清朝的新政，虽然从一开始就遭人唾骂，激进者说它假变革，保守者说它是真灾难。但客观地说，在中国近代史上，新政的确应该算是一场比较认真地以现代化为方向的制度变革。在新政中，政府改革的力度之大，动作之猛，中国社会与政治受到的冲击之剧烈，远远超过了后来的辛亥革命。
新政对于北京以外的地方而言，非常明显的标志之一就是地方自治的改革。随着各省谘议局的建立，各地的各个层次的自治团体与机关也涌现了出来。根据清廷1909年相继颁布的《城镇乡地方自治章程》和《城镇乡地方自治选举章程》，各城镇（指非县州府政府所在地的城镇）设议事会和董事会；乡设议事会和乡董，人口过少的乡，不设议事会，以乡选民代之。这些自治机构名义上都是民选的，但对选民不仅有财产和性别的限制（妇女没有选举权和被选举权），而且将选民按纳税的多寡分成甲、乙两等，纳税多的少数人可以拥有比其他人大得多的选举权，从而保证了当选的人基本上都是乡绅或者乡社精英。其实，在那个时代，就是没有这样的选举设计，依乡民习惯于服从精英们的文化威权，乐于通过精英来表达自己意愿的传统，以及多数人怯于出头露面心理，乡镇自治机构依然会被精英（主要是乡绅）把持着，也只能由他们来把持。
乡镇的自治机关所管的事情几乎无所不包，大大地突破了太平天国之后办理公益的范围，从兴学办学的学务到公共卫生，从道路水利到农工商务，从整顿集市到筹集款项，即使衙门专管的诉讼官司，往往也会插上一脚。自治机关变成了这样一种东西，凡是从前官府管的它都管，从前官府不管的它也管，乡绅或者说村社精英的权力第一次不仅被公开化而且制度化了，并且是被朝廷以法典的形式制度化了。作为延安五老之一的谢觉哉回忆说，他们家乡在光绪年间就由乡绅出面办起了安良会（他的父亲也是主持人之一），对于维持社会秩序很有作用，有了安良会以后，多少年都没有了盗贼。可是到了光绪末年，主持安良会的士绅们突然决定将原来民间纠纷的“是非牛”事件（所谓的“是非牛”，就是湖南农村两家有了纠纷，但一方不乐意找人调解，于是另一方就牵走对方的牛，迫使对方找人调停的一种约定俗成的惯例）也当盗案来处理。这表明，在清朝最后的岁月，乡绅在地方的权力不仅大大地扩展了，而且开始趋向强横，将原来乡里调解的事件也归到自治组织中“法办”了。
这种情况造成了两个后果，一是村社精英的势力得到了空前的膨胀，他们的手伸得不仅过长，而且从后台跳到了前台，赤裸裸地掌控着乡村的政治权力，自治机构设立以后，原来的里甲长就彻底地靠边站了，地方精英对乡村的统治从间接化为直接。由于没有了政治空间的缓冲，精英直接办事的结果势必增加他们与乡民的冲突，部分消解了他们作为仲裁人的资格。二是精英的直接掌权，隐含着他们对权威性资源赤裸裸地占有，精英存在的功利性大大增强，从而使传统的道德威权难以维持。三是自治机关管的事无所不包的结果，使得他们不得不与地方政府捆绑在一起，借助政府的暴力来推行政务，从而在无形之中，国家政权借精英之手将触角伸到了乡下，揭开了国家权力下移的序幕，新政之于农村的另一重大刺激是科举制度的废除。科举制度从本质上讲，是一种根植于乡村的选官体系，通过这一伸向农村的管道，将乡野士人的优秀人才吸纳到官僚体系这棵根深叶茂的大树上来，使这个体系保持一定的新鲜活力与礼序的原初性。最关键的是科举制度形成了一种遍及城乡的网络，一个网纲握在国家政权手中的网络，而网的各个节点就是各个层次的乡绅，这个网络将政治与文化高度地结合在一起，形成了某种水乳交融的境界，只要网络的节点对国家政权还有向心力，那么国家就还能维持对乡村的控制。
