尽管戴笠实际上是胡靖安的特工之一，但后来他宣称，不久他就直接亲自向蒋介石汇报了。1926年3月18-19日，停泊在黄埔军事总部附近的中山舰被共产党舰长挪到了广州。这个可疑的行动使蒋介石以为是一个左翼派的夺权阴谋，而他会被包围并强行押上舰艇。后来胡宗南、胡靖安和戴笠向他提供了关于国民党内部包括周恩来在内的共产党活动的报告，更增加了他的疑心。
根据这些报告以及与广州公安局长吴铁城和其他关键顾问的谈话，蒋介石于3月20日早晨迅速地包围了军舰，逮捕了舰长（他也是海军局局长），解除了保卫苏联顾问们的警卫和共产党控制的香港罢工总工会的武装，同时宣布军事管制，并抓了50多个二师的政治工作者。
等蒋的对手汪精卫一离开广州去欧洲，总司令立即对苏联顾问们道歉，说中山舰事件并没有涉及中共中央组织，而且他有意辞职——这当然没被接受。虽然他在一次对离开军队的共产党政治工作人员的讲话中说了，他对关于企图绑架他的阴谋的说法表示怀疑，但他在1927年4月后坚定地认为中山舰事件是共产党的阴谋。他的这种坚定也许是基于戴笠给他的报告，而这一点使戴笠在他的眼里变得更有价值。