蒋百里有一个少年侍卫，十六七岁即跟随其左右，对蒋百里的行为特点很了解。他从未见到过蒋百里如此悲愤，又看到对方伸手摸腰际，预感到情形不对，就做好了冲上讲台的准备。
及至蒋百里真的拔出手枪，这名侍卫不顾一切地奔上讲台，拼尽全力把蒋百里握枪的右手往外拉。经这么一拉扯，子弹偏离了方向，没有危及心脏。
蒋百里在住院养伤期间，痛斥魏宗瀚：“我从此认识了这一班狐群狗党的下流军人！”他所受的打击出于段祺瑞的陆军部，魏宗瀚又是段的亲信，因此后来不管段祺瑞及其皖系多么炙手可热，蒋百里始终未再与其有过任何关联。
蒋百里自杀事件在社会上引起了很大反响。虽然表面看来它仅仅是蒋百里和魏宗瀚的冲突，可明眼人都能看出，这是袁世凯和段祺瑞发生矛盾的结果，并显示出他们的矛盾已经日趋严重。
尽管如此，在自己立足未稳、尚须借重段祺瑞的情况下，袁世凯暂时仍无法采取过激措施。对这些磕磕绊绊的事，他只能睁一只眼闭一只眼，轻描淡写地敷衍过去。
袁世凯在等待着时机。当选正式总统后，他挟军事优势，一步步巩固着自己的政治地位。1913年年底，国民党议员与李烈钧的数十封往来密电被军警查获，袁世凯以此为由，借口国民党参与叛乱，下令解散国民党，同时收缴国民党议员的证书、证章。
国民党议员超过国会议员半数以上，因不足法定人数，国会只好关闭。袁世凯趁势宣布解散国会，将议员全部资遣回籍。
1914年5月1日，北洋政府正式公布了由袁世凯授意制定的“中华民国约法”，“临时约法”被取而代之。新“约法”由于制定于民国三年，故又称“民三约法”。按照“民三约法”的规定，总统府内的政事堂替代了内阁，政事堂的国务卿也成了总统的办事人员。
在一手包揽全部行政大权后，袁世凯感到收回军事大权的时机业已成熟。他决定在原总统府军事处的基础上，建立陆海军大元帅统率办事处。与军事处不同，统率办事处由袁世凯本人亲自掌握，陆军部、海军部、参谋部三部总长都成了袁世凯的高级办事员，实行轮流值班，大事唯袁世凯一人定夺。
统率办事处存在的目的，表面是统筹军事，其实就是要削夺陆军部之权，段祺瑞怎能看不出来。他对此非常恼火，明抗不行，就进行消极抵制。在袁世凯召集众人开会，商讨统率办事处成立事宜时，段祺瑞总是紧绷着脸，坐在那里一言不发。
蒋百里伤势痊愈后，被袁世凯任命为统率办事处参议，段祺瑞就指示陆军部不发委任状。这时王士珍在袁世凯的再三邀请下重新出山，袁世凯提议让王士珍担任统率办事处座办，也就是主持常务，为此他特地征询段祺瑞的意见：“芝泉，你看这事行不行？”
“行，总统要办的事哪还有不行的。”段祺瑞没好气地回答道。
统率办事处成立不久，袁世凯又授命成立军需处。陆军部、海军部本来都有自己的军需司，成立军需处显然也是针对段祺瑞的陆军部而来的。这一部门直接对袁世凯负责，大到购买军火、军队扩编费用，小到特别费用，处处插手，与陆军部不断产生摩擦。
段祺瑞素性刚愎，极有主见，发现自己的用人权和军需调配权都受到严格制约，马上就浑身不舒服起来。他向袁世凯提了个建议，说以后关于军官的任免，不如这样：旅长以上的，由总统主持，团长以下的，才交陆军部办理。
陆军部当然不可能只管团长以下的军官，段祺瑞只不过以此来大发牢骚罢了。袁世凯知道段祺瑞不满意，便又任命他为建威上将军，兼管将军府事务，以此表示对他功劳的肯定以及继续借重之意。
这种哄小孩儿的招数并没有真正起到效果，段祺瑞仍旧开心不起来。他除了常常借故不参加办事处的会议外，也基本不到陆军部上班。
“二次革命”后，国务院各部增设次长一人，徐树铮已升为陆军部次长。虽然有了两个次长，但徐树铮依旧事事不与另外一个次长蒋作宾商量，就自己决定了，蒋作宾只剩下被动署名的份儿。
很多时候，徐树铮还做着总长的主。他以陆军总长名义发给各省督军和各师师长的电报信件，不必经段祺瑞批阅即可发出，事后只需口头向段祺瑞报告一下。
都是替对方做主，不同的是，蒋作宾很不高兴，而段祺瑞非常乐意。
有徐树铮在部里主持，段祺瑞上不上班都无所谓，他对徐树铮说：“我这总长当得已无意义，今后部里的事务均由你代行吧！”