对军统无法渗透到左翼地下组织中去的一种解释是，共产党有自己极其有效的安全系统，这一系统是莫斯科间谍系统和共产党自己创造的结合物。上海地区的反间谍工作由陈赓将军领导，他在1927年南昌起义中受重伤后来到了法租界，得到著名外科医生、宋子文的表兄弟牛惠林的医治。陈赓痊愈后便消失在厚重的掩幕里。上海站不知怎么获悉了他在城里，但尽管戴笠让陈赓黄埔一期的同学吴乃宪负责此案，这位共产党保安领导人仍从他们的指缝中间滑了过去。
从此，特务处的特工们不得不加倍努力来追踪著名的共产党人。这些共产党人无论是否受到监视，总是在放弃一个安全地点时销毁所有的踪迹。实际上，陈赓的工作人员安排了反监视，密切注意着上海站的重要人员的住处和方斜路上侦察大队的总办公处。
陈赓将军在上海地下工作最显著的成绩，是1931年1月他为共产党第四届全会安排的警卫。为了在上海站特工极其敏感的眼皮底下（他们对共产党的秘密会议有所耳闻，但不知道是在哪儿召开）安全地让所有代表到会。陈赓设立了一个假医院，里面有医疗设备、医生和护士。代表们绑着绷带贴着膏药前来，或盖着毯子被抬进来，而戴笠的特工们对此根本没有起疑心。
当共产党人被捕时，他们受到惨重的酷刑。根据戴笠征得蒋介石同意的运作程序，被特务处逮捕的共产党人完全由特务处负责。这些共产党人从来没有被送到其他机构审讯，而总是被戴笠的组织指控、判决和惩罚。这当然不合法，但就像一个秘密警察后来回忆的那样，在1934年，上海站的特工们理所当然地认为，你若有幸抓住一个共产党，就要毫不例外地对他上刑，然后把他杀了，除非他答应改变立场。
这使得掩盖错误变得很容易。其中有一次，一派不知道另一派在干什么：上海站的一个组的外勤特工们对一个姓马的人发生兴趣，于是他们自己就装成“进步人士”努力向马靠拢，认为他是个重要的地下共产党干部。一个20多人的别动队在军统组内成立，并在马的各种嗜好上花了上千元。然而，这似乎都值得，因为马有关于地下共产党，包括他自己是共产党华东区重要领导人的可信的情报。这份情报被及时地送到了戴笠手上，他对特工组的成功高兴之极，便把这一情况直接报告给蒋介石。现在，他们断定抓到了共产党的一条大鱼，这组特工员决定以逮捕马，并迫使他受审来结案。但当他们把他抓起来审问，说自己是上海站的特工时，马立刻告诉他们他自己也是假装的“叛徒”，在为特务处在上海的其他特务们工作。这些特工迅速与那组特工核实，发现他说的是实情。他以前倒是个共产党员，但此刻是作为一个“叛徒”在为上海站的其他组工作，那组的特工本身也以为他是在向敌人的网络渗透呢。
戴笠得知这场误会，火冒三丈，骂上海站的特工员是“饭桶”。结果，区长王新衡又把负责马案的负责人痛骂了一顿，并威胁要对他们没有向他汇报行动进行处罚。但为时已晚：蒋介石已被告知军统要逮捕一个共产党华东局的负责人。因为不愿丢丑，戴笠狡猾地对沈醉说，他相信马真的是他所假装的共产党负责人。戴笠说：“这个家伙竟敢用我们来掩护他的活动，好在发觉尚早，不然要吃他的大亏！”既然犯罪和判刑都全由军统决定，马先生便被押送到南京，成了残酷的牺牲品。自此以后，戴笠坚持：将来所有关于发现新的共产党踪迹或假装进步人士的事件，都得详细报告特务处总部。