然而，在控制缉私署方面败给行政当局，并未能挫败戴笠的整个运作机能。仅凭一点便可说明问题：他迅速确保了自己的王牌——军事必需——能胜于孔祥熙对财政部战时监控走私的依赖。1943年7月，戴将军把税警办公室直接置于军委会之下，并把它改名为“别动队”，它的11个纵队分散在国统区的各个战区，奉命专门监视所有的地面运输。
其次，戴笠使国民党军队的运输和通讯部门隶属于统一指挥之下，负责地面巡逻、地区监察站、邮电，甚至还有飞机通讯业务。同月，军事委员会的运输统制局检查局被改为军委的水陆交通统一检查处，由戴笠的部下吉章简任中将处长。后来在1945年，交通巡查处的范围扩展到通讯和航空（原戴笠军统三处的业务），归邮航检查处领导，刘番任中将处长。
最后，戴笠抵制孔祥熙和行政官员急切想接管缉私监督的企图的另一个办法是在财政部内部扩展中美合作组织。1944年期间，财政部战时货物运输局运输处处长是黄荣华。在美国侨居了多年的黄荣华，同时也是中美合作所运输处的头目。他负责管理在整个华南地区活动，向前线游击队运送武器，并将从沦陷区傀儡公司那儿采购来的物资运送回来的大约1000辆卡车。
到了1944-1945年间，这些车辆的装载便完全在戴笠的控制之下，他实际上拥有财政部货物运输局局长的头衔。这正如梅乐斯解释的那样：
任何一辆卡车都得出示载货单，准确地说明装载的货物，而且，在每一个检查哨所，必须出示货运单，卡车还要通过检查。而卡车司机常常通过让人搭乘来捞取外快，被称为“运输黄鱼”（一种贵重的佳肴），而戴将军本人的责任是对走私与间谍活动进行遏止（起码做到了限制）。
由此可见，中美合作所的美方领导直接了解甚至欣赏戴笠的走私王国，在日本投降时，这个王国已在战前的毒品贸易和战时美国的供给和运输资源的基础上建立了起来。它一时间盈利巨大，但这些盈利所滋养的社会因素，要么是促进了国民党当局的上层腐败，要么是促进了同样有害的秘密特务的高压政治，这种政治损害了内战前夕的政府合法性。许多年之后，历史学家们很快就看出在走私和秘密特工之间的关联，尤其是因为美国中央情报局和美越战争中非法毒品交易之间的联系。但在东南亚形成这种交叉关系的力量，早在美国秘密部队支持李弥的国民党九十三师在金三角区的鸦片买卖之前就存在了。在中美合作所的抗日游击战高峰期，在戴笠的支持下，这些关系首次在中国交织为一体。