北曲杂剧的光焰渐渐黯淡，又一种新的戏曲样式——明清传奇，继宋、元和明初的戏文之后，占领了从明初期到清后期(约公元1368—1768年)近400年的戏曲舞台。
对于明清传奇的诞生，学术界存有不同的看法：有人以高明的《琵琶记》为界，把此后经过文人改编和创作的戏文统称为明清传奇，有人则将梁辰鱼《浣纱记》以后主要为昆曲和弋阳腔创作的戏文称为明清传奇。显然，这只是时间早晚的差异。实际上，从剧本文学体制和音乐形态来看，明清传奇和宋、元及明初的戏文并无太大的差别。因此，很难把两者截然分开。高明的《琵琶记》既可被看作南戏中兴后的第一杰作，又被称为“传奇之祖”，便是这个道理。
明清传奇是明、清两代主要的戏曲剧本文学体制。而“传奇”的本义是指唐代兴起的文言短篇小说，即唐传奇，取“无奇不传”之意。宋、金、元时期，人们把宋杂剧、金院本、元杂剧、南戏、乃至诸宫调等也称作“传奇”。这里要讲的当然不是上述这些传奇，而是专指与南曲戏文有着密切的继承关系的明清传奇。
明清传奇继承南戏体制，采用灵活处理舞台时空的分出形式。一般是长篇巨帙〔zhi制〕，少则二三十出，多则四五十出，甚至五六十出。这样长的篇幅，可以容纳丰富的故事内容，组织复杂的戏剧冲突，从容细腻地刻画人物，穿插文、武、冷、热等不同场子，使唱、念、做、打各种艺术手段都有所发挥，成为有头有尾、载歌载舞的一本大戏。但是，这么庞大的结构很难驾驭。有的传奇作家为拼凑篇幅，胡编乱造，导致结构松散，臃肿芜杂，不适合舞台演出，成为所谓“案头曲”。
明清传奇节奏缓慢，形式固定：第一出必然是“副末开场”(即“家门大意”)，由末或副末用两首词或一首词略述全剧大意，交代创作意图，这是从宋、元南戏继承下来的定例。
第二三出照例是“生旦家门”，由生扮的男主角和由旦扮的女主角先后登场，自我介绍。一般从第四出开始，其他角色陆续登场，展开故事。其中，少不了家宴、别亲、应试、赴任、计议、寄柬、游春、赏秋、闺思、联姻、报捷等情节，还时常穿插绿林占山、蛮夷兴兵等场面，最后总是奉旨完婚、除奸表忠或入道升仙的大团圆结局。
传奇的角色行当齐全。清乾隆年间的昆曲戏班有“江湖十二角色”之说。(见李斗《扬州画舫录》)昆曲传奇一般有十门角色，即生、小生、旦、老旦、贴、外、末、净、副、丑，以生、旦、净、丑最为重要。传奇剧本总是以一生一旦为全剧之纲领，通过他们的悲欢离合来串联人物、展开故事，反映社会生活。
在音乐方面，明清传奇和宋元南戏、元杂剧一样，采取曲牌联套体音乐结构。但是，明清传奇的音乐既不像元杂剧那样限制太多，又比早期南戏严谨规范。明清传奇的每个登场人物都可以唱，除独唱外还有对唱、齐唱。明清传奇不仅继承了南曲曲牌，还吸收了北曲曲牌，并运用“借宫”、“集曲”、“南北合套”等音乐手段和音乐形式，以增强表现力。
宋、元和明初的戏文属于南曲系统，采用四种声腔演唱，即弋阳、海盐、余姚、昆山。弋阳腔起自民间，形成于江西弋阳一带，流传很广，皖(今安徽)、浙(今浙江)、苏(今江苏)、湘(湖南)、鄂(湖北)、闽(福建)、粤(广东)、滇(云南)、黔(贵州)，以及北京、南京都曾留下它的足迹。弋阳腔“向无曲谱，只沿土俗”，可“错用乡语”，“顺口而歌”，具有很大的灵活性和很强的适应性。“其节以鼓，其调喧”(汤显祖《宜黄县戏神清源师庙记》)。不用管弦伴奏，只以锣鼓掌握节奏，腔调高亢、喧阗〔tian田〕，风格粗犷、豪放，为下层观众所欢迎。用弋阳腔演唱的剧目十分丰富，最有影响的一批作品是：《织锦记》、《同窗记》、《金貂记》、《珍珠记》、《白袍记》、《长城记》、《草庐记》、《白蛇记》等。
海盐腔是元末官僚、戏曲作家杨梓邀请当时著名音乐家贯云石和鲜于去矜，在当地流行的民歌小调的基础上加工创造的。它体局静好，清柔婉折，多用官语，为官僚士大夫所喜好。明嘉靖、万历初年最为盛行，流行范围相当广泛，《金瓶梅词话》中有多处关于海盐腔的描写。用海盐腔演出的传奇作品有：《刘知远红袍记》、《玉环记》、《四节记》等。
余姚腔因形成于浙江余姚而得名，明代成化年间(公元1465—1488年)已有戏曲演出，嘉靖年间流传到江苏常州、镇江、扬州、徐州，安徽徽州、池州、太平一带。其“俚词肤曲”，“杂白混唱”，为文人雅士所鄙夷，主要活跃于民间。后因其他诸腔的兴盛而渐渐消逝。
昆山腔早在元末就有了，传说是顾坚在民间乐曲基础上创造的，但只是一种散曲清唱(嘌〔piao票〕唱)，未和戏曲结缘，仅局限于昆山一带。到了嘉靖、隆庆年间，经民间音乐家魏良辅改革后，才发生了根本性的变化。
魏良辅号尚泉，江西豫章(今南昌)人，长期寓居太仓。起初，他是学北曲的，因胜不过当时的另一位北曲名家王友山，遂发愤改学南曲。他结识了擅北曲的张野塘，并招为快婿。身边还聚集着当时苏州的洞箫名手张梅谷、著名笛师谢林泉、老曲师过云适，及学生张小泉、季敬坡等，形成一个志趣相投的艺术团体。魏良辅刻苦钻研，“足迹不下楼者十年”，大胆吸收北曲和海盐腔等诸腔之长，融进吴下山歌的营养，“转喉押调”，“度为新声”。魏良辅十分讲究字音的高下、疾徐、清浊的变化，注意声调平、上〔shang赏〕、去、入的婉协，以及字头、字腹、字尾的区分，采用了包括箫管、弦索、鼓板在内的完备的伴奏，从而在昆山腔原来基础上创造出一种转音若丝、流丽悠远的“水磨调”，“出乎三腔之上，听之最足荡人”(徐渭《南词叙录》)。
魏良辅改革后的昆山腔深受苏州一带各阶层人士的欢迎和喜爱，唱曲活动如火如荼。不久，昆山人梁辰鱼(伯龙)依照昆山新声创作了传奇《浣纱记》，获得演出成功，使昆山腔从清唱曲跃居为戏曲声腔，迅速扩大了影响。海盐腔、余姚腔逐渐衰落，湮没无闻。弋阳腔不得不退避三舍。昆山腔传进北京，获得统治者和文人士大夫的宠爱，赢得“官腔”称号。“四方歌曲必宗吴门”，昆山腔成为明清两代拥有最多作家和作品的第一声腔剧种。由于明清传奇主要是依照昆山腔新声的格律和排场演唱的，故有人称之为“昆曲传奇”。