乔布斯在皮克斯的人际关系并非都这么好。最严重的一次冲突是同阿尔维·雷·史密斯——卡特穆尔的联合创始人。史密斯来自得克萨斯州北部农村，在浸信会的熏陶下长大，是一个拥有自由精神的嬉皮士，担任电脑图像工程师。他身材高大，笑声爽朗，很有个性，有时也很自负。“阿尔维光芒四射，笑容友善，在会议中有一大堆拥护者。”帕姆·克尔温说道，“阿尔维这样的个性可能会触怒史蒂夫。他们都是有远见的人，精力旺盛，非常自负。阿尔维不愿意像埃德一样息事宁人，无视一些不高兴的事。”
史密斯认为，乔布斯的领袖魅力和自负致使他滥用权力。“他就像一个电视节目中的布道者，”史密斯表示，“他要控制别人，但是我不愿意做他的奴隶，因此我们发生了冲突。而埃德更愿意顺其自然。”开会时，乔布斯有时会说一些离谱或不真实的东西来确立自己的主导地位。史密斯喜欢在这种情况下和乔布斯叫板，他会边笑边说，最后露出得意的笑容。这让乔布斯感到很不爽。
有一次董事会会议上，因为新版皮克斯图像电脑的电路板遭遇延期，乔布斯开始训斥史密斯和皮克斯的其他高管。当时，NeXT电脑的电路板也推迟了很久。史密斯指出了这一点：“嘿，你们的NeXT电路板更迟呢，所以别对我们大呼小叫了。”乔布斯顿时大发雷霆，或者用史密斯的话来说“完全不可理喻”。当史密斯觉得被攻击或遭遇对抗时，会不由自主地冒出西南部口音。乔布斯于是挖苦着模仿史密斯。“这简直就是欺负人，我完全爆发了。”史密斯回忆道，“我还没反应过来，我们俩就已经面对面了，相隔只有3英寸，朝着对方大吼。”
乔布斯对于会议中的白板极具控制欲，于是魁梧的史密斯推开他，开始在白板上写写画画。“你不能这样！”乔布斯大喊。
“什么？”史密斯回击道，“我不能在你的白板上写字？放狗屁！”听到这话，乔布斯摔门而出。
史密斯最终辞了职，成立了一家新公司，制作数字绘图和图像编辑软件。乔布斯拒绝史密斯使用他在皮克斯时编写的代码，这又进一步加深了彼此的敌意。“阿尔维最终得到了他需要的东西，”卡特穆尔说，“但是，他这一年的压力都很大，还患上了肺部感染。”最后，结果还算不错，微软收购了史密斯的新公司。自己成立的公司，一家卖给乔布斯，另一家卖给盖茨，这样的人也只有史密斯了吧。
不过，即便在境况最好的时候，乔布斯的脾气也很暴躁。因此，当皮克斯的三项努力——硬件、软件和动画内容——都在赔钱时，乔布斯就越发如此了。“我制订了这些计划，结果却得不停地投钱进去。”他回忆说。他会责骂皮克斯的人，但还是会给他们开支票。已经被苹果驱逐，又被困在NeXT，他不能接受再一次打击了。
为了止损，乔布斯下令进行一轮大规模裁员。他缺乏对待他人的同情心，冷酷地执行了这一决定。正如帕姆·克尔温所形容的：“对于要解雇的人，他在感情和财务上都不留余地。”乔布斯坚持裁员立即开始，且不支付遣散费。克尔温拽着乔布斯在停车场周围散步，请求他至少提前两周告知员工们这一消息。“好吧，”乔布斯回答道，“但通知应该倒推回两周生效。”卡特穆尔当时在莫斯科，克尔温疯了似的跟他打电话。卡特穆尔回来后，研究出一个遣散计划，给予被解雇员工微薄的补偿，稍微平息了事态。
皮克斯动画团队曾一度试图说服英特尔公司，希望承接对方的部分商业广告制作业务。然而，乔布斯没有一点儿耐性。一次会议上，乔布斯正痛斥英特尔的营销总监，说到一半又拿起电话，直接打给英特尔的CEO安迪·格鲁夫。格鲁夫在某种程度上仍然算是乔布斯的老师，他想要给乔布斯上一课，他支持英特尔公司的经理。“我支持自己的员工，”他回忆道，“史蒂夫不喜欢被当做供应商来对待。”