然而，由于科举制度也存在着某些毛病，过于看重意识形态的道德培养，过于强调服从意识的渗透，考试变成了繁复的文字技巧的操作。所以，一直为人所诟病，在面临西方挑战的时候，科举制度由于它的这些非常表面化的毛病，几乎成了中国先进人士眼中中国落后挨打的最大根源，遭到进步舆论的一致抨击。戊戌变法，废科举被提上了议程，载于皇皇诏书，经过义和团运动的曲折，庚子以后，兴学堂、废科举终于成了一种不可抗拒的潮流。本来，兴学堂与废科举不应该是一回事，一种是教育改革，一种是选官制度的变革。教育的西化变革，未必非要以考试选官制度的废除为前提。但是由于明清以来，中国的教育体系一直是附在选官制度大树上的藤，所以在几乎所有人的意识里，这两回事就一直是一锅粥（将读书做官联系在一起的心理之顽固，直到今天也难以根除），新政也自然而然地将两种本来不同性质的改革混在了一起，结果学堂之兴，在相当多的人眼里（尤其是农村读书人）就变成了一种新名目的“科举”，一种科举的替代。小学生等于过去的秀才，中学生相当于举人，而大学生自然就类似于进士。官方的改革举措也有意无意强化了这种并不真实的意识趋向，还在改革酝酿期间，朝廷就按留学人员的学历，分科授予进士举人头衔，一时间竟有牙科进士、农科举人的名目出现。用主持废科举和教育体制改革的要员张百熙的话来说，兴学堂“并非罢废科举，实乃将科举学堂合并为一而已”。甚至朝廷还制定了《学堂奖励章程》，对学堂毕业生按等级和成绩给予从生员、贡生、举人和进士的科举虚衔的奖励。
这样一种捆绑式的改革和明显的政策误导，对农村本已危机四伏的社会产生了强烈的冲击。由于新政时期的兴学堂举措属于官民并举，而且官方的积极性更大，有点近乎于“大跃进”式的快速突击，在基本上没有兴办新式学堂的条件的情况下，学堂办得多而滥。于是，广大农村的读书人突然之间发现改革给他们提供了一个宽松得多的科举阶梯，一时间，新式教育吸引了众多的读书人，其中相当一部分属于头脑还留在范进时代的“三家村”学究。从某种意义上说，改革对乡绅的候补人员——童生们的吸引力是最大的，从前由童生变为秀才（如果家里没有钱捐个监生的话）虽说不至于难于上青天，至少也是相当吃力的，各省的生员名额非常有限，平均不过两千而已，白丁要想进学，三场大考，皮都要脱一层，有些人考到须发尽白也依旧是个老童生。而眼下，无论官办还是民办而官方承认的学堂，只要你肯交一点钱，想“进学”就可以“进学”，获得从前梦寐以求的荣耀。于是，童生成了学堂热最易燃的“薪柴”。到1908年，中国全国中小学生总数有1281908人，其中小学生为1149710人，占总数近90%，而中学、师范及专门学校的学生加在一起，不过132198人，仅占10%强。当然，在现代化初期，小学生比例高一些并不奇怪，我们的近邻日本当年也是如此；但是，在差不多同等的现代化阶段，我国的儿童入学率仅为3.7%，而日本则为97.38%。这说明，我们的小学大多为成年人所占据了。在那个时代，小学里30岁上下的人俯拾即是，据郭沫若回忆说，他当年上小学的时候，学校里“三十岁上下的成年人要占过半数以上”，而14岁的他，要“算是最幼的一起”。
