军统暗杀行动的范围远远超出了重庆市，这无意中对中国的抗战产生了影响，而戴笠本人也未能预见到这一点。能够说明这个现象的最好例子，也许是刺杀汪精卫未遂事件，当时汪在逃离重庆后到了仍然属于法国在印度之那的殖民地河内。
这个事件对学中国现代历史的学生来说并不陌生。刺客们在1939年3月21日夜里溜进了汪精卫在河内的住宅。他们初看似乎得手：军统的特工员闯入汪的卧室，用冲锋枪对着床上睡着的人一阵扫射，那人当场毙命，刺客们随即逃之夭夭。然而，那天晚上不知怎么的，汪与他的私人秘书曾仲鸣换了个房间睡觉，于是曾成了汪的替死鬼。
当时国民党政府否认与暗杀有任何牵连，甚至在许多年之后，忠于蒋介石的人仍宣称：委员长对此一无所知。例如，陈立夫坚持认为，甚至连戴笠也没有涉入此事件：
谁杀了曾仲鸣？我不知道。外面的人说是戴笠把他杀了。我表示怀疑。假如是戴笠干的，他怎么能有权力干这样的事呢？他不应该有这个权力！谁能说出有谁指使了他？我不相信这是戴笠干的。我有任何证据吗？蒋先生很少，不，从来不想杀死任何人。从不？我想不起来他曾经这么干过。
但戴笠确实指挥了这场行动。而这场遭挫的刺杀至少把汪精卫推进了日本人的怀抱，并最终导致了一个傀儡政府在南京的成立。
至于在重庆市内，暗杀是“消失”的普通形式，它几乎将战时中国首都的持不同政见者扫荡殆尽。尽管外国人不时为躲避秘密警察迫害而前来向他们求救的中国人士寻求外交干涉，但即使像爱泼斯坦（Israel Epstein）这类机敏的外国记者，对这种有选择性的恐怖主义的存在也一无所知。不过，外国人圈子，尤其是魏德迈（Wedemeyer）将军和美国国务院，非常熟悉军统最臭名昭著的绑架案之一：费巩的失踪。
1944年春，抗战中迁移到贵州湄潭县的浙江大学的费巩教授应复旦大学的邀请来重庆讲学。他是一个在美国受过教育的历史学教授，曾对中国知识分子的一份谴责独裁统治垄断国统区的声明表示赞同。此刻他置身于战时的首都，恰巧处于秘密警察的眼皮底下，他开始对自己的人身安全担忧起来，于是完全生活在与世隔绝的状态之中。然而，1945年3月5日早晨，费教授在复旦大学的一名学生陪同下，坐船到距离重庆不远的北碚温泉地赴会。当他们在千厮门码头等渡船的时候，这个学生上岸去买早点。等他回来时，费教授不见了。
费巩没在会议上露面，复旦大学校方便将他的失踪报告到卫戍司令部，而后者将那个倒霉的学生拽来询问，算是做出了反应。在接下来的几个星期里，关于费巩失踪的谣言四起。他到底仅仅是失足落水呢，还是被戴笠的特工员绑架走，并被投入了秘密看守所里？政府的发言人极力否认后一种可能性，但公众和美国使馆都不相信这些否认。
在教育界，费巩的失踪使许多知识分子的不安全感更加强烈了，他们为自己的命运担忧，害怕自己落入蒋介石秘密警察手中。与费巩一起在美国学习的40多名教授联名给魏德迈将军写抗议信，结果魏德迈向委员长本人表示了美方的正式关切。
蒋介石那时已让戴笠查询此事，而戴将军便和中统头目叶秀峰和宪兵司令张镇开会研究此事戴笠声称，这两人都没有逮捕过费巩。与此同时，魏德迈命令梅乐斯亲自调查此案。梅乐斯把这个任务向戴笠做了汇报，在梅乐斯向前纽约警察侦探克拉克（Clark）求助的同时，戴笠任命沈醉（他作为上海的大侦探被介绍给美国人）作为军统对此案的联络人。
调查人组追踪了一系列线索，毫无结果。与浙江大学校长竺可桢会面结果是，建议他们查询政府的监狱和看守所。但当他们带着费巩的照片去查看了之后，被告知没有此人在此地呆过。查询警察记录的结果也是如此。由于浙江大学的一个学生声称在巫山县见到费教授身着和尚服，这组侦探人员便在巫山地区的12个和尚庙里查访，仍丝毫没有找到失踪教授的踪迹。克拉克和沈醉甚至到了下游地区，查看漂流到此地的尸体，也没有发现与费巩教授有丝毫相像的尸体。最后，谣传说费教授在重庆的中美合作所里被杀，尸体被扔进硝酸池里融解了。沈醉从来没有明确地反驳过这一说法。但在费巩失踪很长时间后，他一直坚持说，这个神秘的事件将永远不得其解——他这么写，共产党当局当然会欢迎对国民党秘密警察如此令人毛骨悚然的控告。