受害者经常被折磨而死。确实，南京方面一贯的命令是，要是被绑架来的嫌疑分子在审讯中拒绝招供的话，那就将其杀害，然后将尸体埋掉或毁掉。无数人落到了行刑队的手中后便永远地消失了，以至于1949年后，有许多人声称军统的行刑队曾使用镪水池来融化尸体。其实，在1945至1949年秘密特工在重庆的鼎盛时期，并无这个必要，因为尸体干脆被整个埋掉（而且常常是活埋），只是偶尔会把尸体肢解或烧了以防死者被辨认出来不过，在抗战前的上海，戴笠的人不愿让租界的警察发现死者的尸体，从而向外国当局揭露刺杀队的罪行，于是便对镪水池进行了“试验”，但他们发现这种方法太费时间，而且比预想的要麻烦。
所以他们偏用一种廉价简单的处理法：“移尸嫁祸”。军统杀了人以后，尸体被肢解，然后装入一个箱子里。特工们用汽车把箱子抛到一个荒芜的地方或在马路上雇一辆人力车把箱子拉到火车站或旅馆之类的地方。送车子的特工先跟上一段路，然后溜掉。车夫到了指定地点见物主没来，以为发了洋财，有的就会把箱子拉回家里。等到打开一看，才发现其中惨不忍睹。
刺杀队还使用其他方法来处理受害者的尸体。有时，他们制造出情杀或奸杀的错觉：特工们会把男性死者的生殖器割下来塞入他的嘴里。还有时，他们干脆把尸体装入麻袋扔进黄浦江。戴笠更喜欢“移尸嫁祸”的处理，他认为，对于1928——1936年间千万个成为秘密警察恐怖活动的猎物，并落入赵理君及其虐待狂们的刑讯室里的人来说，这是最简单干脆的处理方法。