皮克斯针对普通消费者市场，或者至少是认同乔布斯对于设计的狂热之情的消费群体，创造出了一些强大的软件产品。乔布斯仍然希望，在家中创作超级逼真的3D图像能够成为桌面排版热潮的一部分。例如，皮克斯的Showplace软件，用户能够用它改变3D物体的阴影，这样，在不同的角度下，能以适当的阴影展现出现实物体的模样。乔布斯觉得这个软件很酷，但是大多数消费者觉得这种功能可有可无。乔布斯的激情误导了自己，Showplace软件就是一个例证：该软件拥有如此多神奇的功能，但却缺少乔布斯一向要求的简单性。皮克斯无法与Adobe公司竞争，后者做的软件并不像Showplace那样高级，但更简单，也更便宜。
即使皮克斯的硬件和软件产品线都失败了，乔布斯也还会保护着动画团队。对他来说，这已经是一个拥有魔力的艺术之岛，能给予他深层次的情感愉悦，他愿意培养它，为它赌上一把。1988年春，资金实在太紧张了，于是他召集了一次痛苦的会议，宣布全面深度削减开支。会议结束后，拉塞特及其动画团队十分害怕，几乎不敢再向乔布斯要更多的钱来拍摄另一部短片。但最后，他们还是提起了这个话题，乔布斯静静地坐着，满脸疑虑。如果同意这个项目，他就得再从自己腰包里掏出近30万美元。过了一会儿，乔布斯问他们是否已有了故事板。卡特穆尔带他来到动画办公室，拉塞特立即开始了自己的表演——展示故事板，自己配音，尽情地展现对自己产品的激情，乔布斯被感染了。故事是关于拉塞特的心爱之物，经典玩具。故事以一个单人乐队玩具小锡兵（Tinny）的视角展开，它遇见了一个让自己又爱又怕的人类小宝宝。逃到沙发下后，小锡兵发现其他玩具也被吓坏了躲进这里。但是，当小宝宝撞到头后，小锡兵又爬出来哄他开心。
乔布斯表示自己会提供资金。“我看好约翰在做的东西，”他后来说道，“那是艺术，是他关心的东西，也是我关心的东西。我总是同意他的计划。”看完拉塞特的单人表演展示后，乔布斯只说了一句活，“我只要求一件事，约翰，把它做好。”
《锡铁小兵》（Tin Toy）赢得了1988年奥斯卡最佳动画短片奖，这是首部获此殊荣的电脑制作动画短片。为了庆祝，乔布斯带着拉塞特和整个制作团队来到绿地餐厅——旧金山一家素食馆。拉塞特抓起放在桌子中央的小金人，举得高高的，向乔布斯敬酒道：“你所有的要求，便是要我们做一部伟大的电影。”
迪士尼的新团队——CEO迈克尔·艾斯纳，电影部门主管杰弗里·卡曾伯格（Jeffrey Katzenberg）——开始要求拉塞特重回迪士尼。他们喜欢《锡铁小兵》，认为这种动画故事——让玩具拥有生命和人类的感情——还有很大的发挥余地。但是，拉塞特感激乔布斯对自己的信任，认为皮克斯才是自己能够创作电脑动画的唯一地方。他告诉卡特穆尔，“我可以去迪士尼，在那儿做个总监；或者留在这儿，谱写历史。”于是，迪士尼反过来开始接触皮克斯，希望签署制作协议。“无论是从讲故事还是从技术运用的层面上来看，拉塞特的动画短片真的令人叹为观止，”卡曾伯格回忆说，“我非常努力想让他回到迪士尼，但是他忠于史蒂夫和皮克斯。如果你打不过对方，那么就加入他们。我们决定找出能够加入皮克斯的方法，让他们为迪士尼制作关于玩具的电影。”
至此，乔布斯已经在皮克斯投入了近5000万美元，占其离开苹果时所拿到钱的一半以上，而NeXT公司当时还在亏钱。对此，他非常精明实际。1991年，乔布斯强迫皮克斯所有员工放弃期权，作为交换，他会再投入一笔私人资金。不过，对于艺术和科技融合所能做出的成就，乔布斯却倾注了浪漫之爱。他曾认为，普通消费者会喜欢用皮克斯的软件来制作3D图形，但现实并非如此。不过替代的是他直觉上的先见之明，那就是自1937年迪士尼公司拍出《白雪公主》后，再没有比让艺术和数字技术相融合能给动画电影带来更大变革的了。
乔布斯表示，回首过去，如果自己能知道得更多，就会更早地专注于动画，而不会费心去推动皮克斯的硬件和软件应用。但另一方面，如果乔布斯早就知道硬件和软件都不会赢利，那么他也不会接手皮克斯。“命运似乎诱骗我去做这件事，而这也许是为了把它做得更好。”