一般来说，旧式的私塾教育比较简单，有位先生加上所房子再配上点文房四宝就可以了。然而新式学堂要教声光化电甚至外语，就是小学也要教数学、自然、地理、体操和音乐，别的不说，光师资就缺得厉害，所以那时不少学堂都花重金延请外国教师——主要是日本教习。据汪向荣考证，在1909年，连小学甚至幼稚园都有请日本教习的，在小学做教习的日本人有26人，在幼稚园的有7人。无论从哪种道理上讲，只有办在都市的学堂，才更容易具备必要的办学条件。因此尽管当时全国一拥而上，大办学堂，有不少办在了乡村，但经过淘汰之后，真正立得住的，绝大多数还是办在城里的学堂，无论高等、中等甚至小学概莫能外。
新政引发的兴学热直接的后果有两个，一是迅速地摧垮了旧式的私塾教育。科举之废，旧式教育的最大和最直接的动力丧失了，生源势必出现困难，而大批童生和秀才被学堂吸走，又使得旧式教育失掉了师资。从此以后，中国的旧式教育虽然没有完全销声匿迹，但一直处于奄奄一息的状态，对于中国绝大多数农村而言，这个结果意味着旧教育被摧毁了，而新的又未能替代，形成了一种断代式的文化沙漠。二是形成了人才离开乡村的巨大拉力。中国的近代都市化进程虽然早已开始，但一直进展不快，到新政时期，并没有形成足以吸走农村人才的巨大引力，更容纳不了相应的人口。但废科举兴学堂的行政举措，以一种非常规的形式，人为地刺激了这一进程，童生拥入小学，生员以上的则进入中学甚至高等学堂，有钱的则出国留学。虽然有进士功名的人再受新教育的比较少，但他们有的被学堂吸纳变成了讲授国学的师资，实质上也加入了这一热潮。当然，并不是说经过新政，农村的读书人就都被拉走了，实际上，进学堂因为种种原因半途而废的也不在少数，但科举一废，农村中的优秀人才从此再也不可能安心于乡土了，因为不经过新式教育，他们再也不可能出人头地，所以不仅现有的出色者流失出去，而且后来的佼佼者势必将步他们的后尘。
我们可以看到，一方面在地方自治的旗帜下，地方精英的权力极大地膨胀了；而另一方面，乡村读书人中的优秀人才又在废科举兴学堂的热潮中被拉走，这样一来，势必造成留在乡村的精英出现劣化的迹象，道德感日减，素质日差，他们中的狡黠之徒往往特别乐于参与自治机构，新政赋予他们的权力变成了为自己牟利的渊薮。当时的人就批评自治运动使得选举出来的士绅多半为乡中“最占势力者”，“狡黠之徒，乘机而起”，“一旦厕身其间，滥膺选，势必视自治公所为鱼肉乡民之具，借官恃势，假公报私，名为自治，实为自乱，只知吞款，而不知捐款，只知欺贫，而不知恤贫”。在新政期间，各地出现的民变骚乱，有相当一部分都与地方自治有关。在直隶、河南、广西、江苏等15个省份，都出现了反抗乡董滥收自治费借以渔利的大规模骚乱，有的甚至集结万人，包围县城，公然与政府对抗。当然，士人的道德感减弱，也与社会日益呈现多元化的倾向有关，前面提到的福建古田宗族奖励有科名的读书人的书田和祀田让收规矩，这时被各种学堂毕业生争收强夺，闹得“一讼之兴，经年不息”。因为从前生员、举人、进士标准基本统一，系一元性的，然而各色学堂参差不齐，孰优孰劣，没个标准，好的小学虽然可能素质比赖的中学还高，但滥竽充数的中学生会说他相当于举人，而再好的小学生也只能算秀才，加上学堂学生显然比过去有科名的人多，所以，自然免不了要闹官司。这也说明，原来的士绅道德是以科举功名作为载体的，一旦失去了这个载体，道德未免要陷入混乱。
