三四年前就开始的蓝衣社与CC派的竞争和敌视随着改组遗留了下来。尽管战时需要团结一致，这些机构在正式分开并互相独立后，仍保持着这种分裂状态。据陈立夫说：
中央调查局负责社会，军统负责军队。很难在这之间清楚地划分。两个组织经常办同一个案子。他们经常碰到并发生冲突。他们就像两个在黑暗中摸索而碰撞的人那样。我们与共产党不同，那是单独的一个组织，它的工作没有被划分开来。难的是，每个局都很容易侵犯另一个局的领地。常常是，一个将领的部队逮捕了把他的地区作为活动根据地的共产党人，但如果“军方”宣称那是它的领地，那你就无法进入。
虽然这两个情报局互相写对方的报告，但中统并不敢对军统进行渗透。而且，尽管一些军事将领对戴笠比对徐恩曾和陈立夫更感到害怕，但中统在军队里也不直接开展工作。
中统局在军队单位里进行工作吗？没有。它的政策是“不碰军队”。不然事情就会变得复杂并冲突起来。不过，要是中统局得到信息说军队单位的某个人与共产党串通，而且这案子由于时间关系很重要，就会有更详尽的调查。如果调查结果证明存在这种串通，它会报告戴笠，好让他采取行动。
可以想象，军统也不试图对中统进行渗透——起码在总部这一层上。在地方，戴笠经常利用中统设立的调查机构，他的人有时会与中统的特工在一个具体的单位中密切合作。总而言之，两者间的关系一直非常僵硬，军统在军队里的位置与正规政治委员的体制也是如此。在这一点上，陈立夫的遗憾尤其说明问题。
戴笠的特工是否与政训处或者他所负责的军队单位里的特别党部合作？不见得。军队中存在好几条不同的政治路线——它们不见得在某一点上汇合。这与苏联军队单位的政委制不同。我们的情况是，每件事都取决与它所涉及的人。举例说，比如，我是戴笠派遣的一个特工。你是由政训处派出的，在那个特定的单位里还有另一个人是军队党部的书记。假如我们是朋友，我们知道我们每个人都是被中央当局派来的——有时是可能知道这点的——于是我们可以密切合作。一切取决于个人的关系。
在戴笠和陈立夫之间竞争尤为激烈的领域是通讯，以及对电报和邮检的专门控制。当然，陈立夫对自己在无线电和密码上对国民党北伐的贡献是非常骄傲的。这个情报工作的技术性符合他当时及后来对中统——中国的FBI（美国联邦调查局）——的想象。
但戴笠对这一领域也非常垂涎，二者的争斗最终导致了“联合机构”的创立，而原军事委员会调查统计局三处的独立存在，显然是这两个机构之间妥协的结果。
因为，除了负责收集外国情报，丁默的三处还负责邮电调查。在1937年的某个时期，三处的名字被改为“特检处”。并且，次年，当这些单位都迁到了内陆后，蒋介石把特检处置于军委总参谋长的领导之下。后来，随着中统在抗战期间逐渐失去了对通讯的控制，特检处开始向军统汇报工作。于是戴笠获得了对邮电检查侦收的控制权，这在重庆时期对他的秘密警察体系具有非凡的意义。