道教是多神教，崇奉的神灵很多，天神、地祇、人鬼无所不包。后世道教尊奉的最高神是三清，即玉清元始天尊、上清灵宝天尊和太清道德天尊，这是在长期历史发展变化过程中逐渐形成并定格的。
东汉时期道教出世，三张五斗米道尊奉天、地、水三官神。信道者有病须“叩头思过”；神职人员可为病人沟通，向三官神祷告请罪。这种三官神信仰带有很浓的原始自然崇拜色彩。
进入魏晋以后，道教各派都假托神的名义撰造经书，所奉的尊神显得十分混乱。南方葛洪不以老子崇拜为然，他结合荆楚地区有关盘古开天辟地神话及崇拜习俗，推出一位将天地万物始祖与道教始祖合二为一的尊神——元始天王：
昔……天地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄。 已有盘古真人，天地之精，自号元始天王，游乎其中。(葛洪《枕中书》)
并将中国古史传说中的三皇五帝也都纳入这一道教创世神话之中。
北方寇谦之改革旧天师道，却是利用其对老子的信仰，打着老君的旗号，达到其目的的。对老子的崇拜，至少从汉代已经开始。东汉边韶《老子铭》说：“老子离合乎混沌之气，与三光为终始”，“道成身化，蝉蜕渡世”。并说老子自从伏羲神农以来，各个朝代都要改变形貌，来到这个世界“为圣者作师”。五斗米道虽然并未留下奉老子为教主的明确记载，但《老子想尔注》中说：“一散形为气，聚形为太上老君”，并奉《老子》为教内诵习的主要经典，可见其地位之高。寇谦之的时代，至少在北方大地，老子已被奉为道教教祖是毫无疑问的。《魏书·释老志》就说，道教出于老子。老子先天地而生，之后才有世界万物的形成。老子既是上天诸帝的宗主，也是各路神仙的领袖。关于老子的形象，魏晋流传很广的一种说法是：
身长九尺，黄色，鸟喙〔hui会〕，隆鼻，秀眉长五寸，耳长七寸，额有三理上下彻，足有八卦。 以神龟为床，住金楼玉堂，白银为阶，五色云为衣，重叠之冠，锋铤〔ting廷〕之剑，从黄童百二十人。左有十二青龙，右有二十六白虎，前有二十四朱雀，后有七十二玄武。(葛洪《抱朴子内篇·杂应》)
这里活画出一位教祖神威飞扬的样子。
到了梁陶弘景，道教各派神仙开始被整合成一个有层阶秩序的系统。《真灵位业图》前四个阶层居中位的尊神依次是“玉清虚皇道君，应号元始天尊”；“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”，后来叫作上清灵宝天尊；“太极金阙帝君，姓李”以及“太清太上老君”。到了后来，玉清元始天尊、上清灵宝天尊和太清道德天尊的说法逐渐固定下来。三清的名号，最初出现于六朝，大概在陆修静之后不久。
宋代朱熹认为，道教三清“盖效释氏‘三身’而为之耳”(《朱子语类·论道教》)。佛教有一佛显三身的说法，道教有老子一气化三清的说法，还有说三清都是元始天尊的化身的。道教三清尊神崇拜的形成，其中有佛教的影响，也与天师道旧来的所谓“玄、元、始”三气化为三清天的说法有关。
唐代皇帝奉老子为自家祖宗，道教因老子而兴盛。这种一而三，三而一的关于三清的说法，大为流行。三清神自此也就定格，成为道教至上神。
宋代特别崇奉的玉皇大帝，本来属于位置在三清之下的四位天帝(又叫四御)之一。玉皇大帝全称是“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇大帝”，也叫“玄穹高上玉皇大帝”。据《玉皇本行集经》的说法，他是光严妙乐国的王子，舍弃了王位，在普明香严山中学道修真，辅国救民，度化群生，经历3200劫后，始证金仙，号为清静自然觉王如来，又经过亿次劫难，才成为玉帝。这里杂有佛教的说法，可见道教神仙世界的建构与佛教的影响确有关系。四御另三位是：中天紫微北极大帝，据说是协助玉皇执掌天经地纬、日月星辰和四时气候的神；勾陈上宫天皇大帝，是协助玉皇执掌南北极和天地人三才，统御诸星，并主掌人间战争的神；承天效法土皇地祇，是执掌阴阳生育万物之美和大地山河之秀的神。
宋代皇帝说自己的始祖是赵玄朗，他是道教教主，玉皇大帝也受到高规格待遇。对玉皇大帝的尊崇和普遍祭祀，造成了广泛而又久远的社会影响。宋代统治者撰造的赵姓道教教主，随着宋王朝的灭亡，没有在道教中保住其地位。但玉皇大帝却被当成了天上的皇帝。《西游记》中描写玉皇大帝统治上天神仙世界，连太上老君和元始天尊都要听他的，代表了宋以后民间仍然流行的这种看法。
后世道教中，太上老君位置是在玉皇大帝之上的。反映在道教宫观建筑配置上，三清殿必在四御之上。另外，道观供奉三清神像，通常元始天尊居中，手指间有一圆球，据说它象征天地未开、万物元始时的混沌情状。山西芮城永乐宫保留了许多元代壁画，其中三清殿的《朝元图》，描绘的即是群仙朝拜元始天尊的情形。
道教将古代对日月五星、二十八宿诸星以及北斗星的信仰崇拜也吸收进来，把它们奉为神明。在道教信仰中，太阳是大明之神，月亮是夜明之神。它们分别为男神和女神。五星，就是金星、木星、水星、火星和土星，古代又叫岁星、镇星、太白星、辰星、荧惑星。它们和日月合称七曜〔yao药〕。二十八宿诸星和北斗星也是道教重要星神。其中特别是斗星信仰，在中国十分普遍。道教称，北斗落死，南斗上生；东斗主算，西斗记名，中斗总括，监管下界生灵。人要是能够礼拜它们，即可消灾解厄，增福延年。
二十八宿与四方之神的信仰深有关系。所谓四方之神，即是青龙、朱雀、玄武和白虎。前面说到老子形象时，提到他左青龙，右白虎，前朱雀，后玄武，就是这四方之神。中国古代以坐北面南为尊，有一句话把帝王统治权术叫“君王面南之术”就是这样来的。青龙是东方之神，所以在左；白虎是西方之神，所以在右；朱雀是南方之神，所以在前；玄武是北方之神，所以在后。因二十八宿中东方角、亢、氐、房、心、箕、尾七宿排列形状似龙形，按照古代五方配五行和五色的说法，东方属木，其色青。所以青龙成为东方之神。南方井、鬼、柳、星、张、翼、轸七宿排列形状似鸟，照其说法，南方属火，其色赤，所以叫朱雀，是南方之神。西方奎、娄、胃、昴、毕、觜、参七宿排列似虎形，西方属金，其色白，所以叫白虎，是西方之神。北方斗、牛、女、虚、危、室、壁七宿排列似龟形，或似龟蛇合体，北方属水，其色玄(黑)，所以叫玄武，是北方之神。它们多成为护卫神，以显示主神的八面威风。