抗日战争中的一九四三年四月十五日，在陪都重庆近郊歌乐山下的磁器口缫丝厂杨家山，国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局）乡下办事处大礼堂里，举行了一次由中美两国官员出席的签字仪式。中方有外交部长宋子文的代表、常务次长胡世泽，军统局副局长戴笠；美方有海军部长诺克斯，罗斯福总统的私人代表、美国《生活》杂志老板鲁思，海军部情报署代表迈尔斯——即旧译已为人们熟知的梅乐斯。从这一天起，由中美两国军事情报机构联合组建的中美特种技术合作所正式成立。
长期以来，这个简称为“中美合作所”的战时跨国军事情报合作机构，成了广为人们熟知的“美蒋罪行”的代名词。原国民党当局在重庆歌乐山下设立的那两座臭名昭著的政治犯监狱——白公馆和渣滓洞，曾被称作是“中美合作所集中营”的组成部分。歌乐山革命纪念馆也曾一度名为“中美合作所集中营美蒋罪行展览馆”。而使“中美合作所集中营”的恶名深入人心的，则是上世纪六十年代出现的长篇小说《红岩》和由此改编的电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》等文艺作品。历史上的中美合作所真是这样吗？
其实，当时中国与美国联合建立的中美特种技术合作所并非是为“反共”、“反人民”而建立的法西斯集中营，而是在国际反法西斯统一战线中建立的跨国军事情报合作机构。
对于当时中美两国首脑及许多参加具体工作的人员来说，建立这一合作机构的目的，确实是为着中美两国共同对日作战的需要。自从太平洋战争爆发后，美国就开始考虑与中国合作进行对日军的电讯侦译技术研究，搜集日军在中国与太平洋沿岸及沿中国海岸的陆、海、空军事情报，以及获得这些地区的气象、水文资料等。中国方面则希望与美国进行对日作战的情报交换，并在对日心理战宣传和在敌占区进行破坏活动等方面接受美国的训练，同时希望得到美国提供的先进电讯器材、武器装备、运输工具等。据参加起草中美特种技术合作协定草案的军统局军事情报处少将处长鲍志鸿回忆，协议的第一条即是：“为中美两国共同对日作战，组织中美特种技术合作所（简称中美所），交换日军海陆空军事情报和搜集中国大陆气象情报，训练游击队，挺进日军后方，协助美军在中国沿海登陆作战，共同迅速歼灭日寇。”（《戴笠、梅乐斯与中美合作所》34页，群众出版社1994年版）
中美合作所军官培训班
中美合作所在中美两国共同对日作战中起到的作用，以往很少提及，以致鲜为人知。据鲍志鸿回忆，美国空军击落日本海军大将山本五十六的座机，就有中美合作所的军统局人员在电讯侦测和密码破译方面的功劳（同上书第41页）。
同时，中美合作所还建立起了若干为美国海、空军提供气象情报的气象工作站、观测哨等，这些气象情报在美军对太平洋上日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中，都起了重要作用。战后美国海军部的一份报告甚至有这样的评价：中国方面通过中美合作所向美国提供的日本占领区军事及气象情报，“成为美国太平洋舰队和在中国沿海的美潜艇攻击敌海军的惟一情报来源”。
除去军事行动外，中美合作所还进行了一些对日心理战、经济战方面的工作。如收听日伪电台广播并用秘密广播进行干扰和反宣传，展开宣传攻势瓦解日军士气，在日伪军中制造恐慌情绪，鼓舞敌后抗日军民斗志；印制汪伪储蓄券假钞偷运到沦陷区，扰乱日伪金融，并大量收购日货与沦陷区物资运回大后方……
抗日战争胜利后，按照当初中美合作所成立时《协议》的规定，美方人员分批回国。一九四六年一月，中美合作所正式宣告结束，经军统局报蒋介石备案。中美合作所中的军统局人员回军统局报到，非军统局人员（这是许多人不了解的，以为凡中美合作所的中方人员就都是军统特务，其实并非如此）则发给三个月薪金资遣。各地训练班、情报站均予结束（重庆特警班第二期学员因未毕业，移交军统局接办）。重庆中美合作所四一医院移交中央医院接收，上海中美医院移交同济大学接收……到一九四六年七八月间，全部结束手续办理完毕。
在歌剧《江姐》的最后一场（场景说明：重庆“中美合作所”渣滓洞集中营女牢），江姐在就义前，得知敌人就要逃跑时，嘲笑沈养斋说：“怎么？你害怕了？你们‘中美合作所’这块招牌就要摘掉了！”编导和演员都不知道，其实“中美合作所”的招牌早在这个剧情发生的四年前就已摘掉了。
