这样的劳作却获得了可悲的结果。一五○八年二月在桑佩特罗尼奥寺前建立的尤利乌斯二世像，只有四年的寿命。一五一一年十二月，它被尤利乌斯二世的敌人本蒂沃利党人毁灭了；残余的古铜被阿方斯·特·埃斯特收买去铸大炮。
米开朗琪罗回到罗马。尤利乌斯二世命他做另一件同样意想不到同样艰难的工程。对于这个全不懂得壁画技术的画家，教皇命他去作西斯廷教堂的天顶画。人们可以说他简直在发不可能的命令，而米开朗琪罗居然会执行。
似乎又是布拉曼特，看见米开朗琪罗回来重新得宠了，故把这件事情作难他，使他的荣名扫地。这至少是孔迪维的意见。但我们应得注意在米开朗琪罗没有逃到博洛尼亚之前，要他作西斯廷壁画的问题已经提起过了，那时节布拉曼特对于这计划并未见得欢欣，因为他正设法要他离开罗马。（一五○六年五月皮耶特罗·洛塞利致米开朗琪罗书）即在这一五○八年，米氏的敌手拉斐尔在梵蒂冈宫开始Ｓｔａｎｚａ那组壁画，获得极大的成功，故米开朗琪罗的使命尤其来得危险，因为他的敌人已经有了杰作摆在那里和他挑战。在一五○八年四月至九月中间，拉斐尔画成了所谓“诸侯厅”中的壁画。其中有《雅典学派》、《圣体争辩》等诸名作。他用尽方法辞谢这可怕的差使，他甚至提议请拉斐尔代替他：他说这不是他的艺术，他绝对不会成功的。但教皇尽是固执着，他不得不让步。
布拉曼特为米开朗琪罗在西斯廷教堂内造好了一个台架，并且从翡冷翠召来好几个有壁画经验的画家来帮他忙。但上面已经说过，米开朗琪罗不能有任何助手。他开始便说布拉曼特的台架不能用，另外造了一个。至于从翡冷翠招来的画家，他看见便头痛，什么理由也不说，把他们送出门外。“一个早上，他把他们所画的东西尽行毁掉；他自己关在教堂里，他不愿再开门让他们进来，即在他自己家里也躲着不令人见。当这场玩笑似乎持续到够久时，他们沮丧万分，决意回翡冷翠去了。”见瓦萨里记载。
米开朗琪罗只留着几个工人在身旁；在米开朗琪罗一五一○年致父亲书中，他曾提及他的助手什么也不能做的话，“只要人家去服侍他……当然我不能管这些！我自己已感到帮助的人不够！他使我受苦如一头畜牲”。但困难不独没有减煞他的胆量，反而使他把计划扩大了，他决意在原定的天顶之外，更要画四周的墙壁。
一五○八年五月十日，巨大的工程开始了。暗淡的岁月，——这整个生涯中最暗淡最崇高的岁月！这是传说上的米开朗琪罗，西斯廷的英雄，他的伟大的面目应当永远镂刻在人类的记忆之中。
他大感痛苦。那时代的信札证明他的狂乱的失望，决非他神明般的思想能够解救的了：“我的精神处在极度的苦恼中。一年以来，我从教皇那里没有拿到一文钱；我什么也不向他要求，因为我的工作进行的程度似乎还不配要求酬报。工作迟缓之故，因为技术上发生困难，因为这不是我的内行。因此我的时间是枉费了的。神佑我！”一五○九年正月二十七日致他的父亲书。
他才画完《洪水》一部，作品已开始发霉：人物的面貌辨认不清。他拒绝继续下去。但教皇一些也不原谅。他不得不重新工作。
在他一切疲劳与烦恼之外，更加上他的家族的纠缠。全家都靠了他生活，滥用他的钱，拼命地压榨他。他的父亲不停地为了钱的事情烦闷、呻吟。他不得不费了许多时间去鼓励他，当他自己已是病苦不堪的时候。
“你不要烦躁吧，这并非是人生遭受侮弄的事情……只要我自己还有些东西，我决不令你短少什么……即使你在世界上所有的东西全都丧失了，只要我存在，你必不致有何缺乏……我宁愿自己贫穷而你活着，决不愿具有全世界的金银财富而你不在人世。……如你不能和其余的人一样在世界上争得荣誉，你当以有你的面包自足，不论贫与富，当和基督一起生活，如我在此地所做的那样，因为我是不幸的，我可既不为生活发愁亦不为荣誉——即为了世界——苦恼；然而我确在极大的痛苦，与无穷的猜忌中度日。十五年以来，我不曾有过一天好日子，我竭力支撑你；而你从未识得，也从未相信。神宽恕你们众人！我准备在未来，在我存在的时候，永远同样地做人，只要我能够！”致他的父亲书。（一五○九——一五一二年间）他的三个弟弟都依赖他。