在段祺瑞到清江任职的第二年，他终于感受到了暗潮涌动下局势的显著变化。
首先是爆发于1911年4月的黄花岗起义，虽然这次起义最终并没有取得成功，但已经足够令清廷感到不安：“倘不严加防缉，诚恐酿成大变，不可收拾。”
当年9月，四川发生保路风潮。四川总督赵尔丰倒是“严加防缉”了，但严得又过了头，结果酿成流血事件。潜伏于四川的革命党人乘机发难，连陷数十郡县。
天下未乱蜀先乱，袁世凯所预言的“合久必分”终于露出了苗头。作为一波波大浪顶峰的，则是10月10日革命党人所策动的武昌起义。至12日，起义军已光复武汉三镇，天下为之震动。
清廷立即召集内阁紧急会议，商议对策，他们遇到的第一个问题是究竟派谁出征为好。
在满洲贵胄中，铁良、良弼均被称为清季干将，但良弼年轻，资历和地位也较低，只有铁良才具备“帅”的各方面条件，而在实际生活中，他也确实常被人称为“大帅”。
从慈禧太后决定编练新军起，铁良即奉旨与袁世凯共同主持练兵事宜。当时袁为主，铁为铺，练兵处办事人员都称袁世凯为“宫保”（袁世凯曾被封为“太子少保”），称铁良为“大帅”。
如果单评政绩，铁良给袁世凯做副手都很勉强。不过依照清廷一向的规矩，凡是满人中具备办事能力，头脑比较清楚，同时又官至二品的官吏，其得到信任和被迁擢重用的机会都要比汉官来得容易得多。在慈禧的信任赏识下，铁良在很短的时间内便历任军机大臣、陆军部尚书，名位几乎可与袁世凯平起平坐。
练兵的时候，大权归属袁世凯，铁良尚对之俯首帖耳、唯命是从。等到“宫保”、“大帅”能面对面坐下了，他就不这么好说话了。围绕着北洋新军的使用，铁良时时以陆军部的命令与袁对抗，令袁很难堪。二人矛盾逐渐明朗化，铁良也由此成为满人“中兴派”的主要代表人物。
北洋新军共有六镇。在慈禧的支持下，铁良收回了其中的四镇，从而揭开了他与袁世凯之间正面冲突的序幕。而后改组四镇军官的做法虽遭到慈禧的制止，但铁良在这场权力争斗中已经赢了大半。
袁世凯被逐，本是“中兴派”内部的一件大喜事，与袁世凯积怨已深的铁良更是犹如去了一块心病。可是让他没有想到的是，有袁这个大敌在，自己在朝中尚能相安，袁一走，他反而混不下去了。
摄政王载沣是个庸懦无能、眼光短浅之辈，他逐走袁世凯后，便把自己的弟弟载涛推出来，让载涛掌握军权。载涛时年才二十三岁，也没有什么文武才略，一切都要靠军事熟手铁良指导协助。
外行领导内行，是中国官僚场上的一个常见现象。面对载涛这个乳臭未干、对军事基本一窍不通的公子哥，有多年处理军政事务经验的铁良不可能不感到憋屈，有时也难免会流露出“军事你们不如我”之类的牢骚和倨傲。
载沣、载涛兄弟对此很忌讳，于是便将铁良身兼的禁卫军训练大臣一职免去，调他筹办海军，实际上是架空了他。
铁良知道自己不能为朝廷所容，就索性将陆军部尚书也一并辞去，像他的政敌袁世凯一样回家闲居去了。
铁良在家闲住了一年，载沣、载涛还是如同防袁世凯般防着他。由于害怕铁良暗中仍与各镇将领联系，便又特予起用，让他去做江宁将军。在大半个清代历史中，各地驻防将军的职权都非常重要，但到光绪以后，却逐渐沦为一个有名无实的闲职，基本无事可办。
代替铁良出任陆军部尚书的荫昌曾在德国留学，专习军事。回国后，他长期在天津武备学堂担任督办（相当于校长），段祺瑞、冯国璋等人都尊其为老师，段祺瑞到小站投效袁世凯，其实也是由荫昌推荐的。
荫昌的最大缺陷是没有练过兵，更无带兵打仗的经验，同时他在北洋新军中的威信也与“大帅”铁良相差很远。不过也唯因如此，载沣等人才觉得他好驾驭，遇事不致掣肘。
事实上，荫昌接到任命时尚在德国，其职务只能临时由左侍郎署理，那位左侍郎“奉命唯谨”，上面说该怎么办就怎么办，确实听话得很。后来即便荫昌本人回国，部务也仍然倚重副手，他自己连公文都懒得处理。
武昌起义爆发时，荫昌已出任内阁陆军大臣。内阁开会几经商讨，认为铁良已经下台，良弼资格太浅，只有荫昌才是唯一合适的人选，于是便决定派他督师赴鄂剿办。