段祺瑞一回保定就“病”了，而且“病”得很重。他的亲信幕僚、北洋新军的中高级军官纷纷赶来探视，就在探视过程中，段祺瑞用含蓄的方式向他们传递了信息：假装搞操练，并且要给外界确有其事的印象。
很快，陆军部就得到报告，说北洋军及其陆军学堂即将举行大规模冬操。
不经陆军部批准就擅自举行冬操，无疑是犯上作乱。朝廷闻讯很是吃惊，可是往下追查，各部队又都推说并无此事，是有人故意制造谣言。
就在摄政王载沣等人惶恐不安的时候，陆军部又得到了一份更为惊人的报告：保定发生了大规模兵变。
与前面那份查无实据的报告不同，这次是来真格的，而且提供报告的人就是坐镇保定的段祺瑞！
原来就在段祺瑞放风要搞冬操的时候，几个月前刚调到保定的北洋第十六镇第十一协发生了火并事件。事件本身并不大，不过是几个聚赌的士兵发生争执，然后互相打了起来。
这种事情在新旧军中都不是什么了不得的新闻。段祺瑞开始处理时也没怎么太放在心上，随后一想，却发现居然是个天赐的好机会。
他立即从“病床”上爬起来，命令手下接通第十一协协统李纯的电话。
“是秀山（李纯的字）吗？我是段祺瑞，你那边发生兵变了！”
“兵变？”李纯一时还没反应过来，“段大人，不是兵变，是几个士兵因赌博而……”
“是兵变！”段祺瑞打断对方的话，用斩钉截铁、不容置疑的语调说道，“你听着，你那里发生了兵变！你当怎么处置？”
“率兵弹压？”李纯终于有所领悟。
“对，立即弹压，声势越大越好！我随后带兵增援。”
就这样，兵营中一件芝麻绿豆般的事件被越炒越大。真实发生的“兵变”自然比捕风捉影的“冬操”更吓人，也让朝廷大为震动。
据说，载沣在摄政当国后就已经草拟了严惩袁世凯的谕旨，最终没有下达，原因固然很多，但段祺瑞策划的这一系列行动不能不说起到了一定作用。
1909年1月，朝廷以袁世凯“现患足疾，步履维艰，难任职任”为由，将其开缺回籍。
袁世凯虽被罢官，但项上人头总算还是保住了。当他乘火车路过保定，见到段祺瑞时所说的第一句话就是：“芝泉（段祺瑞的字），这次全亏你了！”
随着袁世凯下野，朝廷中以载沣为中心的皇室亲贵一方面抢夺军事大权，另一方面加紧剪除北洋系中的袁氏一党。段祺瑞自然也受到了牵连，更糟糕的是，他制造假冬操，把火并扩大成兵变的事情也被朝廷发现了。载沣本拟严加追究，只是顾忌事态闹得太大会导致不可收拾才作罢。
死罪虽免，活罪难逃。段祺瑞的职务被频频调动，直至1910年年底奉命署理江北提督。
段祺瑞原任镇统制，职务相当于现代军制中的师长，为二品官，提督则是从一品。表面上载沣提升了他的官职，但实际上不过是一种明升暗降的手法——江北提督统辖清江浦的旧军巡防营，仅仅负责地方治安、剿匪等，显见得是朝廷虚与委蛇，要将段“置诸闲散之列”。
在得知自己即将到清江上任时，段祺瑞就已经闷闷不乐了。途中他不顾朝廷的监视和猜忌，专程绕道去看望了在彰德隐居的袁世凯。
袁世凯在彰德也日日夜夜受到监视，所以白天只能领着段祺瑞观鱼、赏花，不敢深谈。只有到了晚上，众人散去，二人才能借下棋的机会聊两句知心话。
袁世凯虽然被贬，却比在位时更清醒沉着。他结合自身的经历和古书中的教训，悟出一个道理——天下大势，分久必合，合久必分。只要这种进退盈缩的变化一出现，他袁某和北洋系就一定会有再次出头的机会。
袁世凯郑重地告诉段祺瑞：“芝泉啊，要沉住气，耐心等待时机。”
这的确是一个很考验耐心的过程。江北提督没有实权不说，当得还不轻松。在段祺瑞履职到任后，有一个协哗变了，段祺瑞被迫带着老婆孩子过了一段逃难日子。好在段家有两个厨房头儿，逃难期间忙上忙下，很卖了份力气，生活才不至于受到太大影响。
哗变结束，段祺瑞论功行赏，将两个头儿都列为有功之臣。虽然不可能封他们官，但两个人自此在段府地位特殊，有些家事连段府总管都做不了主，得这两个厨房头儿说了算。
段府除了他们之外，另有后宅的几个老妈子，也是自清江浦提督时代开始进入段府的，而且同样归入功臣之列，可见这一时期曾给段祺瑞留下的心理阴影。