虽然梅乐斯一行人的海军先遣队是在1942年9月到达重庆的，但戴笠和梅乐斯之间的正式会谈到了冬天，等这两人在戴笠磁器口的别墅里会面时才开始。军统这方面要求通讯设备、美国武器和交通工具，以及人员训练。梅乐斯同意了（他于1942年9月22日被正式任命为美国情报局远东协调员）。双方让美国把气象人员和设备，连同武器（史密斯和威森左轮手枪、可特45口径自动武器、汤姆森冲锋枪等）及给戴笠准军事力量的大量军火一起带到了重庆。戴笠对美国人的速度和大方感到非常满意，他觉得美国人与十分吝啬的英国人完全相反。但他也反复叮嘱梅乐斯照管军统“武装特务部队”的训练，他们也需要通讯和医疗设备。
1942年的新年除夕，中国外交部部长宋子文开始执行梅乐斯——戴笠协议，它规定中美合作所的所长为中方，副所长为美方，双方均有对该单位行动计划的否决权。几天后，1943年1月初，路瑟把协议草案带回华盛顿后，它便被打入冷宫，一直等到梅乐斯本人回到那儿，亲自要求执行这个协议，派遣一支海军先遣力量直接在金上将指挥下运作。陆军及海军情报局对这个协议提出质疑，结果马歇尔将军给重庆发信，建议梅乐斯及其他美国人直接归史迪威（Stilwell）指挥，而戴笠及其中国部下则归中国战区名义司令蒋介石领导。
史迪威将军反对双重指挥系统（在那时被称为“友谊工程”）的想法，他认为这样做行不通“这样我们就得不到戴笠的合作。戴将军是个极端秘密和极端多疑的人，他不会允许在他和梅乐斯中间有任何人存在。”结果，史迪威建议梅乐斯对参谋长联席会议负责，并在戴笠之下。于是，美国参谋长联席会议另外颁发了一份指示，规定中美合作所和情报局不受战区司令指挥。初步协定是，戴笠担任中美合作所所长，梅乐斯为副所长，两人各自有对整体计划的否决权。
为在美国逐级执行这个协议，梅乐斯必须被任命为情报署在中国活动的负责人才行。邓诺文将军一开始对这一结果有所抵触，但由于道格拉斯·麦克阿瑟没有把情报局包括在太平洋战区内，邓诺文就不得不为在亚洲的行动而在中国保持一个基地，这意味着“与梅乐斯和戴笠的不愉快的联盟”。就这样，他在1943年1月同意执行这项协议，尽管“很快，就连哪怕是情报局在名义上的独立都遭到拒绝。戴笠对情报局涉入任何中国内务感到疑心，他把自己的盖世太保收集到的情报直接通报给梅乐斯，而后者也不向情报局提供这些情报，直到他完全肯定它们已先被发到了海军司令部为止”。
到了1943年3月，中国方面强烈感到有必要在双方之间正式签署一个“合同”。这个举动本身说明，中国人认为，被美国人称为的“协议”，是在一个平等合作基础上的安排。整个一个月戴笠的人日夜工作，准备中文版的合同，在把它递交给蒋介石之前宋子文亲自审阅。蒋介石对“合同”一词非常在乎，他让自己的内弟为在美国进行最后的交换签字仪式做准备。