本来，在传统的政治情景下，国家政权基本上是避免与农户家庭的个体直接进行交易的，由政府直接管到农户的头上，在传统的行政体制下，行政成本未免过高。但是，作为被历史推到不得不变境地的清政府，历史并没有留给它太多的时间，对于中国这样一个古老而落后的传统国度而言，推行自上而下的现代化改革，资源的获取主要从农村想办法不失为一条终南捷径，尤其是在庚子以后，带有一点现代意味的财源关税收入也被列强拿走的情况下，推行新政的经费，似乎只能通过延伸行政触角，以国家权力直接榨取农民来取得。然而，在行政机器并没有得到丝毫改变甚至效率日益低下的情况下，贸然做这种延伸，势必导致行政成本成倍地增加，中饱和损耗就可以吞噬掉大部分从农民那里超额榨取来的资源，甚至使本来就已经恶化的吏制更加恶化。
如果换一个角度说，对于清朝政府而言，推行地方自治既是舆论推动的结果，也是为了缓解偿还赔款、兴办新政的巨大财政压力的应急措施。新政的行政改革，并没有使清朝政府走出传统官僚体制的阴影，古老的行政机器，应付增加了几十倍甚至上百倍的赋税附加的征收压力，没有什么别的办法，只能靠单向度的扩大行政机构来解决，而那个时候统治状况和官场氛围已经不允许他们采取这样的方式，因为扩展机构的自身消耗将会导致难以预料的后果，而且还未必能实现收入的增加。于是，他们只有再一次老调重弹，借助地方乡绅的力量，赋予他们更多的权力（当然也附带有更多的利益），借乡绅甚至各色地方精英之手，完成行政网络延伸的使命，征集所需的费用。即使惹起民乱，由于地方精英传统的乡社领袖的角色，显然不容易闹大，即使闹大，也有精英在前面做第一道防线。当然，凡事总难以尽如人意，在新政的推行过程中，清政府的确延伸了它的统治触角，而地方精英更是乘机扩大了权力，开始将自身的利益公然置于朝廷之上。于是，清朝统治的根基在地方势力膨胀的涨大声中瓦解了，而地方精英对乡村的传统统治也渐渐转化成为一种武力的控制，而且开始将农民几乎大多数的对统治者的怨恨逐渐吸引到了自己身上，启动了自身统治最终瓦解的程序。
经过新政的自上而下的政治催化，中国古老的士阶层驶入了一个新的轨道，原来局部的、渐变的演变转成大规模的分化，原来只有做官一条路的士，现在变成了商人、教师、工程技术人员、记者、律师等；即使还说不上完全属于西式的知识分子，但已经与传统的士有本质区别的“新市民”，这其间还伴随着更大数量寄居在城市的浮食寄生人员，这些人原来在乡村时大多是不折不扣的乡绅。古老乡绅中的优秀分子分化了出去，有些成为新式知识分子，有些变成了城市里的寄生虫，还有的蜕化成了社会的渣滓，与会党土匪为伍，剩下的虽然数量依旧不小，却暮气沉沉，日趋没落，其他成分的地方精英乘虚而入，传统的乡绅在乡村的地位开始衰落。
与此同时，农村社会在清朝最后一次的现代化改革中加剧了破产的进程，巨大数额的战争赔款已经将清政府几十年现代化努力得到的所有财源硬性地榨干，关税与盐税的增长已与政府开支无关。这意味着清政府所有的经济、政治、军事改革以及各级政府的日常开支大部分都压在了本来就已经凋敝不堪的农村经济的头上。在政府的职能没有根本改变，机构还来不及改革，行政体系依旧传统的情况下，尽管新政的改革还算是相当认真，但是越是这样，就越像是在玩火自焚。虽然清政府自以为聪明地将农村不满的压力引向了地方精英，但膨胀的地方势力在没有引火烧身之前，就销蚀了清朝统治的基础，当革命党人在武昌起义到来之时，压断骆驼脊梁的最后一根稻草终于落下了，清政府以一场迟到的改革走完了它的路。但是从它开始的联合地方精英强化行政网络的农村政治变革之路，却没有因它的寿终正寝而完结。农村社会从此进入了一个高度畸形的政治化时期。