不过，因为中美合作所的中方负责人是在国民党内外名声都不大好的军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又不顾美国当局禁令竭力介入中国国共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员、警察和特工，获得的美式武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了反共内战中，因此，该所便有了一个“扶蒋反共”的恶名。当年曾以美国战略情报局雇员身份在重庆与梅乐斯共过事的美国著名汉学家费正清评论说：“中美合作所确实曾经部署过骚扰日军后方的行动，并为美国海军的登陆做了准备。但中美合作所的弊端在于，当一九四五年国共内战爆发时，它把美援全部用在了国民党一边。这就在客观上意味着美国‘过早地’正式加入了反对中共的活动。这为中国共产党所深恶痛绝，并完全有正当理由把它看作是美国帝国主义的不义行为。”（《费正清对华回忆录》，知识出版社1991年5月版第256页）
由于这样一些历史的原因，在中美合作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，便被算到了它的账上。特别是在一九四九年国民党政权在大陆崩溃时发生的对被关押政治犯的集体大屠杀，更被宣传为“中美合作所大屠杀”，使“中美合作所”声名狼藉，成为后来反美、反蒋（国民党）宣传中的一个重要靶子。许多人不再清楚它当初究竟是个什么机构，而只以为它是一个血腥恐怖的集中营了。再加上小说《红岩》及电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》等文艺作品的一系列渲染，“中美合作所”作为反面形象的知名度，竟大大超过了同样在重庆而有着更重大历史意义的革命纪念地红岩村。
甚至一些美国人也对中美合作所持怀疑甚至厌恶的态度。美国学者迈克尔·沙勒在《美国十字在中国》一书中就专门写了一章《中美合作所！反革命势力蠢蠢而动》，中译本于一九八二年七月由商务印书馆出版前，这一章曾在《参考消息》上连载，颇有影响（有人在回答对中美合作所历史真相的质询时，就拿此书当作证据）。其实，书中虽写到梅乐斯利用中美合作所从事“扶蒋反共”活动，但仔细阅读就会清楚，那大多是梅乐斯的个人行为而并不代表美国政府当时的对华政策，同时，书中明确写了，梅乐斯的这种行为一直受到美军驻华战区司令官（先是史迪威，后是魏德迈）和美国战略情报局、美国驻华大使馆及罗斯福总统的代表等多方面的强烈反对和竭力阻止。
本来，在中国社科院一九八八年第三期《美国研究》杂志上，就已发表了当时在重庆歌乐山革命纪念馆编研室工作的邓又平先生（现在重庆市博物馆）所写的《简析“中美合作所集中营”》一文，澄清了许多史实，列举了有力的证据，否定了以往给中美合作所加上的“逮捕、关押、屠杀共产党人和革命志士的集中营”等罪名。但因该杂志发行面窄，一般读者不易读到，再加上小说《红岩》还在不断再版发行，电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》还在继续上映和演出，所以中美合作所在许多人印象中还是“法西斯集中营”。
重庆歌乐山下的白公馆、渣滓洞，是两座臭名昭著的国民党监狱。之所以臭名昭著，是因为其专门关押政治犯，并且在一九四九年九月至十一月底，面临崩溃的国民党当局对这里关押的以共产党人为主，包括民革、民盟、“托派”及无党派人士（还包括军统局的违纪犯）在内的二百余名政治犯进行了惨绝人寰的血腥大屠杀。长期以来，中美合作所被认为是这两座监狱之上的总名称。
白公馆，原为四川军阀杨森部下师长白驹的乡间别墅，一九三九年冬由军统局用做临时看守所。当中美合作所建立时，白公馆看守所奉命将人犯迁往渣滓洞，白公馆房屋则让给美方人员作为住所，名为中美合作所第三招待所。直到抗战胜利后中美合作所撤销，美方人员回国，白公馆才又恢复关押政治犯的职能（后称国防部保密局看守所），主要关押国民党当局认为是“要犯”的较高级别政治犯。如果说在中美合作所设立期间白公馆就是监狱（或集中营），那么，关在里面的犯人是谁呢？难道是那些住在里面的美方人员吗？
渣滓洞监狱，原是因白公馆看守所人满为患而增设，一九四六年底将人犯迁回白公馆后，曾一度关门，后于一九四七年底又重新开张（称重庆行辕第二看守所），主要关押在一九四七年“六一大逮捕”中抓捕的教育、新闻界人士，“小民革”地下武装案被捕人员，川东三次武装起义被俘、被捕人员，《挺进报》事件被捕人员，民革川东、川康分会成员等。
邓又平先生在《简析“中美合作所集中营”》文中列举了他的一个调查统计结果：当年被国民党当局逮捕后关押于歌乐山下的政治犯中，一些人（如叶挺、廖承志、罗世文、车耀先、许晓轩、张露萍等）是在中美合作所建立之前关押于此的，另一些人（如杨虎城、许建业、江竹筠、陈然等）则是在中美合作所撤销之后才关押于此的，对政治犯的屠杀，全都发生于中美合作所撤销之后。邓又平先生得出结论：“中美合作所与这些逮捕、关押、屠杀等罪恶活动是完全无关的。”“至今为止，在重庆歌乐山烈士陵园的档案室中，找不出一份是由中美合作所签发的逮捕、屠杀革命志士的文件，也没有一份材料中提及过，说是美国人亲自参加了这些活动。”（《美国研究》一九八八年第三期第33、34页）