1913年12月8日，段祺瑞南下武汉拜访黎元洪，之后宣布北归，黎元洪过江送行。到火车站后，段祺瑞下车，黎元洪则留在车上并就此乘车北上。
整个计划天衣无缝，而且事先被高度保密，仅段、黎及一两个高级幕僚知道实情。
送走黎元洪，段祺瑞即奉命暂代黎元洪的湖北都督一职。早在辛亥革命时，他就署理过湖广总督，现在以中央大员身份兼任地方，自然没人敢说不行。
按照黎元洪临走前留下的计划，段祺瑞对湖北军事进行了整理。由于行动周密，准备充分，一切程序都进行得非常顺利，因黎元洪北上而在短时间内掀起的波澜也迅速归于平静。
不到两个月，已稳住湖北局面的段祺瑞又被袁世凯调回北京，用以对付另一个大患——白朗起义军。
白朗起义是北洋时代规模最大的农民起义，同时也是中国历史上最后一次农民起义。起义军自在河南揭竿而起后，以“打富济贫”为口号，应者云集，声势浩大。其影响之广，连南方的国民党都对此引起重视，“二次革命”期间，黄兴就曾写信给起义领导人白朗，要求配合讨袁。
中国古代的农民战争虽然也可以称之为革命，但起义领导人的政治诉求基本都局限于“风水轮流转，明年到我家”，而且起义本身对社会经济具有极强的破坏性。据记载，白朗军在占领洮州后，城中所有房屋大半被付之一炬，葬身火海者不计其数。老百姓在争相出逃的过程中互相践踏，各城门“积尸高至数尺”。白朗军也因此被称为“狼匪”，领导者白朗更被称为“白狼”，可见其在时人眼中，行为几与土匪无异。
北洋政府成立后，袁世凯调动军队对白朗军进行过多方“追剿”，但白朗军不但未被消灭，反而日益壮大，三年间经略中原，征战千里，破城四十余座，夺关隘无数，引得朝野上下一片惊恐。
负责“追剿”白朗军的主将是河南都督张镇芳。张镇芳在清末考中过解元（即举人第一名），读书应试是一把好手，唯不知兵，用袁世凯的话来评价，乃“一介书生”。在他的指挥下，许多参加“追剿”的北洋正规军都受到了很大损失，甚至还有全军覆灭的。
由于张镇芳“剿”办不力，袁世凯决定免去他的职务，由段祺瑞兼任河南都督，全权指挥对白朗军的“围剿”。
1914年2月，段祺瑞赶到河南信阳，召开鄂豫皖三省剿办会议，并在会上制定了“不在急击使散，要在合围聚歼”的作战方略。
白朗军和历来的农民起义军一样，都具有作战灵活机动的特点，一旦散开，官军根本就抓不住。冯玉祥也参加过对白朗军的“围剿”，他回忆那时经常从上司那里接到十万火急的电报，一会儿说白朗军到了这里，一会儿又说到了那里，弄得他疲于奔命，乃至于都不知道对方是“打哪里窜走的”。
段祺瑞取“合围聚歼”之策，是吸收了曾国藩“剿灭”太平天国的经验。同时，陆军总长的身份，也使得他在调兵遣将上运用裕如——陆军部前后共抽调了北洋正规军和三省地方军数万人，已足以形成合围之势。
由于袁世凯担心陆军总长一直在外，反而会让各国驻华公使对白朗军更加重视，从而影响他及北洋政府的声誉，所以在段祺瑞尚未完成“围剿”目标之时，就将他调回北京。虽然段祺瑞没能亲手消灭白朗军，但他所主导的各省“会剿”还是把白朗军逼入了不归路。几个月后，白朗中弹身亡，白朗起义也以失败告终。
就在段祺瑞不辞辛劳，替袁世凯鞍前马后东征西讨的时候，二人之间的裂痕却在不断扩大。
袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。“二次革命”前，按照制度设定，国家军事大权本应由陆军部和参谋部分掌。可参谋部只是个毫无实权的空壳，以至于袁世凯想让黄兴当参谋总长黄兴都不愿干，最后只得由当时尚在武汉的黎元洪遥领。参谋部的具体事务由参谋次长负责，实际发挥不了什么作用，更谈不上对陆军部进行牵制。
袁世凯为此在总统府设立了军事处，规定军机要务须由陆军部、参谋部提出处理方案，呈请总统批示执行，具体怎么执行，由军事处研议。
就像民初的国会和政党政治一样，制度听上去都不错，但实际运作往往又是另外一回事。军事处原处长李书城是同盟会会员，毫无权力，甚至于连文件都看不到，到任不久就气得挂冠而去。李书城一走，日常事务便由副处长傅良佐完全负责。
傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不会对陆军部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把军事处放在眼里，有时对袁世凯交代要办的事都爱理不理。
由于缺少制约，军事大权中的相当一部分尤其是军官的任免，一直被陆军部所掌握。对军官的进退，段祺瑞往往不请示袁世凯就直接下达命令，在他所提拔的军官中，又有很多是门生旧部。段祺瑞与这些军官函电往来，广泛联系，外人看来，从中央到地方已隐然形成一个派系，其势头犹如当年袁世凯与北洋系。
后来段祺瑞所谓的皖系当时实际并未形成，但袁世凯还是感到非常不安，他对段祺瑞的猜忌也开始一步步加深。