1940年初春，戴笠向蒋介石建议将密码破译集中管理，蒋同意了。1940年4月1日，一个叫做“特种技术研究室”的全国密码中心成立了。但是，使戴笠失望的是，温毓庆被提拔为这个研究室的主任，并由魏大铭和毛庆祥（蒋的机要秘书）做他的副手。在魏和温之间立即展开了一场控制研究室的斗争。1940年6月初，温毓庆为体检去了香港，从此一去不复返，为密码中心代理主任魏大铭调进他自己由雅德类训练的密码分析人员敞开了大门。
在温毓庆途经香港去澳大利亚的路上，发生了戴笠一生中最耻辱的一段经历：他被香港的英国警察逮捕并被当做一名普通的囚犯监禁过夜。在温离开重庆去香港后，戴笠将军立刻随之跟踪而去，欲把他召回来。戴笠一到启德机场，便看见乘客们正穿过机场，准备乘泛美公司的飞机去马尼拉。他一眼认出了其中的温毓庆，温正在与美国驻重庆的海军武官麦考上校握手。片刻以后，恼怒之极的戴笠却被机场的英国警察扣住了，警察们是从一张由戴笠手下一名特务的妻子提供的照片上认出戴笠的。戴立刻被抓了起来，扔进了坐落在九龙的警察总监狱。
随之导致出一系列的活动：军统情报人员纷纷向重庆报告，说英国人在日本人的威慑下逮捕了戴笠；蒋介石政府因此动用了所有的外交手段。次日早晨，香港警察署长亲自确保了戴笠的释放，并转达了香港总督邀请他去府上做客的信息。然而，戴笠将军坚决拒绝在没有中国高级官员在场的情况下出狱。鉴于这个情况，国防部的一位将军从重庆飞来，目睹了戴的释放，并陪同他返回国统区。这段遭遇使戴笠对英国及其情报部门深恶痛绝，并在很大程度上促成了未来几个月里同美国间谍机构的联系。
在重庆仍有雅德类的学生。魏大铭使用这些专业人员再加上日本的战俘，破译出日本空军的一些密码，在通讯战线再传捷报。通过对这些军事信号的监听得出的情报表明，日本正在准备偷袭珍珠港的太平洋舰队。据说，戴笠命令他在华盛顿的军统头目肖勃少校通过中国首席武官郑得权向美国海军情报处传达这一信息。据后来中国方面的说法，美国人显然把它看做是个奇怪的念头而感到可笑，他们不相信魏大铭的特种技术研究室具有获得这种重要情报的能力，于是对此信息未加理睬。
在中国国民党人的记忆里，1941年12月7日对珍珠港的偷袭震惊了美国战争部。美国信号情报界，尤其是海军情报署突然对戴笠刮目相看。为了解日本的军事密码，他们立即开始争取中国的合作，而美国海军也开始积极亲近起肖勃少校来。
美国人在珍珠港事件后倾向戴笠时，正值这位中国特务机构头子本人在国民党内部的低潮期。在这之前的1941年3月，一组反军统情报机构的官员向蒋介石递交了一份申诉状，指责戴笠在管理上为所欲为。被军统的放肆所激怒的蒋撤销了魏大铭的职务，并任命他的前秘书毛庆祥领导特种技术研究室。
作为一个缺乏理工或电子技术背景的政治人选，毛庆祥带了一批在欧洲受过教育的律师和文科人员来。这引起了特种技术研究室专家们的不满，他们在珍珠港事件之后公开对毛及其下属表示蔑视。但当戴笠企图利用这种不满而对毛进行公开挑衅时，蒋介石站到了他的秘书一边。1942年1月，蒋介石下谕：“命令所有来自调查统计局（即军统）的人员于（1942年）2月底之前离开（特种）技术研究室。”
这是对戴笠沉重的打击，他比以往更加意识到，若要在向蒋介石汇报的军政情报方面战胜自己的对手，就必须获得美国的电台技术。当时的局势，就像一个亲共产党的观点所表示的那样：
戴笠除希望美帝方面多供应一些当时军统所急需的无线电通讯器材外，更希望美帝能把它专搞密电码翻译的一个叫做“黑室”的机构与设备，分一部到重庆来，以便偷学到美帝的那一套东西，而把自己所懂得的侦译日本空军一点经验保留起来作为本钱不让美帝特务学过去。
总而言之，中美双方均感到在获得信号情报方面进行秘密而谨慎的合作时机已经成熟。于是，即将诞生的中美合作所的舞台渐渐成形了。