次年4月，美国战略情报局和空军第十四飞行队成立了一个名称非常晦涩的组织：第5329空军和地面部队资源及技术人员（5329th Air and Ground Forces Resources and Technical Staff），缩写简称AGFRTS，更常见的提法是Agfrts。他们包括战略情报局为在中国独立操作情报业务挑选出来的大批人员。
中美合作所没办到的，AGFRTS办到了，而且其结果几乎立竿见影。战略情报局潜伏到敌后的特工人员们建立了广泛的秘密网络，为空军司令部和太平洋舰队提供了每日的天气和气象数据。对长江沿岸交通和沿海及铁路运输的实地无线电情报，使陈纳德的飞机能最准确地击中“热”靶，而且“目标研究分析”和对轰炸的破坏程度的估量，极大地帮助了陈纳德计划未来的进攻。
战略情报局/Agfrts的人员主要在中国的沦陷区收集目标的情况，同时也审讯敌人的战俘。
邓诺文在向总统罗斯福的报告中尽量抬高自己的人员在实地的秘密活动，如在广州白云机场炸毁了数架飞机，在日本人进攻桂林时摧毁了数架桥梁，破坏了广东的一个煤矿，收集了沿海几处的天气预报等，但所有这些都无法与战略情报局在中西欧的活动相比。
当然，平心而论，有几次他们还是极为成功的，甚至包括躲过了戴笠监视的绝密行动（斯塔行动与“蛤”行动等）。但情报局的大多数活动对中国秘密特工当局来说都是非常透明的，后者可能曾经处死过一些为美国人工作的中国人。
后来，邓诺文确保了将情报局在AGFRTS中的活动，向戴笠正式通报。但这并没有减轻其侮辱所引起的痛楚，尤其是情报局使用了陈纳德的一些最优秀的人员，他们大都是传教士的后代，出生在中国，或者起码中文非常熟练，可以独自在那里生活。例如，海军中校沃佛德·史密斯（Wolferd Smith），先学的中文，后学的英语，并于战前在密执安大学东方历史系获博士学位。又如，出生于北京并曾在那里受教育的查尔斯·斯泰尔（Charles Stelle）上尉在被派往重庆任情报官之前，曾在哈佛大学东方学系当教授，后来成了与中国共产党联系的一个重要环节。
虽然戴笠欣赏情报局的训练功能，但他反对邓诺文的人，因为他们与共产党有联系，有时还在未经他允许的情况下独自展开抗日游击战，再加上他对情报局派到中国独自执行使命的高级人员（梅乐斯及其在中美合作所的部下管他们叫“面团”）的疑心越来越重。在各省里，情报局和中美合作所之间出现了一场事实上的“系列战”，同时在隔山的印度，情报局和戴笠特务之间进行着一场“秘密战”。到了1944年11月，邓诺文将军向总统汇报说，对于情报局来说“没有任何重要的情报或行动来自于中美合作所。这可能是飞越喜马拉雅山脉的吨位有限的结果，但主要原因是他们的行动受制于那些坚决不让他们搞到情报的人”。
总体来说，大多数研究中美合作所历史的学者都赞同这个结论。沈瑜在其“最后分析”中写道：“从根本上来说，盟国的作战从这个合作项目中获益甚少。在中美合作所正准备将其重点从训练转移到行动上的时候，战争便结束了。”然而，如果盟国的作战的确从中美合作所的这些秘密活动中受益甚少的话，那么戴笠自己的秘密王国则从中得到了极大的好处，它使这个中国秘密特务头子在二战中，比起在日本人刚开始发动侵略战争时，地位要强大得多。正如卡尔·霍夫曼（Carl Hoffmann）少校在1944年7月向邓诺文将军汇报的那样：
这个秘密警察网归功于戴笠的组织天才、足智多谋、巧妙狡猾，以及巨大的个人勇气和魅力。他不乏个人魄力，许多见过他的人都证明他显而易见的吸引力；他残酷地紧抿着的嘴，一双离得很近而锋利的眼睛和威严的风度。他40多岁，中等身高，健壮结实，军人风度，而且无疑显得非常权威。在社交上，他可以十分迷人，令人愉快，而且乐于合作。尽管他在驰骋中国履行自己的职责时可以是残酷无情的，但据说他的私人生活无懈可击。虽然他是当代中国的一个传奇人物，甚至连他本人的照片都从未有人见到过，在任何活动中他都极少出场，他的名字往往只是在耳语中提到，然而他的狡黠远近闻名，令人敬畏。这一切都是出于对他所坚持的匿名性的尊重。所有派系都意识到，他或者知道或者能够了解到他们在公开和私下场合的贪污、腐化、无能或愚蠢，而只要他一点头，不管是哪个派系，政治影响如何，失宠、贬斥甚或死刑便会接踵而来。
总而言之，到了1945年，这位“间谍王”已经达到了他政治权力的顶峰：一座建筑在战时中国秘密经济结构之上的大厦。