2001年5月19日，第一家苹果零售店在弗吉尼亚州的高端购物中心泰森角（Tyson\'s Corner）开业了。亮白色的柜台、浅色的木地板，店内还悬挂着一张印有“非同凡想”的巨幅海报，上面是约翰·列侬和小野洋子躺在床上。那些怀疑论者估计错了。当初，捷威计算机商店每周的客流量只有250人左右。截至2004年，苹果零售店每周的客流量已经达到了5400人。在这一年，苹果零售店的收入达到12亿美元，并因为突破10亿美元量级而创下了零售业的新纪录。每家零售店的销量每隔4分钟就会由埃利森的软件汇总成电子表格，快速地生成关干如何整合制造、供应和销售渠道的信息。
随着零售店越来越受欢迎，乔布斯便开始涉入方方面面。李·克劳回忆道：“零售店刚开业时，在一次营销会议上，乔布斯让我们花半个小时的时间决定店内厕所的标志该使用哪一种灰色。”波林-赛温斯基-杰克逊建筑事务所（Bohlin Cywinski Jackson）为店面提供设计方案，但是主要方面还是由乔布斯作决定。
乔布斯尤其关注楼梯的设计，苹果零售店的楼梯和他以前为NeXT办公楼设计的楼梯如出一辙。他每去一个正在兴建的店铺时，都会对楼梯的设计提出改进建议。为他设计的楼梯递交的两项专利申请书上都把他作为主要发明者：一个专利是采用了透明玻璃踏板和玻璃混合金属钛的支架；一个专利是采用含有多层玻璃压制而成的整块承重玻璃系统。
1985年，在被苹果驱逐之后，乔布斯去了意大利，佛罗伦萨人行道上的灰蓝色石头给他留下了深刻印象。2002年乔布斯得出一个结论：浅色的木地板有些平庸——你很难想象这种担忧会困扰史蒂夫·鲍尔默这样的人——就决定改用那种石头做地面。一些同事建议他用混凝土，成本是石头的1/10，而且也可以模仿出石头的颜色和纹路。但是乔布斯坚持必须用真正的石头。灰蓝色的锡耶纳沙石有着清晰的纹理感，来自佛罗伦萨外围费伦佐拉的一个家庭自营采石场——Il Casone。约翰逊说：“我们只从山上采集的石头中挑选了3%，因为它们必须要有合适的颜色、纹路和纯度。史蒂夫对石头的颜色和完整性非常挑剔。”所以佛罗伦萨的设计师千挑万选，再叫人把它们切成尺寸适当的石块，并在每一个石块上面做好标记，以确定哪一块石头和哪一块相邻。约翰逊说：“铺在佛罗伦萨人行道上的石头，一定能经受住时间的考验。”
苹果零售店的另一个特色就是“天才吧”（Genius Bar）。这是约翰逊和他的团队用两天外出静思的时间想出来的。他让每个人描述他们享受过的最好的服务。几乎每个人都提到了在四季酒店和丽兹卡尔顿酒店的一些经历。所以约翰逊派出了第一批共5名零售店经理去参加丽兹卡尔顿酒店的培训项目，然后他们学到了一点，就是建立一个融礼宾服务台与吧台特色于一体的服务设施。“如果我们在吧台都配上些最聪明的Mac专家，你看怎么样？”约翰逊对乔布斯说，“我们可以叫它‘天才吧’。”
乔布斯觉得这个点子太离谱了，而且还反对这个名字。他说：“你不能叫他们‘天才’，他们是极客。他们没有那种交际能力来贯彻天才吧的宗旨。”约翰逊也不知所措了。但是第二天，他碰巧遇到苹果公司的法律总顾问，对方告诉他：“对了，史蒂夫刚才让我去给‘天才吧’这个名字注册商标。”
苹果位于曼哈顿第五大道上的零售店在2006年开业，这家新开张的店面把乔布斯的很多创意激情集结到了一起：立方体、标志性的楼梯、玻璃，并且把简约主义发挥到了极致。约翰逊说：“这是真正的‘乔布斯店’。”每天营业24小时，全年无休，开业第一年的客流量就达到每周5万人（还记得捷威的客流量吗？——每周250人），这也证明了乔布斯选址在繁华地段的策略是正确的。乔布斯在2010年自豪地说：“这家店每平方英尺带来的平均收入比世界上任何一家店都多，而且总收入也比纽约的任何一家店（包括萨克斯百货和布鲁明戴尔百货）要多——这是实实在在的美元，还不仅仅是每平方英尺的平均收入。”
乔布斯还把产品发布会上的那种戏剧性的手法用到了零售店的开业典礼上。人们开始奔走于各个开业典礼，并且整夜在门外排队，就是为了能成为首批进店的人。盖瑞·艾伦（Gary Allen）为苹果零售店的粉丝们开设了一个网站，他说：“在我14岁儿子的建议下，我在帕洛奥图第一次熬夜排队，这成了当时一项有趣的社会活动。我们熬过好几次夜，还有5次在其他国家，我们还遇到了很多很棒的人。”
2011年，第一批苹果零售店开业10年之后，全世界已经有317家苹果零售店。最大的店在伦敦的科芬园，最高的店在东京的银座。每家店每周的平均客流量是17600人，每家店的平均收入是3400万美元，2010财年的净销售总额是98亿美元。但是零售店的贡献还不仅仅是这一点。零售店为苹果公司贡献的收入仅占15%，但它们在制造话题和提高品牌认知度这些方面作出了间接的贡献，提升了整个公司的业务。
2010年，即使在与癌症作斗争时，乔布斯也仍然在花时间设想未来的店铺规划。一天下午，他向我展示了一张第五大道店的照片。他指着两边各18块玻璃的外墙对我说：“这是当时流行的玻璃技术，但我们必须自己制造高压玻璃脱泡机。”然后，他拿出一张图纸，上面的18块玻璃已经变成了4大块巨大的玻璃。他说这是他下一步要做的。这是对美学与技术结合的又一次挑战。他说：“用现在的技术，我们不得不让这个立方体外形矮一英尺。但是我不想这样做，所以我们必须在中国造一些新的玻璃脱泡机。”
罗恩·约翰逊对这个提议并不感兴趣。他认为18块玻璃比4块玻璃要好看些。他说：“这家店铺的外观比例刚好和通用汽车大楼的柱廊协调一致。它像一个珠宝盒那样熠熠闪光。我认为如果玻璃的透明度太高，也会成为一个错误。”他为此和乔布斯争辩，但没有用。约翰逊还说：“一旦技术有了新突破，他就要利用起来。而且，对史蒂夫来说，‘少’永远意味着‘多’，越简单越好。所以,最好就是能用更少的元素搭建起一个玻璃屋，不但更加简约，而且是站在技术的前沿。这就是史蒂夫最喜欢做的，无论是对于他的产品还是对于他的零售店。”