中美合作所的第一个训练点设在安徽商业中心徽州以南几公里外歙县雄村的一座山庙里。与军统的培训点一样，因其地名而被训练点成员们称为“雄村班”。一开始只有6个美国军官和美国海军陆战队巴德·马斯特斯（Bud Masters）少校手下的军人。他们的设备是从重庆用6辆机动卡车拖来的武器和军火。但据说在不远处有6000名“忠义救国军”的士兵，附近还有戴笠的2000名“训练有素”的部队，他们似乎都准备好了向训练班提供受训人员，不过据报道，他们都缺乏军火和军用设备。
中美合作所的教官们用了6个月的时间来准备一个由320人参加的有关游击战的课程。然而令人失望的是，首批新兵们都不合格。据梅乐斯回忆：
戴将军的地区指挥官们负责提供人员，但他们转而要哄骗管事的团长们把他们派往这个新训练项目。结果，起先那些被派来的人往往是其所在的部队中最无用的人。只是在我们的训练点显示了其价值并且被全面接受后，他们才把我们真正要的那种人分配给我们。
不过，招来的新兵们搞起走私和间谍来十分拿手，他们经常去上海替美国人搞来汽油、车胎、报纸，甚至面粉口袋——梅乐斯的人用它来运送一种俗称“杰弥玛大婶”，类似面粉样、用来制造炸药的物质到头来，这个训练班的记录有好有坏，部分原因是日本人把300个俘虏的美国海军陆战队士兵全都从当地迁走，导致营救美国战俘的失败。
第二班——湖南洪江班，有意选在湖区，离中国海军训练学校水雷制造站不远。美国人计划使用包括海匪在内的中国内河水手和小型船只驾驶员作为海军力量。梅乐斯后来写道：“我们从来没有放弃过这个想法，但也从未发展过它。”部分问题是“戴将军对船只一无所知，而且他对中国海军的人没有控制力——甚至连在内地的部分，如第二班附近的也没有”。
第三班——临汝班，亦称牛冬班，设在河南，游击队可以在那里骚扰敌人的通讯线路。他们驻扎的山庙叫凤穴寺，豫西朝拜的人都知道这座庙。由于可怕的饥荒和战火，凤穴寺曾颓败不堪。有的和尚搬到了庙的另一面，有几个年轻的难耐饥饿，索性加入了中美合作所的训练班。
由于在战斗中装备不足，临汝班的游击队没有牵制住敌人，相反，在日本人进攻时，他们便向西逃散。但训练班本身既表明了在美国人和中国人之间的距离，也显示了军统教官们对正确的政治训练的格外强调。
临汝训练纵队的美国教官们的头衔都不高，在上士和上尉之间。他们都不懂中文，完全依赖从军统翻译班来的8个翻译，然而这些华侨连最基本的军事词汇都不懂。
结果，只有几个美国军官知道学员们的强制性政治培训，明白他们的四周到处是军统的特工，或者意识到禁止中国军官同他们结交的命令。中国人都住在寺庙里面，而美国人则住在寺庙东边一块平地上建起的有12间屋子的西式房子里。他们的生活条件非常优越，还有厨师专门为他们做西餐，但他们很少与同住一个营地的中国人来往。仲向白在任临汝班政治教员的4个月里，从来没有跟一个美国人说过话。
除了不能跟外国人结交以外，戴笠的部下也被禁止参加任何政治活动，并严禁“标新立异”。尽管这是国民党机构，但临汝训练点不允许有任何国民党团体，包括“三青团”在内。而且，每个学员都必须写一个自己的政治背景履历，并和政治指导员详细地讨论这份履历，政治指导员还在饭桌上或类似的闲暇时刻观察学员们的政治倾向。对军统的基本原则，如蒋介石是国家的伟大领袖，军统是全国“清白的”和“最革命的”部分，秘密特工是委员长的“耳目”，以及一个理想的军统特工必须既是个无名英雄，又要具有“革命的人生观”等等，任何人如果有所质疑，便被当做离经叛道者，打上“标新立异”的标签。
第六班是华安班，设在福建漳州。建于1944年8月。在这之前，中美合作所参谋长李崇诗陪同梅乐斯去了福建沿海地区，军统闽南站站长陈达元秘书接待了他们。这三位官员都认为在这个海匪和土匪出没的地区建立训练班非常重要。梅乐斯回到重庆后，说服戴笠亲自在7月里前往曾为出版中心的建阳，与陈达元和闽北站站长王调勋见面。戴笠不仅同意建立这个新训练班，而且决定成立一个“中美合作所东南办事处”来监管上海、定海、福州和漳州4个重要情报站。
华安班从一开始就充斥了在陈达元和雷镇钟（他们都是训练班的副主任）控制的纵队之间的派系斗争，其中一个纵队长与戴笠的私人关系使这种斗争变得更加复杂。尽管美国教官们积极努力，这个训练项目仍非常松懈。虽然雷镇钟受过军队训练，但陈达元却是个农业专家，对军事一窍不通。军统的中国官员们还对中美同级官员的不同工资感到非常不满：前者每月200元，后者比前者高10倍。更有甚者，4个美国人的伙食水平相当于整个纵队180个中国人的伙食。美国人对整个训练班财政上的控制，显然无助于平息中国人对这种巨大的伙食差别的义愤。
据训练班一个后来参加了共产党的中国军官说，在1945年7月中旬一个短战役中，华安班在向日本军队进攻时受挫。但在8月份日本人投降后，华安班占领了厦门。到了年底，训练班改编成“别动军暂编纵队”，后来它跟随陈达元去了台湾。
除此以外，还有9个战地训练点：修水（江西）、建瓯（福建）、玉壶（浙江）、东峰（福建）、息烽（贵州）、临泉（安徽）、焦岭（广东）、港口（浙江）、梅县（广东）。但最重要的训练点是中美合作所第九班，它设在离重庆约20公里的嘉陵江畔的总部歌乐山上。