他们等他的钱，等他为他们觅一个地位；他们毫无顾忌地浪费他在翡冷翠所积聚的小资产；他们更到罗马来依附他；博纳罗托与乔凡·西莫内要他替他们购买一份商业的资产，西吉斯蒙多要他买翡冷翠附近的田产。而他们绝不感激他：似乎这是他欠他们的债。米开朗琪罗知道他们在剥削他；但他太骄傲了，不愿拒绝他们而显出自己的无能。那些坏蛋还不安分守己呢。他们行动乖张，在米开朗琪罗不在家的时候虐待他们的父亲。于是米开朗琪罗暴跳起来。他把他的兄弟们当作顽童一般看待，鞭笞他们。必要时他也许会把他们杀死。
“乔凡·西莫内：乔凡·西莫内对他的父亲横施暴行。米开朗琪罗写信给他的父亲说：“在你的信中我知道一切和西莫内的行为。十年以来，我不曾有过比这更坏的消息……如果我能够，即在收到信的那天，我将跨上马，把一切都整顿好了。但我既然不能如此做，我便写信给他。但如果他不改性，如果他拿掉家里的一支牙签，如果他做任何你所厌恶的事情，请你告诉我：我将向教皇请假，我将回来。”（一五○九年春）常言道，与善人行善会使其更善，与恶人行善会使其更恶。几年以来，我努力以好言好语和温柔的行动使你改过自新，和父亲与我们好好地过活，而你却愈来愈坏了……我或能细细地和你说，但这不过是空言而已。现在不必多费口舌，只要你确切知道你在世界上什么也没有；因为是我为了上帝的缘故维持你的生活，因为我相信你是我的兄弟和其余的一样。但我此刻断定你不是我的兄弟；因为如果是的，那么你不会威胁我的父亲。你真可说是一头畜生，我将如对待畜生一般对待你。须知一个人眼见他的父亲被威胁或被虐待的时候，应当为了他而牺牲生命……这些事情做得够了！
米开朗琪罗于罗马还有两行。十二年以来，我为了全意大利过着悲惨的生活，我受着种种痛苦，我忍受种种耻辱，我的疲劳毁坏我的身体，我把生命经历着无数的危险，只为要帮扶我的家庭；——现在我才把我们的家业稍振，而你却把我多少年来受着多少痛苦建立起来的事业在一小时中毁掉！
以后是轮到西吉斯蒙多了：
“我在这里，过的是极度苦闷、极度疲劳的生活。任何朋友也没有，而且我也不愿有……极少时间我能舒舒服服地用餐。不要再和我说烦恼的事情了；因为我再不能忍受分毫烦恼了。”一五○九年十月十七日致西吉斯蒙多书。
末了是第三个兄弟，博纳罗托，在斯特罗齐的商店中服务的，问米开朗琪罗要了大宗款项之后，尽情挥霍，而且以“用得比收到的更多”来自豪：“我极欲知道你的忘恩负义，”米开朗琪罗写信给他道：“我要知道你的钱是从何而来的；我要知道：你在新圣玛利亚银行里支用我的二百二十八金币与我寄回家里的另外好几百金币时，你是否明白在用我的钱，是否知道我历尽千辛万苦来支撑你们？我极欲知道你曾否想过这一切！
这便是薄情与妒羡的环境，使米开朗琪罗在剥削他的家庭和不息地中伤他的敌人中间挣扎苦斗。而他，在这个时期内，完成了西斯廷的英雄的作品。可是他花了何等可悲的代价！差一些他要放弃一切而重新逃跑。他自信快死了。一五一二年八月信。他也许愿意这样。
教皇因为他工作迟缓和固执着不给他看到作品而发怒起来。他们傲慢的性格如两朵阵雨时的乌云一般时时冲撞。“一天，”孔迪维述说，“尤利乌斯二世问他何时可以画完，米开朗琪罗依着他的习惯，答道：‘当我能够的时候。’教皇怒极了，把他的杖打他，口里反复地说：‘当我能够的时候！当我能够的时候！’“米开朗琪罗跑回家里准备行装要离开罗马了。尤利乌斯二世马上派了一个人去，送给他五百金币，竭力抚慰他，为教皇道歉。米开朗琪罗接受了道歉。”
但翌日，他们又重演一番，一天，教皇终于愤怒地和他说：“你难道要我把你从台架上倒下地来么？”米开朗琪罗只得退步；他把台架撤去了，揭出作品，那是一五一二年的诸圣节日。
那盛大而暗淡的礼节，这祭亡魂的仪式，与这件骇人的作品的开幕礼，正是十分适合，因为作品充满着生杀一切的神的精灵，——这挟着疾风雷雨般的气势横扫天空的神，带来了一切生命的力。关于米开朗琪罗作品在另书解释了，此处不赘。