其实，很少有美国人参加中美合作所的游击战，因为军统官员曾警告他们说，在中国沦陷区他们会像大块头那样矗出来引人注意。结果，中美合作所没有真正属于自己的外勤单位，而必须依赖军统的行动队。对这些基层地方部队的指挥，按理应由美中联合组成的中美合作所内部的“军事作战组”负责，由军统正规特务全面控制。
这个组所拟定的一切作战计划，均须先与军统商妥后才能发出去。尽管如此，各地武装特务头子还是不大接受，仍按他们自己的一套直接向军统请示。但为了要得到美帝的武器弹药与美式装备，则又不得不将每次对日作战的伤亡、战绩向中美所汇报请求补充。这些数字大多是经过一再夸大甚至捏造出来的东西，往往与他们报给军统的有出入。而美方却非常重视这些统计数字，并经常对这些单位进行武器弹药的补充，他们根据这些虚报的“成绩”便可向美国政府去要东西。
至于简单的收集情报（说到底这应当是中美合作所在中国最主要的使命），官方的记录比这还差劲。梅乐斯开始对海军情报局从军统那里收集来的情报质量非常失望，这也许是他不愿与军事情报局史迪威将军和陈纳德（Chennault）将军的部下分享这份情报的原因之一。不过，在他对戴笠作了口头和书面的抱怨之后，军统便利用它与沦陷区“汉奸”的关系在上海、南京和华东其他地区来安排特别行动单位，使中美合作所特工能够在这些地方设置无线电发射台，用他们自己对日军活动的报告来补充军统的通讯系统。到了1944年，中美合作所的情报官员倍增到40名，于是戴笠觉得有必要指定军统的一名站长王一心来总管联合情报工作。
中华人民共和国后来的说法是，中美合作所曾经出过优质的情报，尤其是在关于苏联和中共的活动方面。但在战争刚结束时，共产党文人们贬低了戴笠在这方面的成就，并把梅乐斯形容成“饭桶海军”的一个昏庸的首领，说他误把日本在河南北面的一号战役看做是又一个“抢劫行动”或是新兵军队的一次“演习战”。
戴笠本人曾对中美合作所的贡献予以高度评价，这部分是因为他对梅乐斯在提供卡宾枪、手枪和冲锋枪的同时所提供的间谍器材非常欣赏。美国战略情报局的天才发明家斯坦利·洛威尔（Stanley Lovell）记得，戴笠和梅乐斯要他制造一种毒药，让中国妓女对日军高级将领使用。后来，他和战略情报局的细菌专家制作了一种跟普通大头别针差不多大小的胶囊丸，里面装了肉毒菌素，可以打开在饮料或食物里放毒。这些毒丸由海军军医塞西尔·考金斯（Cecil Coggins）带回重庆，供应给“戴笠领导下的中国谋杀和破坏学校”。梅乐斯还提供了其他伪装的武器，如与做薄饼用的面粉相似的炸药、伪装成照相机的枪等等，他提供的礼品中还包括他个人赠送给中美合作所中方人员的手表、衣服、巧克力和香烟等。
戴笠还对中美合作所强化军统的通讯系统能力感到高兴。梅乐斯到达中国时，戴笠对电器设备的着迷达到了新的高潮。这个中国秘密特务的头子在重庆十里路以外的一个由稻田环绕的荒废的农舍里建立了一个绝密实验室。实验室的整个部门全都涉及密写：用果汁在一小卷胶片上书写，一旦洗印出来便是正常的照片。还有一些装置完全是为了把普通的商业电台的接收机转变成发射机而设计的：藏在自来水笔里的电报员的发报键，设计成上海产雨伞的天线，等等。实验室还为军统的外勤特务复制了微型的美乐时牌（Minox）照相机，并把纵火物伪装成肥皂和药品等。梅乐斯的人员提供了更强大的无线电发射机和最新的电台侦收技术。他们到达歌乐山不久，便立刻架起了一台战地手提收发机，这台收发机需要稳定的120伏电源，电源来自一个发电机或采用重庆发电厂声名狼藉的不稳定供电。1943年5月以后，无线电侦收工作直接由美国海军陆战队中校候克姆（B. T. Holcomb）领导，他教授中美合作所的技术员们如何使用无线电方向测向器来侦查汉奸的电台，汉奸们用这些电台向日本人汇报陈纳德飞机从昆明起飞后的飞行目标。
蒋介石的军事总部也设立了测向器，以查找敌人的发射电台。这些测向器由魏大铭的上海训练组“三机无线电学校”毕业生操作。当然，正如我们看到的，戴笠已经有了一批优秀的通讯人员，而且军统破译人员对日本空袭重庆发出的警报几乎无一例外地准确可靠。英国人对中国国民党的早期警报系统十分佩服，以至于他们想征得蒋介石的允许，建立一支由英国和中国秘密特务联合参与的特别情报机构。其结果便是“中英特种技术合作所”的成立，这个机构由周伟龙领导。