戴笠和他的部下一直对国民党政权内部的阴谋活动非常警惕。其中最富戏剧性的事件发生在1943年委员长去开罗的时候。一群年轻的将军不仅策划推翻蒋介石，而且还要废除何应钦、戴笠、孔祥熙、陈氏兄弟，以及那些因腐败和渎职而著称的高级官员们。戴笠的特工在此计划实施之前闻到了风声。据说这个阴谋牵涉到200至600名官员。结果有16名将军被枪决。
1944年在他的权力高峰期，戴笠除了任军统局正局长以外，还控制了下列机构：军令部第二厅、侍从室第六组、警卫组、军委会特检处、军委会水陆交通统一检查处、兵工署警卫稽查处、军委会别动军、军委会“忠义救国军”、警察站、警察培训单位、整个国统区各省、市和地方上的检查哨、军委会西南运输警务处、每个使馆的武官和助理武官，以及中国警察学会。
到了1944年春天，戴笠不仅预见到与共产党之间的内战，而且他还以招募日本战败后的傀儡政府官员来与共产党作战的方法，积极在华北地区为重建国民党中央政权做准备。美国国务院认为：“根据可靠消息来源，戴将军说共产党问题对于中国要比日本问题更重要。”
对于美国军方来说，最让人担心的是梅乐斯在中美合作所的部队有被用来对付共产党的可能性。在重庆人们越来越意识到，梅乐斯因个人与战略情报局的不和而与戴笠一起责怪情报局与中国共产党相勾结。这更加深了上述担忧。比如，7月中，梅乐斯指控战略情报局在上海向“共产党便衣人员”空投冲锋枪。他还坚持说，仔细阅读戴笠的情报档案可以证实，美国的外交官员们，如约翰·卡特·文森特（John Carter Vincent）“在牺牲中国国民党的利益，而且没有尽力维护美国的……利益。”
这种对中美合作所干涉中国面临的内战的担忧，还因延安对国民党把美国援助的军火用于反共活动的指责而加剧起来。1944年夏末之前，如果共产党抱怨说“美国使用援助的军火来进行”反共活动，那么这几乎肯定是无中生有，目的在于先发制人，以防止真的出现这种情况。但到了1944年夏天，美国驻华海军得利于飞越喜马拉雅山脉吨位的增值，开始接收每月好几吨位的空运……美国驻华海军与戴笠的秘密警察密切合作，而魏德迈相信他们私下里提供了物资。按照美军战争正史：
1945年6月里，共产党又责怪起美国援助的军火被用于不正当目的。赫尔利（Hurley）大使认为这是延安在有意挑动内战，但魏德迈的G5部不这么认为，因此说服他们的司令对“美国驻华海军参与了中国即将发生的内战”的可能性做调查。于是魏德迈将军任命了一个由G1、G2、G3和美国驻华海军代表组成的委员会，由G5主持。
委员会于8月22日汇报说，没有“令人满意的证据”说明美国驻华海军的人被布署到国民党或“忠义救国军”部队当中来反对共产党；不过，“如果共产党干涉抗日部队的行动的话，（美国人）可能会被用来交战。”但委员会还接着注明，美国设备“至少防御性地”被用来对付共产党，那些设备在援助军火协议以外的程序下武装了戴笠，而且没有关于调拨（武器给戴笠）的现存可靠记录。