪里能忍受这个！他马上直奔段公馆，把批文交给段祺瑞：“说咱们没人心，这是骂我，还是骂总长呢？”
联想到近期来袁世凯曾托人稍话，告诉他要多加休息，注意身体，段祺瑞意识到袁世凯对自己成见已深，所谓休息云云，不过是要他自动辞职挪位子而已。悲愤之下，他长叹一声，对徐树铮说：“算啦，不干了！”
5月31日，段祺瑞向袁世凯称病辞职，而后不待批准，就到西山去了。
袁世凯巴不得段祺瑞早点在面前消失，但段祺瑞真的辞职了，他又不得不惺惺作态，假意挽留。对段祺瑞的辞职呈文，他没有立即予以批准，而是特批了两个月病假，同时还赠送了人参和医药费。
段祺瑞请辞的当天，袁世凯即命王士珍署理陆军总长。王士珍并不想干，但吃不消袁世凯一再坚持，只得勉为其难。
段祺瑞离开陆军部，徐树铮的饭碗自然也难保。很快，肃政厅就对他进行了弹劾。
徐树铮被抓到的“小辫子”是浮报军火。有一年由徐树铮经手，从美国购买了一套兵工制造设备，全部价值九十三万美元，美商付给徐树铮百分之三的经手佣金。当时美元一元合中国银元三元三毛，算下来，徐树铮可得佣金九万余元，但他一毛也没往自己兜里揣，而是直接请示了段祺瑞和袁世凯。
袁世凯批复说既是美商规定的佣金，可以收受，如果觉得数额过大，不便私有，不妨拿去办教育事业。徐树铮听从其言，果真用这笔资金在北京办了一所学校和一家报馆。
袁世凯厌恶徐树铮的是“跋扈揽权”，是他作为段祺瑞智囊和灵魂的身份，可是仅此无法为其定罪，于是就把这件往事搬出来，说徐树铮在订购军火时浮报了四十万元。
1915年6月，袁世凯下达命令，以涉及受贿、存在弊端等为由，把包括徐树铮在内的三位次长（交通部次长、财政部次长、陆军部次长）一起予以罢免，时称“三次长参案”。
此时袁世凯已将各省督军改为将军。各省将军奉召入京开会，时间上正好跟罢免案撞在一起。日本驻京公使馆的一家报纸就此登了首打油诗，讽之为“无端次长萧萧下，不尽将军滚滚来”。