虽然电影创作一帆风顺，但2003年前后，皮克斯和迪士尼之间的合作还是出现了麻烦。在分成和版权方面，乔布斯想获得一份对皮克斯更有利的合作协议，但埃斯纳一直不同意。两家公司之间的谈判断断续续。2004年1月，乔布斯单方面终止了谈判。
乔布斯公开贬低迪士尼在影片拍摄方面的贡献，他说：“事实上，迪士尼公司多年来很少与我们在电影拍摄的技术层面开展合作。大多数合作仅限于电影的市场发行，而非电影拍摄。”
乔布斯甚至宣称，皮克斯的品牌影响力已经超过了迪士尼：“现在的动画电影界，皮克斯才是最有影响力，也最值得信任的品牌。皮克斯的电影比迪士尼的电影更能让影迷信服，对影迷更有意义。”
迪士尼公司的公关发言人则予以公开回击：“乔布斯的这些言论很不合时宜。他的说法令人遗憾。他不但攻击侮辱迪士尼公司，还在谈判破裂后损害迪士尼的名声。我们希望乔布斯好自为之。”
事实上，因为皮克斯开创的三维电脑动画技术的兴起，动画电影正全面向三维动画倾斜。当时，皮克斯的电影为迪士尼带来的利润已经占到了总利润的45%以上。乔布斯和埃斯纳之间的纷争从某种意义上说，直接影响到了动画电影产业的未来。甚至连当时身为美国副总统的戈尔也试图出面调停皮克斯和迪士尼之间的分歧。
迪士尼和皮克斯两个动画巨头之间的决裂只有一个结果，就是两败俱伤。如果分道扬镳，迪士尼将失去巨额收入，而皮克斯也将失去最好的发行平台。
迪士尼的股民和董事会不干了，他们不能坐视埃斯纳因为所谓的分成和版权问题而置两家公司的战略合作于不顾。在迪士尼家族的罗伊·迪士尼（Roy Disney）的带领下，股民和董事会发起了“拯救迪士尼”活动，逼迫埃斯纳下台。2005年9月，埃斯纳辞去了迪士尼董事会主席和CEO的职务。
赶走了埃斯纳，迪士尼和皮克斯的合作重又被提上了议事日程。更加理性的迪士尼管理团队向乔布斯发出了更加善意的邀请，而这一次的邀请不是普通的合作关系，而是公司合并！
2006年1月24日，迪士尼公司正式对外宣布，用大约74亿美元的价格收购皮克斯公司。因为这桩交易，乔布斯一跃成为了迪士尼最大的个人股东，并进入了迪士尼的董事会，真正成了电影圈里举足轻重的人物。
从1985年被苹果驱逐算起，到1996年年底重返苹果，乔布斯在这12年间做了两件事，一是创立了NeXT公司然后被苹果收购，一是收购了皮克斯公司并最终被迪士尼收购。头一件是彻头彻尾的失败，后一件却是在屡败屡战后的终成正果。
如果说，NeXT为乔布斯留下的最大遗产是失败的体验和走向成熟的过程，那么，皮克斯为乔布斯留下的最有价值的东西，也许就是对技术与艺术关系的思考了。
拍动画电影给乔布斯带来了和研发电脑完全不同的体验。乔布斯在一次采访中总结说：“电脑产业里，每件产品都注定会在几年、十几年后成为历史的积淀，被新产品所替换。而动画产业则完全不同。皮克斯正把它所创造的东西注入到一种可持续更新的文化中，每一代孩子都会用新的眼光来观看皮克斯的动画片。《白雪公主》最近刚通过录像带发售，卖了差不多2000万份拷贝。要知道，《白雪公主》已经快60岁了。我想，60年后，人们会像今天看《白雪公主》一样看《玩具总动员》的。一部好电影会被人们看上60到100年，这真是一件神奇的事情。”
就像皮克斯善于用创新的电脑技术拍摄观赏性强的动画片一样，技术可以释放艺术的潜力，艺术反过来也可以让技术更加可爱，更加与众不同。虽然乔布斯本人被皮克斯的艺术家们批评为没有艺术鉴赏力，但他的确是这个地球上把工程视角、艺术品位以及大众需求结合得最好的一个人。
乔布斯很早就懂得技术与艺术相结合的道理。1982年，他带领整个Macintosh团队去参观路易·蒂芙尼（Louis Comfort Tiffany）的艺术作品。路易·蒂芙尼是珠宝大亨查尔斯·蒂芙尼（Charles Lewis Tiffany）的儿子，一生致力于用高超的艺术技巧设计彩色玻璃或马赛克镶嵌拼接而成的唯美工艺品。路易·蒂芙尼的艺术追求与乔布斯对艺术的理解殊途同归：好的技术产品应该有最好的艺术设计，而好的艺术品也应该为普罗大众所拥有和使用。
看一看苹果公司在乔布斯回归后的那些有如神助的绝美工业设计吧：从iMac透明的彩色机壳，到MacBook Air轻薄的金属机身，从iPod的动感音乐造型，到iPhone和iPad简约主义的流畅线条……谁又能真正说清楚，这些产品究竟是卓尔不群的高新科技，还是美轮美奂的艺术设计，抑或是时尚流行的消费元素？
甲骨文公司的拉里·埃里森是这样评价乔布斯的：“他有一个工程师的头脑和一颗艺术家的心灵。”