军统的主要行政部门是在罗家湾19号，这是军统甲室（机要室）和戴笠办公的地方。但军统在重庆“公开”的办公地点是在望龙门湖南会馆，那里有军统的文书科、档案股和密函股。文书科通常负责监察军统大多数的外勤单位，这些外勤单位在业务上归重庆卫戍总司令部稽查处领导。
至于对重庆的控制，最大、最重要的特务组织便是军统的稽查处，它管辖13个县。虽然该处只有500多人，但它的每个外勤特工都有20到几百人在为其工作。稽查处由军统成立于1939年，当时它是武汉卫戍司令部的一部分，后来迁至重庆，在名义上成为重庆卫戍部队的一个单位。它的权力掌握在戴笠手中，而戴笠的背后便是委员长本人。结果是，重庆卫戍司令部的两个后任司令刘峙或王瓒绪，谁也不敢过问稽查处的活动。
对戴笠来说，稽查处是一个考察和锻炼骨干的地方。该处的处长无一例外的由军统已经有过副处长经历的官员担任：陶一珊接替了赵世瑞，廖公劭又接替了陶，沈醉接替了廖，何龙庆最后又接替了沈。由于大家都知道，戴笠为了提拔他们而不断地对他们进行考察，所以在这些副处长们中间的竞争相当激烈，这个单位的工作风格也高度紧张。稽查处的人为取悦戴笠无事不做，稍有成绩便向他汇报，对他总是随叫随到。甚至会不参加宴会而长时间呆在办公室里加班。最终成为稽查处处长的沈醉尤其意识到戴笠的“神经质脾气”，于是他下苦功把所有悬案的细节都强记下来，以便能在上司半夜询问时，不查看任何案卷便可立刻回答。也许正因为如此，沈醉在年仅20岁时便被戴笠选为总务处处长。
重庆稽查处被分成4个科。一科负责总务，设有事务、人事和文书三股。二科负责情报业务、侦探工作和航空检查等。从某种意义上说，负责电讯的三科最为重要。这个科有40多名专业人员，都经过魏大铭的中央通讯处训练。
三科负责替重庆的军统部门购买所有的物资需求，这是非常花时间的事务。但他们主要的任务更加复杂，那就是监视重庆收发的所有电台信号。共产党人在办公处和《新华日报》的电台发射尤其受到监视。
四科是司法科，科长是徐钟奇和胡藻。徐是戴笠的同乡，所以不管遇到什么事总是向他的上司汇报。这个科还负责警卫军统在重庆令人毛骨悚然的监狱。军统重庆站在望龙门的“看守所”是个臭名昭著的残酷监狱。这里关押的政治犯被指控的罪名非常微不足道：从偷听被认为“极端”的政治言论，到公开埋怨低工资和物价昂贵。而这些犯人又要受“老犯人”的欺压，后者手下有30多个犯人团伙，同他们的“头目”一起对其他犯人进行敲诈勒索，称为“孝敬”。
无须强调，在战时的重庆，望龙门的人员令人望而生畏。如果一个军统的特工在执行外勤任务时违法，遭到正常的司法部门问罪，他只需冷冷地说一声：“望龙门的”就完事了。只要他亮出了身份，这位特工以后上剧院便不用再买票，坐火车或乘船也无须花钱，甚至连逛妓院和鸦片馆都拒绝付账。
四科的办公处与军统党政情报处的连在一起，后者主要负责领导一组外勤特工员对学生组织进行渗透。但其主要任务由党政侦察组领导，对中共办事处、八路军办事处、《新华日报》和周恩来的住宅进行监视。但在这方面，他们并非完全成功。
外事侦察组在名义上属稽查处领导，但实际上受军统直接控制，由军统规定它的经费与活动。它的头目孔杰和吴润荪，同时也是重庆警察局外事科的科长，因为戴笠坚持：在城市内的外事工作得归属到一个领导之下。与此同时，它是个绝密的单位：必须穿过警察局正常的稽查处办公处，才能从其后门进入。
外事侦察组的主要任务是监视苏联大使馆、塔斯社和苏联商务代表团在重庆的活动。做外事工作的通讯员直接由军统高级官员控制，被认为是非常宝贵的人才。他们同时也与国际宣传处的魏景蒙和军统护照科科长曾广勋互相配合工作。
这个侦察组还有自己的一个三组，叫做“社会侦察组”，它由戚玉鳞领导，其行动常常不受军统总部的直接指挥。它奉命通过惩治抢劫之类的重型罪犯来促进“社会治安”。与其他组不同，三组的人总是随叫随到。它的组员部分由流氓或帮会分子组成，许多人是在武汉被招募来的。由于在国民党军队从武汉撤退到重庆时，一大批武汉的小偷和扒手都跟着迁到此地，三组自己的前帮会分子在对付这部分地下分子方面，要比正规的警察局侦缉队更有效，虽然后者在重庆的黑社会中也有其自己的关系。于是逐渐形成了一种典型的战时局面：“上游”的骗子们与正规的侦探大队密切合作，而“下游”的罪犯们则与社会侦察组暗中勾结。
最后，侦察组还监管十几个侦察所和30多个侦察哨。它的“外部”权力非同小可。稽查所的人员，往往为了检查某个嫌疑分子的行李，便可以随意搜察任何住宅和旅馆。而且，虽然车辆检查名义上是集中在水陆交通统一检查处之下，但他们却能随意扣押任何车船。这成了在朝天门糖业公会楼稽查所人员可观的非法收入的来源。因为要负责水路交通，他们便建立起了自己的检查所来监视往下游来的木材和其他货运船只。每条船的船长都知道，只要稽查所的官员坚持，他们就得把整船的货物卸下船检查。倒不如向他们行贿，当然这便成了非法的关税。