在得悉赫斯出走的次日，希特勒便发布了两道镇压的法令。第一道法令宣布，在即将到来的入侵中，凡持武器反抗德军的俄国人，均系不法分子，可以格杀勿论。另一道法令则授权希姆莱执行“两个相反的政治制度之间的斗争所产生的特殊任务。”希姆莱可以不受陆军制约而独立行动，“自行负责”。任何单位均不得干预，“政府和党的最高人士”不得进入业已占领的俄国领土，因为在这些地区里，被称之为“特别行动队”的党卫队的特别暗杀队，将对犹太人和其他捣乱分子进行“清洗”。
这两道法令使艾尔弗雷德·罗森堡发愁——不久前，他已被任命为“东欧问题中央控制委员会”专员。罗森堡本人是波罗的海地区人，认为应把苏联人当作反斯大林分子，而不该当作帝国的敌人对待。他对希特勒说，他们会欢迎德国人的，会把德军当作把他们从布尔什维克——斯大林暴政下解放出来的解放者看待的。我们应该信任他们，给他们一定的自治权。每个加盟共和国都应区别对待。例如，乌克兰“应是与德国联盟的独立国家”，但高加索却要由一名德国“全权大使”统治。
罗森堡坚信，在东方采取高压政策，势必毁灭生存空间的精神。于是，他便草拟了一项备忘录，上书希特勒，反对这两道法令。如果不使用现在在治理苏联人的文官和行政官员，德国怎么能在占领区建立起一个文明政权？他建议，只“清洗”“年老的或暮年的官员”。希特勒未作肯定回答。希特勒的特点是，他不愿积极参与希姆莱和罗森堡的权力之争——这种斗争，只要德军一跨进苏联，势必发生。在这场权力角逐中，正在国社党内飞黄腾达的新星鲍曼将是一个决定性的因素。他已加盟希姆莱。
与此同时，“巴巴罗沙”的最后准备工作在继续进行。５月１０日海军上将雷德尔告知希特勒，他将停止向苏联交付重要的原料。事实上，在此之前，从东方来的到货很多，而运往苏联的货物已相对减少。除１５０万吨粮食外，苏联交付了１０万吨棉花，２００万吨石油产品，１５０万吨木材，１４万吨锰，和２．５万吨铬。斯大林虽然怀疑赫斯出走一事，但仍急于抚慰希特勒，批准用快车从远东向德国运送重要原料（例如铜）。
同一天，舒伦堡会见了莫洛托夫。早些时候，舒伦堡曾猜测，斯大林新近巩固政权之举，只意味着苏联的外交大权完全掌握在斯大林手中。此次会见加强了他的这个看法。在汇报中，舒伦堡对“巴巴罗沙”避而不谈，只是说，在过去几星期中，苏联对德国的态度大有改善。但是，无论是海军上将还是外交官员，都无法再说服希特勒。５月３０日，即德国军队从英国人手中夺得克里特岛后３天，雷德尔敦促希特勒向埃及和苏伊士运河展开大规模攻势，试图将他的注意力从东方引开。他敦促说，打击，此其时也。若有援军，隆美尔将军定能取得决定性的胜利。他说，“这一招，对大英帝国来说，比夺取伦敦更为致命！”
这种劝告希特勒是不会听了。“巴巴罗沙”已在行动，除了大祸临头，否则什么也无法将它推迟。他最关心的莫过于保密。一年前在比利时的不幸至今仍令他心有余悸，所以，时至今日，他们未将入侵俄国一事通知墨索里尼。６月２日，当他与他的年长的盟友在勃仑纳山口会晤时，他还大谈迫使英国投降（此次将使用潜艇）的决心，赫斯的出走以及巴尔干半岛的形势。对“巴巴罗沙”，他只字不提。这不但是为了保密，而且是因为墨索里尼曾明确告诫希特勒不要进攻苏联。这已成了德国的“痛脚”。
“巴巴罗沙”最后阶段的准备工作开始时，通往东部的公路和铁路线非常繁忙。６月６日，希特勒将日本大使大岛召至贝希特斯加登，并向他透露，由于苏联侵犯边境，大量德军已开往东部。“在这种情况下”，他说话时的信心给大岛留下了深刻的印象，“我们之间的战争或许是不可避免的。”在大岛看来，这等于是宣战，于是便立刻警告东京，（德国）入侵俄国已迫在眉睫。
这是对元首很有意义的一天。他令冯·勃劳希契元帅起草一份指示，宣布消灭所有被俘的苏联政委，因为这些人代表了完全与国家社会主义相反的意识形态。以便把发动一场残酷的意识形态之战的威胁合法化。他的总司令激烈地反对。
希特勒简短地说：“我并不要求诸位将军理解我的命令，但我要他们执行。”这项指示的措词是不可能被误解的。“这些政委是野蛮的亚洲战法的发明者，因此，必须从严从速予以处置……不管是否在战争中或抵抗中被俘，均应立即枪决。”这道源于意识形态的命令，将由陆军和希姆莱的特别行动队共同执行。而这道命令由最高统帅部发布这一事实，对希特勒而言，是对军方的另一次胜利。它把军方与他的政治纲领捆在一起，将他们变成不心甘情愿的同谋，同党卫队一起，去完成未来的宏伟计划。
为达到这一目标，他必须首先消灭红军。为此，他又必须得到与苏联交界的可以信任的各国的帮助——这些国家，由于对布尔什维主义抱有恐惧的仇恨，也有自己的帐要与斯大林清算。被迫接受苛刻的条款以结束与俄国的短暂的流血战争的芬兰人，用不着多少言语，便愿意参加这次远征。６月８日，德军步兵师的先头部队便在芬兰登陆。两天后，曼纳兴元帅下令部分动员。希特勒也信任罗马尼亚；６月１１日，他私下对伊昂·安东奈斯库将军说，他决定进攻俄国。他说，他决不是要求安东奈斯库援助他打这样一场战争，“仅仅希望罗马尼亚能为自己的利益，尽力为成功地结束这场冲突提供方便”。由于对未来的战利品和军事荣耀动了心，罗马尼亚的独裁者便匆忙宣布，从第一天开始，他便参加战斗。