对戴笠的监狱和集中营值得研究一番。
蒋的将士们解除了新四军的武装并将他们逮捕投入了集中营（叫做劳动营）。有一段时间，不光是戴笠（他被讥称为中国的希姆莱）的“正规”秘密警察，而且连国民党的警察都在抓人。据说集中营有十几处，它们不仅用来囚禁共产党员和企图前往延安共产党根据地的学生，而且还关有共产党和国民党之间的所谓“中间党派”的代表，以及那些仅仅因为批评了政府的人。
这些监狱是“塞满了受过刑法而奄奄一息的男女的囚笼，这些人有的在里面多年，而且本应根据1937年统一战线的规定予以释放的”。后来陈立夫对一个采访者说：
有多少被捕嫌疑分子被送到那些机构去？大多数。我认为结果怎么样？很好。我会告诉你为什么。大多数共产党员都是昏了头的。一旦被抓住，他们就出不去。共产党员使用各种手段：金钱、女人，来拽人“当新成员”。大多数人加入共产党是因为暂时昏了头，而不是因为他们有信仰。我怎么得出这个结论的？从我与你的对话中。共青团？不见得。我看到过许多左翼青年。这并不是我一个人的结论。其他审问过嫌疑犯的同事们也这么看，如张道藩。这就是我们为什么使用改造机构。这些是中国机构——苏联人不会使用它们。他们的政策是要么用要么杀。
最凶险的监狱包括狱长何辑生管理的益阳监狱、周养浩狱长的息烽监狱、福建建瓯由曹飞鸿看管的“东南看守所”和西安蒋坚忍的“东北青年劳动营”。
东北青年劳动营是根据总司令1940年2月1日的命令设立的（见附录1）。它来自军事委员会的战争干部培训军第四团的特训纵队的编制。特训纵队的队长是萧作霖，后来被蒋坚忍将军取代，蒋被命名为集中营的“教育长”。有300多个高中生和大学生被地方政府、第三十四军和山西国民党机构逮捕，被列入三个“大队”。他们每两周一次的政训课意在驳斥共产党在延安抗大宣传的观点。接下来的三年里，劳动营持续扩展了各种功能。1944年它被组建成西北青训纵队，但仍在胡宗南的总体领导下。
集中营的确存在。除了对付政治上任性的青年以外，它们还是戴笠内部惩罚制度的一部分，这种制度早在特务处创立初期（上海特务站开始扩充的时候）就开始了。为监禁持不同政见的嫌疑分子和不听话的部下，戴笠在南京一个连他的高级特务都不知道的秘密地点设立了特别监狱。上海的犯人被送到火车站，他们不带手铐，但脸的下半部被用棉纱口罩遮起来，而且戴上墨镜。他们几乎全部受到酷刑，有的甚至终身致残。
通常，被捕者的一只鞋里会被布满钉子，使他们靠着负责押送的两个特务之中的一个踉跄着走路。他们从来都是在最后一分钟里坐进夜班车，然后在开车时被塞进没有厕所的卧车车厢里。到南京的一路军统押送人员都十分紧张，因为连他们也不清楚他们自己是否会被送去坐牢。一旦到达地点，便与秘密警察在车站外碰头，交接他们押送的犯人，然后，要是他们走运的话，就可以离开了。而许多倒霉的军统特务则恰恰是在他们把犯人交给军统接收委员会的时候自己也被捕了，然后他们在戴笠的监狱系统里待上多年，如果他们想最终出狱的话，他们被命令在监狱里收集政治犯的情况。
像周伟龙、余乐醒或谢力公这样的军统高级骨干起码被关过一次。戴笠的一些最精干的特务，如许忠午、楼兆蠡等甚至被关过八次监狱。只要戴笠乐意，他可以随时给予第三种制裁。戴笠可以任意对人判处死刑。戴笠本人可能也面对这种危险。他的领袖以杀人成性著名，特别是在他年轻的时候，人们曾悄悄传说“他喜欢杀人”。如1941年，在军统被处死的几百人中，有30多人是因为违反了军统纪律而被处死的。
不过必须理解，戴笠的惩罚并非胡来。
在他自己的组织（说到底这个组织是由一批野心勃勃和难以驾驭的冒险者组成的）内部，犯错误的人知道会受纪律处罚。他们显然明白自己的错误或违纪行为和戴笠制裁的关系。事实上，他们知道这是由蒋介石亲自监督的内部纪律惩罚制度的一部分，但这个制度从头到尾都由戴笠个人执行。天津站站长王天木就是例子之一。像行动组其他有经验的枪手一样，王也是河南人，但他家住在北平，他在那里也有一处住宅。1934年王为局里的事去张家口，所以当北平发生“惊人”的谋杀案，并被认为是天津站的特务干的时候，他并不在。后来在北平侦缉队宣布破案后，关于此事的新闻风波才平息下来，但谋杀案的真相细节对公众来说则是个谜。
在北平还被这个案子的新闻搞得晕头转向时，特务处北平站站长陈恭澍收到了戴笠从南京发来的电报，让他为这个特务头子在北平租一个旅馆房间，而且不能让任何人知道。戴笠到达的当晚，两个人从东长安街上的中央饭店买了外卖的食品带到戴将军的房间晚餐。在晚餐时随便谈了谈后，戴笠便详细询问了陈恭澍关于王天木的情况，那时王还在张家口。当陈准备走的时候，戴笠说：“我在这儿等着天木从张家口回来。我有些事情要跟他谈谈。我准备离开北平的时候会打电话通知你的。”次日王天木从张家口回来了，当晚戴笠通知陈他准备回南京。陈到火车站去送他时吃惊地发现，他已把王天木逮起来了。
这之后王天木没有回到他在天津的职位上。相反，王子襄被指名取代王天木站长的职位。一个月后，戴笠电报命令北平站“护送”天津站书记、王天木的前助理，回南京结案。这样，天津站行动组就解散了，其他外勤特务要么辞职，要么受到处罚。
戴笠向蒋介石写了个关于这一案件的特别报告。据戴笠的私人秘书毛万里说，整个报告只有几百字长。但戴笠为此整整花了一个夜晚，从傍晚到天亮，一笔一画地写这个报告。戴笠扼要地叙述了这个事件，含蓄地指责前天津站站长，然后列出了王天木以前的功绩与成就，最后向蒋建议三点：一，死刑；二，终身监禁；三，给他一个赎罪的机会。蒋采用了第二个建议。王天木于是被监禁在老虎桥供特务处使用的“丙地”军事监狱。“丙地”专门关押长刑期犯人，王天木在那里一直关到沦陷时戴笠才把他放出来，派他到上海去做地下工作。
戴笠的秘密警察工作实际上是终身性的。你一旦成了特务处或者是后来的军统局的成员便再也不会被解职，也不能辞职。谁要是向戴笠请求允许退休便会冒受长期监禁的危险。
特务们相互说：“我们组织里的同志，只有活的进来，睡在棺材里出去。”