共产党反对国民党统治的活动，在每个地区并不完全一样。比如，在成都，共产党的活动要比在重庆活跃得多。1940年期间，由于前一年春天的干旱，成都地区庄稼严重歉收，于是导致了常见的囤积大米以及伴随而来的粮食暴动。不管共产党是否鼓动了这些骚乱，戴笠立刻认为这是共产党在捣乱，这便使他有了借口，命令他在成都地区的侦缉处特工们，对共产党人能抓就抓。在这场大搜查当中，负责八路军成都办事处的领导人及《新华日报》高级编辑罗世文以及共产党成都区域重要领导人车耀先先后被捕。两人受到严刑拷打，但都没有招供。最后他们被押送到重庆。其他十来个被捕的共产党领导人，被川康区军统特务队长刘崇朴活埋了。
成都的大逮捕是军统在四川的一个早期行动，它意在显示军统在整个战时中国的有效实力。然而，在重庆市本身，在追踪共产党在国民党战时首都的地下活动方面，戴笠的组织似乎并不那么得力。据沈醉讲（为了政治缘故，他不断地贬低国民党在对付中共方面的能力），军统在重庆的侦察部门从一开始就非常窝囊，因为它在情报方面所能依赖的，无非是一些来自于社会底层的“不三不四之流”，再加上几个民主党派当中一些中下层的人士而已。军统是如何对像郭沫若、田汉或曹禺这类人物的活动进行控制的呢？军统所能指望的只不过是对他们加强监视，并让其特工不时复查有关这些社会知名人士的情报的真实性而已。
但这并不等于说军统在对付共产党方面毫无成就。在这一点上，第二次统一战线对他们不起作用。作为重庆卫戍司令部侦缉队队长的沈醉，非常想抓获共产党人。每次如愿以偿，他都会得到奖励，例如他在江北附近的一个小铁工厂里对共产党人进行的那次突击。不过，关于所谓共产党活动的假传闻，军统屡次弄巧成拙，并使无辜的人士受到无端的连累，如在1940年冬天的綦江案件当中，军统的审讯员用严刑打伤打死了500多人。又如，有一次总统府连连下令，而结果证明，并无任何颠覆活动发生。
军统监视的主要目标是共产党在化龙桥红岩村的办事处。军统为此专门在附近成立了一个特别稽查哨，由段楚田负责。但戴笠的人发现很难弄清有哪些人在他们的眼皮底下去了共产党的“老窝”。后来，情节生动的小说《红岩》以及由此改编的电影对国民党秘密特工们的无能做了淋漓尽致的描写，同时又矛盾地表现了军统（以及它后来的“保密局”）是敌人的一个残酷而恐怖的组织，它应对无数受害者的死亡负责。《红岩》的寓意之一是揭露军统的美国支持者，他们被塑造成阴险的美国“特殊顾问”，躲在拷打审讯场面的背后，一心要“从人骨头里挤出油水来！”这个反美的信息当中还夹杂了对共产党最终胜利的信心，它同五十年代初朝鲜战争中的反美热潮遥相呼应。作为小说中的英雄，许云峰对毛人凤说：“马克思列宁主义也武装了中国共产党和中国人民，必然消灭一切反动派，包括你们这群美帝国主义豢养的特务！”