影片在送到上级严格审查时，中央领导邓子恢、军队领导罗瑞卿、刘亚楼观看后，都表示了肯定，对审查时一些领导提出的不同意见，当时任中南局第一书记的陶铸，则表示问题并没有那么严重，并且三次提出若干条具体的修改意见。
1963年12月影片完成之后，文化部副部长夏衍审看了此片，认为“导演的镜头语言还算流畅。”随后，陶铸同志陪同邓子恢、刘亚楼亲自到珠影厂审看影片，在肯定影片的前提条件下，特提出三点具体的修改意见:“一、去掉假枪毙;二、我军战斗中一个也没有牺牲的不真实;三、加写战士纪鹏飞炸桥的壮烈牺牲。”1964年１月，文化部副部长司徒慧敏、陈荒煤在审看影片后，表示基本同意陶铸同志的修改意见。同年６月，陶铸和广州军区政委刘兴元再次来珠影厂审看修改后的对白双片，表示很满意，只提出战士纪鹏飞在炸桥牺牲时，不要让指导员上桥抢救。此时，文化部副部长齐燕铭在珠影厂审看影片后，认为没有政策性问题，可以送北京审查。珠影厂迅速将影片送文化部电影局审查，文化部领导特请军委总参谋长罗瑞卿审看此片，罗瑞卿看后，表示同意影片通过审查，并可以在全国发行。
然而，康生却大发淫威，借机刁难，他硬说这部影片是“直接为国民党服务，鼓动阶级敌人复辟的反革命影片，对特务分子起指导作用。”陶铸识破康生别有用心的诬蔑，当即在北京的一次正式会议上义正词严地反驳康生:“这部片子我看过，它虽然不是一部优秀的影片，却不存在你讲的这些严重的政治问题。”可是，康生却仍不肯善罢甘休，他继续声嘶力竭地无端指责审查这部影片的文化部电影局的领导们:“你们的阶级感情哪里去了？”并武断地强迫命令这部影片在全国停止发行。于是，这部影片先后被康生、江青点名列为“毒草”影片进行公开批判，中宣部在1964年4月11号正式下文，被迫点名下发批判《逆风千里》的通知。两年后“文革”全面爆发，康生、江青之流更是在全国范围内公开对该片的大批判和大讨伐，定调是“陶铸一手扶植出来的大毒草。”
文艺路线的斗争始终是一个运动接着一个运动，“文革”前的1964年，又开始了无休止的文艺界第二次整风运动。《逆风千里》在全国上映之后，好景不长。时任中央领导要职的康生就这部影片说了一句话:“这是动国民党之心，泄共产党之愤”，由此彻底宣判了这部影片的死刑。1964年的7月29日，康生在全国京剧现代戏观摩演出大会总结会上，公开点名批判影片《逆风千里》、《北国江南》、《早春二月》、《舞台姐妹》及京剧《谢瑶环》、昆曲《李慧娘》是“坏电影”、“坏戏”。随后，全国各大新闻媒体相继发表批判这些作品的文章。8月29日，中宣部发出《关于公开放映和批判和的通知》。毛泽东主席在该通知的报告上提示:“应在几十个至一百多个中等城市放映，使这些修正主义材料公之于众，可能还不止这两部影片，还有些别的，都需要批判。”领袖一怒，万众皆惧，《逆风千里》、《兵临城下》、《红河激浪》等顿时连带而出，《人民日报》等全国各大报纸用了整整一版文字，彻底地、全面地对《逆风千里》逐条逐段地展开批驳，使这部影片被批得体无完肤，一无是处，而成为“文革”前最早被列为“大毒草”、“反革命”影片的首批影片，上映时还在其片头上特意加上了上千字的前言，其大标题即是:“反革命影片《逆风千里》”。
一部影片被定调为“反革命”，那这部影片本身连同他的主要创作人员、剧组演职员，一下子全部受到了逃也逃不掉的无形牵连。编剧周万诚被遣送回山东老家，“文革”中多次挨批挨斗，牙齿全部被打掉。导演方徨是1938年参加新四军的老干部，1941年“皖南事变”曾坐过国民党反动派“上饶集中营”的监狱，后来在赤石暴动越狱。这样一位九死一生的老革命，却被扣上“反革命”、“叛徒”的大帽子，经常被串联到珠影厂的红卫兵、厂内工宣队、军宣队造反派们拉出去公众批斗，但是，方徨始终倔强地没有低下高昂的头，他一生经历过地狱般的煎熬和战场上的横飞弹雨，对一部《逆风千里》所带来的灭顶之灾，以其坚忍的毅力去据理力争。作为一个在硝烟中锤炼出来的电影工作者，他是受苏联名家邦达尔丘克《一个人的遭遇》的艺术表现手法的影响，加之自身在战场上的亲历，从而成功地执导了《逆风千里》，他认为自己没有反党反人民，更没有去歌颂、美化国民党。反复的批斗，肉体的打击，“文革”期间又被强行送到干校劳改，还曾患过脑脓肿、直肠癌，两次大手术的人间重返，方徨以80岁的高龄至今健在，然而，在“文革”期间他的老伴患有先天性心脏病，厂里的大喇叭对准他的窗户，彻夜地高声喧哗，使她终日提心吊胆、担惊受怕、惶惶不安，终于在一天晚上高音喇叭突然响起，使她受到猛然惊吓而猝死，这是方徨最感难受，心中永远也抹不掉的痛。